Отец Арсений составил жизнеописания некоторых современных ему подвижников, которые впоследствии были изданы монастырем под названием «Афонские современные подвижники». Написал много статей духовного содержания, которые публиковались в разных журналах тогдашней России, был основателем периодического издания Руссика, которое сначала называлось «Душеполезные размышления», а затем «Душеполезный собеседник».
В 1870 году отец Арсений посетил святой град Иерусалим и по впечатлениям от своей поездки составил «Путеводитель во святый град Иерусалим...», который был издан в 1872 году. После кончины отца Арсения монастырь опубликовал собрание его писем под названием «Письма в Бозе почившего афонского старца иеросхимонаха Арсения Минина к разным лицам с добавлением мыслей и заметок о разных предметах веры и нравственности».
После открытия и освящения часовни в Москве отец Арсений просил своих старцев снять с него послушание служения при часовне и позволить ему возвратиться на Афон, по которому постоянно тосковала его душа. К тому же зрение и ноги его стали ослабевать. Но Господь, ведающий сущие Своя, судил ему иначе. Старцы не только не сняли с него послушания при часовне, но дали ему новое, еще более трудное и в более отдаленном уголке России. Ему поручили найти на Кавказе место, где бы могла быть устроена обитель, которая служила бы неким прообразом Руссика в России, где соблюдались бы его же иноческие традиции и Устав.
Задача эта вполне совпадала с духовными устремлениями отца Арсения, вся послушническая деятельность которого до этого проходила в повиновении своим старцам и осуществлении деятельной любви. Он вскоре нашел весьма удобное место для обители в местечке Анакопия, около города Сухуми, где стоял разрушенный храм во имя святого апостола Симона Кананита. О превращении этого храма в новую Новоафонскую Симоно-Кананитскую обитель в 1875 году, по мысли отца Арсения, и было подано старцами Руссика прошение на имя Его Императорского Высочества Великого князя Михаила Николаевича, наместника Кавказского. Это прошение, к несказанной радости отца Арсения, увенчалось успехом.
В течение года при помощи благотворителей он успел уже в новой обители устроить церковь в честь Покрова Пресвятые Богородицы, а также построить кельи для нескольких братьев, присланных к нему с Афона. Также удалось открыть и училище для мальчиков тамошних туземцев, которых набралось до 20 человек. Несмотря на то что дело устроения обители на Кавказе требовало от отца Арсения нечеловеческих усилий, он не оставлял и прежнего своего послушания при Афонской часовне в Москве. Все удивлялись его энергии и энтузиазму. Священник Николай Воинов замечал, что «огонь духовной ревности горел в его душе сильным пламенем, что ясно отпечатлевалось в глазах его, быстрых, насквозь как бы проникающих».
Во время Русско-турецкой войны, когда под августейшим покровительством Государыни Императрицы Марии Александровны открылось Общество Красного Креста, отец Арсений тотчас стал членом его. Он принял активное участие в сооружении на Девичьем поле лазарета, за что был удостоен благодарности от Императрицы. Однако отец Арсений этим не ограничился. Он устроил приют для раненых солдат в доме на Полянке, который чуть ранее пожертвовали Руссику Сушкины, родственники игумена Макария, тем самым показав себя патриотом, бескорыстной чистой любви христианином.
Никто никогда не слышал из его уст праздного слова. Отец Арсений часто был молчалив и задумчив, присутствующие при нем чувствовали, что он в сердце своем творит молитву, и не смели его отвлекать разговорами.
Смирение отца Арсения было изумительно. Он всегда считал себя первым из грешников. Весьма смущало его то, что среди разнообразных занятий вдали от Святого Афона он не мог исполнять во всей точности устава иноческой жизни. Это нарушение он старался восполнять делами христианской любви.
Дух бодр, но тело немощно. Здоровье отца Арсения при столь сложных и многообразных послушаниях дрогнуло, и вдобавок ко всему в начале осени 1879 года в Петербурге он нечаянно споткнулся, упал и ушиб ногу так, что был вынужден продолжительное время лечиться.
Во время своего пребывания на Святой Горе в 1878 году отец Арсений как бы предчувствовал, что он более не увидит возлюбленного своего Афона. После отъезда с Афона, по окончании храмового праздника Покрова Пресвятые Богородицы, в его келье нашли пакет с такой надписью: «Прошу распечатать и прочитать по смерти моей. Иеромонах Арсений». После смерти его, согласно пожеланию, старцами и был распечатан пакет. И что же в нем оказалось? Духовное завещание, собственноручно написанное отцом Арсением.