Незадолго до своей кончины отец Макарий пожелал, чтобы при жизни его был избран преемник, который пока состоял бы помощником ему в управлении громадным хозяйством монастыря. Из всей братии были определены несколько старцев, способных, по мнению всех, понести высокий ответственный пост игумена. Из них по жребию был избран отец Андрей (Веревкин), который и был утвержден пока в должности помощника отца Макария, а после его смерти стал игуменом монастыря.
За месяц до своей кончины отец Макарий стал чувствовать какую то особенную слабость. Доктора объяснили ему и другим, что это происходит от чрезмерного утомления батюшки. Врачи и братия советовали отцу Макарию поменьше заниматься делами, не служить и отдохнуть где-нибудь в келлии. Отец Макарий уступил им и стал дня на два в неделю уезжать в любимое им монастырское поместье Крумицу. Там он мог спокойно отдохнуть, удаленный от хлопотливой монастырской деятельности. Но лишь только возвращался он в Руссик, как невольно, по привычке начинал лично входить во все дела и распоряжения.
Тяжело было отцу Макарию лишать себя, по настоянию докторов, служения своей ранней Литургии; день, в который он не служил, был для него днем потерянным, днем скорби, днем духовной неудовлетворенности.
Как только отец игумен чувствовал себя несколько лучше, то никакие просьбы и уговоры братии не действовали на него. Он с вечера объявлял, что завтра будет служить. Литургия совершалась им, больным и слабым, так же продолжительно и в таком же порядке, как и прежде. Предписаниям врачей он не особенно следовал, всецело предавая себя Господу Богу, и говорил, что если Богу угодно, то Он продлит его жизнь, а не угодно, то никакие доктора, никакие лекарства не смогут отсрочить конец и дать ему хотя бы одну минуту жизни.
18 июля 1889 года, накануне кончины отца Макария, случилось празднество в Покровском храме в честь чудотворной иконы Боголюбской Божией Матери. Икону эту отец Макарий особенно чтил, потому что ею благословили его родители, когда он уезжал из дома.
Так как 18-го числа было празднество в честь всех новомучеников византийских, то отец игумен распорядился праздновать память Боголюбской Божией Матери на другой день, 19 июля. Сам он намерен был служить Божественную Литургию в храме Успения Божией Матери. С вечера на 19-е число отец Макарий долго занимался написанием отдельных писем и разных деловых бумаг и заснул только за два часа, как и всегда, до начала утрени. Он чувствовал себя легко, отстоял утреню и приступил к совершению ранней Литургии.
По обыкновению он прежде совершил молебен, затем начал продолжительную проскомидию и вполне благополучно окончил Литургию. Он с особенным умилением и благоговением совершал эту последнюю приносимую им бескровную жертву, точно чувствуя, что уже не придется ему больше священнодействовать. После окончания Литургии раздал присутствовавшим в церкви антидор и удалился в алтарь, где встал у окна и начал читать благодарственные молитвы. Диакон, потреблявший у жертвенника Святые Дары, вдруг услышал какие то хрипящие звуки и, взглянув по направлению отца Макария, увидел, что батюшка как то неестественно склонился у подоконника. В это время вошли в алтарь некоторые церковнослужители и, видя такое положение отца Макария, подошли к нему, понимая, что с ним очень дурно. Посадив его на стул, начали его разоблачать и потом отнесли его в келью. Печальная весть о предсмертном состоянии отца Макария быстро распространилась по обители. В келье его собралась почти вся старшая братия. Они старались помочь ему, но Господу Богу было угодно призвать к Себе своего великого труженика. Через несколько часов после совершения им своей последней ранней Литургии отец Макарий мирно отошел ко Господу.
Печальные редкие удары колокола возвестили монастырю и окрестностям о кончине великого деятеля на благо русских на Святой Горе Афон.
На четвертый день после смерти, 23 июля, при разборке бумаг в келье найдено было написанное собственноручно завещание отца Макария. Оно было прочитано в присутствии всей братии обители. Завещание имеет следующее содержание:
«Во имя Отца и Сына и Святого Духа. Возлюбленные о Господе Отцы и Братья!