Русский монастырь принял его с любовью. Согласно его желанию, ему отдали пустынную келлию во имя святого Георгия Победоносца (дальнюю), где и поселился наш молчальник. В схиме, которую отец Тихон принял вскоре по прибытии из Иеруcалима, он был наречен Тимофеем.
Келлия эта находилась к юго-востоку от Ксенофонтского скита, у подошвы одного из пустынных холмов. Там отец Тимофей полагал начатки безмолвия афонского и провел три года, если не больше. Его обыкновенным ложем был стул – стасидия, род высокого кресла, на ручки которого можно опираться стоя. Только в крайних случаях, по болезни, отец Тимофей спал на койке, и то всегда сидя и очень мало. Пустынные его подвиги знал и видел только Бог. Ноги его от постоянных молитвенных стояний отекли. Кожа на них была как у верблюда, так что ему не нужны были сандалии. Если же кто-то непременно захотел бы его обуть, то их пришлось бы нарочно шить, потому что никакая обыкновенная обувь не подходила к его отекшим, а иногда и гноящимся ногам, на которые жалко было смотреть, тем более когда закипали они ранами.
Отец Сергий (Веснин) в своих письмах пишет: «По особенной любви моей к этому дивному пустыннику и я пользуюсь взаимностью его чувств и отеческим расположением, так что он всегда и на всякое время дозволяет мне приходить к нему в пустыню. Вследствие сего я подслушивал иногда его горький плач, его неутешные слезы и сердечные страдания. О чем он грустит? Отчего его слезы?.. Про это знает только Бог и сердце отца Тимофея, который для назидания моего и в утешение изнемогающего духа моего под крестом иноческих подвигов признавался мне, что плоть его остается в девственной чистоте. Бывало иногда, в крайнем моем изнеможении, я начну жаловаться отцу Тимофею на мою леность, на нерадение к молитве и славословию. Он тяжело вздохнет, а по временам и со вздохом произнесет: „Ах, брате, брате! Когда мы искренне Бога возлюбим, поверь мне, не будем ленивы. Леность в молитве значит недостаток любви к Богу. Терпи, чадо, терпи, – прибавит он к этому с улыбкой. – Терпеть не будешь, бесу жертвой будешь“. И я, бывало, всегда чувствовал неизъяснимое удовольствие в беседах с отцом Тимофеем. При возвышенных своих понятиях об аскетике, в особенности о созерцательной жизни, при строгой опытности своей, он иногда меня с детским простодушием спросит: „Скажи, пожалуйста, что это значит богословие, которому вас учат. Я такой глупый, что ничего не знаю. Я ведь не ученый, сын перевозчика. Ах, если бы мне знать по твоему богословию“. С чувством я всегда пытался отвечать на его детский вопрос. Отец Тимофей улыбается при этом, потупится и замолчит».
В послушники ему на келлию старцы благословили отца Парфения (Агеева), который так описывает подвижничество отца Тимофея: «Меня отпустили к нему послужить и сподобился я быть очевидцем его жизни и подвигов. Жил с ним полгода и не видел его никогда на ребрах лежащего, да и сидящего весьма мало, только разве во время трапезы. Но всегда он был на ногах, хотя ноги были больны и опухли, но он на то не смотрел. Каждую ночь, с вечера, среди церкви он становился на молитву и стоял неподвижно до наступления дня. Таков его был устав! Кельи для себя не имел, а церковь ему была вместо кельи. В течение дня прочитывал часть из Апостола и часть из Евангелия, акафист Богородице. Потом занимался трудами. Пищу употреблял самую постную. После трапезы входил в церковь, садился на место и всего час дремал – это было его упокоение, которое он позволял своей немощной плоти. Потом вставал и исполнял монашеское правило: триста поклонов земных, тысячу триста поясных, а молитву читал не устами, но сердцем и умом. Таковы были его жизнь и подвиги, что я не мог без слез на него и смотреть. Я, окаянный, не только не мог в чем-нибудь ему подражать, но боялся на него и смотреть. Но, впрочем, желал препроводить жизнь свою с ним и послужить ему до смерти. Думаю, за его святые молитвы простил бы Господь мои великие согрешения и помиловал бы мою окаянную душу, но великих грехов моих ради не сподобился я до конца совершить мое желание и послужить такому великому старцу».
Недолго отец Тимофей оставался на Георгиевской келлии, потому что келлия, принадлежащая ему, требовала от него много домашних хлопот, от которых он так отвык и которые так отвлекали его от богомыслия, что он решился перейти в монастырь, где, посвятив себя совершенно Богу, уединился в глубоком затворничестве, являясь посреди братства только в субботу для принятия Святых Христовых Таин и никуда не выходя более в другие дни.