Когда старец Тимофей пришел на Святую Афонскую Гору, то духовник Иероним благословил его говорить со всеми и, кто будет требовать, давать наставления. Разговоры и наставления его были только о том, чтобы каждый старался совершать и стяжать умную молитву и чтобы каждый более всего старался очищать внутреннего человека, очищать свое сердце от помыслов и от прилогов вражьих. Он всегда говорил, что монах потому называется воином Царя Небесного, что имеет брань и войну не с плотью и кровью и не с человеками, но с началами тьмы века сего и с духами злобы, которые беспрестанно воюют с нашим умом и беспрестанно пускают свои стрелы в наше сердце и уязвляют нас. Не в нашей воле состоит, что они стреляют, и невозможно нам этого им запретить, но в нашей воле состоит то, чтобы нам беспрестанно им противиться и отражать их стрелы, т. е. помыслы, беспрестанной Иисусовой молитвой. Если случится, что они нас очень больно уязвят, то надобно скорее эту рану открывать врачу, т. е. духовному отцу, и излечивать ее покаянием и слезами.
Еще он часто говорил так: «Срамно и стыдно тому воину называться воином, который не исполняет в точности царской службы. Он еще подвергнется и наказанию. Так же стыдно и срамно будет перед Царем Небесным и нам, монахам, не старающимся в очищении внутреннего человека и не старающимся совершать умную сердечную молитву, которая очищает наше сердце, и отгоняет все вражьи помыслы и прилоги, и соединяет нас с Самим Богом. Какое мы, монахи, принесем оправдание, если, оставив мiр, освободившись от мiрских попечений, удалившись в пустыню, отрекшись от самих себя и уже одолев половину пути, не захотим дойти до конца его и не постараемся достичь настоящей нашей цели? Настоящая же наша цель – очистить внутреннего человека, возлюбить Господа Бога от всего сердца своего и от всего помышления своего и соединиться с Ним молитвой, т. е. беспрестанным с Ним собеседованием через умную молитву. Когда достигнем такого истинного монашеского состояния и будет сладостно для нашего ума и сердца имя Сладчайшего нашего Господа Иисуса Христа, тогда с Ним сможем победить и страсти. И не только их тогда победим, но и умертвим. А кроме умной молитвы, невозможно нам победить страсти, и очистить свое сердце, и соединиться с Богом. Умная молитва есть начало и источник всем добродетелям. И Апостол говорит, что „хощу пять словес умом моим глаголати, да и ины пользую, нежели тмы словес языком“ (1 Кор. 14:19). И Сам Господь наш Спаситель мiра сказал: „Се бо царствие Божие внутрь вас есть“ (Лк. 17:21). И еще: „Блажени чистии сердцем: яко тии Бога узрят“ (Мф. 5:8).
Как нам тогда будет нерадостно, когда не узрим внутри нас Царствия Небесного? Как нам тогда будет невесело, когда не сможем очистить свое сердце от страстей и от нечистых помыслов? Как нам тогда будет неутешительно, когда душевными нашими очами узрим самого Бога? Вот какие нам Господь открывает неизреченные таинства и какие изливает свои неизреченные милости, а мы не хотим постараться очистить свое сердце, не хотим понуждать себя в благотворной умной молитве! Ибо „...царствие небесное нудится (с нуждею восприемлется), и нуждницы восхищают е“ (Мф. 11:12). Это дело наше – иноков, монашествующих, оставивших мiр и мiрское попечение и всю суету. Мiр, т. е. любители мiра, не достигают этого, и даже не вмещают, и не могут достичь этого, потому что они всегда упражняются в житейских попечениях и имеют ум свой привязаным к мiру и его прелестям».
К себе по необходимости отец Тимофей не возбранял вход братии, но, дорожа его затворничеством, они не иначе бывали у него, как только в крайности своего положения, для раскрытия пред ним своих мыслей и совести и для получения назидания от его старческой беседы. Кушать ему приносили в келью.
Келья его в монастыре была наверху, над отхожими местами, и полна клопов. У него не было ни кровати, ни постели. Вместо кровати служило ему кресло, а над головой лежала Псалтырь. Когда он, бывало, сидел на скамейке, то у него на коленях лежала чурочка, в которой выдолблены были две ямочки, а в них – масличные зерна. Он брал по одному зернышку, перекладывал из одной ямки в другую, а сам творил Иисусову молитву.
Схимонах Селевкий (Трофимов) вспоминает: «Дивный был старец! Я часто беседовал с ним. Быв у него однажды в келье, говорю ему: „Отец Тимофей, благослови меня обмести стены твоей кельи от клопов“. А он мне сказал в ответ: „Нет, отче, клопы для меня полезны, у меня пахнут ноги, а они вытягивают из них дурную кровь“. А мы и ничтожную боль, и даже укус блохи не можем стерпеть. Отец Тимофей был самовольный мученик».