Тяжелым и хлопотным было послушание, возложенное на отца Арсения. Но всем своим сознанием почитавший волю Божию выше всех своих желаний, сомнений и недоразумений, он всецело, как смиренный и покорный раб, подчинился ей, хотя и очень прискорбно ему было расставаться с возлюбленным местом уединения. Всегда энергичный и деятельный, он новому послушанию своему посвятил все свои силы.
В течение четырех лет он объехал почти всю Россию. Усердие русского народа к святыням несказанно воодушевляло отца Арсения, и он, не чувствуя усталости, двигался все дальше и дальше. А Господь, богатый на милости, с избытком вознаграждал труды верного раба Своего. От афонских путешествующих святынь благодатью Божией повсюду стал истекать для приближавшихся к ним с верою и теплым молением обильный источник исцелений от душевных и телесных болезней. Эти благодатные явления чудес от них были задокументированы и впоследствии изданы отцом Арсением отдельной книгой. Такая обильная милость Бога, естественно, повсюду возжигала огонь усердия в сердцах людей для умножения добровольных пожертвований на Святой Афон. Отец Арсений, умиленный происходящими чудесами, воскликнул: «Великая милость Божия осеняет нас, Господь, видимо, благоволит к нашим немощным трудам!»
Особенно прославились святыни в столице России Москве, когда они находились в Богоявленском монастыре, где все более и более являлось богомольцев и откуда все более и более шло пожертвований на Святой Афон. Это побудило отца Арсения рекомендовать старцам Руссика открыть постоянное подворье в Москве. И вскоре старцами Руссика на Высочайшее имя и в Святейший Синод было подано прошение об устроении в Москве при Богоявленском монастыре часовни во имя святого великомученика и целителя Пантелеимона. При содействии некоторых влиятельных лиц разрешение на строительство часовни у Владимирских ворот Кремля было получено.
«Угодник Божий возлюбил Москву, – говорил обрадованный таким решением отец Арсений, – и возжелал не временно пребывать в ней, а постоянно. Слава и благодарение Богу!» Все хлопоты по построению часовни лежали на плечах отца Арсения, и он вполне оправдал доверие к себе старцев. Фасад часовни имел изящный вид, а внутри она была украшена иконами, присланными с Афона. Здесь же была помещена икона Тихвинской Божией Матери, а слева от нее – икона святого великомученика Пантелеимона с частью святых его мощей. Часовня была торжественно открыта и освящена в начале 1873 года епископом Дмитровским Леонидом (Краснопевцовым) в сослужении отца Арсения.
«Вот и мы теперь с помощью угодника Божия постоянные жители Москвы, – радостно говорил отец Арсений. – Могли ли мы прежде о том подумать?»
Отец Арсений завел такой порядок в часовне, чтобы здесь в определенное время служились общие молебны с акафистами. Для москвичей и гостей города она стала одним из излюбленных мест молитвы и духовного отдохновения.
Отец Арсений не ограничивался только заботами о часовне. Дела чистой бескорыстной христианской любви он считал выше всякого другого подвига. «Особенно дел любви нам не должно оставлять, – говорил он. – Поститься как следует – мы не постимся. Молиться – плохо молимся. Одно средство у нас остается для наследования Царствия Небесного – это именно дела любви. И с сими делами спешить надобно, ибо жизнь наша коротка».
Во время поездки по России и остановок на местах и в новой часовне в Москве келья отца Арсения всегда была переполнена посетителями. Он старался всех удовлетворить, с каждым побеседовать, кого наставить, кого утешить, и в течение целого дня не было у него ни одной свободной минуты. «Дело Божие надо делать не откладывая», – обычно говорил он и этому правилу был верен до конца жизни, иногда совершенно забывая о пище и телесном покое.
Около отца Арсения, как глубоко верующего и строгой подвижнической жизни аскета, постоянно собирался круг многих и многих искренне преданных ему людей, жаждавших духовного совета для разрешения различных духовных недоразумений и дел. Отец Арсений умел как то сразу распознать человека, пришедшего к нему за духовной помощью, а потому и мог преподать каждому нужное духовное врачевство. Впоследствии, когда отец Арсений находился на Афоне, его российские чада в письмах продолжали с ним общение. После отца Иеронима и отца Макария у него была самая обширная переписка с мiром.
Отец Арсений, несмотря на занятость, писал много поучительных писем, составлял духовно-нравственные наставления, был инициатором начала издательского дела монастыря. Он умел из святоотеческих творений составлять весьма назидательные книги и брошюры. В 1866 году издал книгу под заглавием «Беседа о молитве», в 1868 году – книгу «Единое на потребу», а в 1876 году – книгу под заглавием «Маргарит, или Избранные душеспасительные изречения, руководящие к вечному блаженству, с присовокуплением некоторых бесед, относящихся исключительно к женским обителям».