В Берлине Глинке было хорошо. Он с детства знал немецкий язык, чувствовал себя здесь своим, любил хозяйственных и аккуратных немцев. Летом и осенью 1856 г. он часто бывал в Королевской опере и в Певческом обществе (Singverein), наслаждался, как и прежде, музыкой любимых композиторов, на опере Глюка «Ифигения в Авлиде» «просто рыдал от глубокого восторга». В одном из писем этого времени в Россию он писал: «Мне здесь в Берлине приходится так по душе, что и высказать не могу». Композитор побывал в недавно построенном Новом музее на так называемом Острове музеев, ездил с Деном в парк Тиргартен или сам бродил по его тенистым аллеям.
На Мариенштрассе Глинка прожил все лето, а в начале сентября переехал на другую, более теплую квартиру на упомянутой уже улице Францёзишештрассе, 8.
Вместе с Деном Глинка изучал возможности сочетания западной фуги и русских церковных напевов в области богослужебного пения. Он усердно занимался теорией церковных тонов и полифоничной техники «строгого» музыкального письма западноевропейского Средневековья и эпохи Возрождения, определявшего особенности благозвучного сочетания нескольких мелодий. Для него было очевидным сходство ладовой организации древнерусских напевов с церковными ладами западноевропейской средневековой музыки при естественной национальной специфике. Он писал своему другу в Москву, что «почти убежден, что можно связать Фугу (так, с большой буквы, написано в оригинале письма. — Авт.) западную с условиями нашей музыки узами законного брака». Глинка с помощью Дена очень внимательно изучал особенности хоровых сочинений Иоганна Себастьяна Баха и итальянца Джованни Пьерлуиджи да Палестрины, одного из величайших композиторов духовной музыки. К декабрю были готовы две фуги. Многое сделанное в Берлине стало основой для последующего развития духовной музыки в произведениях П. И. Чайковского, С. И. Танеева, Н. А. Римского-Корсакова, А. Д. Кастальского и других композиторов той эпохи.
Глинка имел основания надеяться, что он сможет «дебютировать как композитор в Берлине», где будут исполнены некоторые его сочинения или фрагменты из оперы «Жизнь за царя». И это свершилось! Знаменитая ария «Ах, не мне, бедному сиротинушке» из Эпилога оперы с большим успехом прозвучала 21 января 1857 г. на единственном в году гала-концерте в Королевском дворце на Шпрее. Вдохновленный этим Глинка писал сестре, что он, по-видимому, «первый из русских, достигший подобной чести».
Этот концерт стал, к несчастью, и невольной причиной скорого ухода Глинки из жизни. В день концерта в Берлине было холодно. Покинув в радостном воодушевлении хорошо протопленные помещения дворца, Глинка по дороге домой простудился. Он не отличался крепким здоровьем и в этот раз заболел особенно сильно, а по причине простуды резко обострились другие хронические заболевания. Ранним утром 15 февраля 1857 г. на 53-м году жизни Михаил Иванович Глинка скончался. Похоронами озаботился Ден. Депешей он вызвал из Веймара протоиерея православной церкви Стефана Карповича Сабинина, так как священник посольской церкви был в это время в отъезде. Послал сообщение о смерти брата сестре композитора Л. И. Шестаковой. Погребение состоялось 18 февраля в присутствии композитора Джакомо Мейербера, дирижера Бейера, скрипача Грюнвальда, В. Н. Кашперова и некоего «чиновника» из русского посольства, имени которого Ден в письме сестре покойного сообщить не смог (предполагается, что это был второй секретарь посольства граф Петр Шувалов). Присутствовали также квартирохозяева Глинки и жены обоих русских священников. Ден пережил своего друга и ученика всего на год.
Поначалу Глинка был похоронен на одном из лютеранских кладбищ Берлина. Через три месяца по именному повелению императора Александра II, удовлетворившего просьбу сестры Михаила Ивановича, гроб извлекли из могилы и отправили в Петербург, где 5 июня 1857 г. Глинка был перезахоронен на Тихвинском кладбище Александро-Невской лавры. Все хлопоты по этому делу, как писала Л. И. Шестакова, правительство взяло на себя.