Штеменко пользовался особым уважением и авторитетом как высокопрофессиональный оператор военного искусства у Верховного Главнокомандующего и как правило, с его согласия, прежде чем приступить к разработке той или иной стратегической операции, отправлялся на фронт для изучения обстановки на месте.
Так, в 1943 г. он был направлен в Отдельную Приморскую армию в группе Маршала Советского Союза Климента Ефремовича Ворошилова. После проведенного Военного совета, в котором участвовали представители Северо-Кавказского направления, Черноморского флота, командования Отдельной армии и других войск, был составлен проект решения. Председательствующий на Военном совете член Политбюро ЦК ВКП(б) Ворошилов внес предложение, что столь ответственный документ должны подписать командующие, члены Военного совета и начальники штабов. В итоге получилось десять подписей.
На что Сергей Матвеевич заметил: «Климент Ефремович, столь ответственный документ не следует подписывать таким большим количеством людей».
Реплика вызвала неудовольствие маршала: «Вы не уважаете участников совещания, молодой человек!»
Генерал-полковник сделал последнюю попытку исправить ситуацию: «Товарищ маршал, документ должен быть подписан вами и мной как представителями Ставки и Генштаба. В противном случае… это крайне не понравится товарищу Сталину».
Но, несмотря на прозвучавшее имя, довод Ворошилову показался неубедительным и документ с десятью подписями оказался на столе у Верховного Главнокомандующего.
По истечении времени, когда замысел операции был воплощен в жизнь, и войска 4-го Украинского фронта, Приморской Отдельной армии Черноморского флота освободили Крым и Севастополь от гитлеровских захватчиков, 9 мая 1944 года Верховный Главнокомандующий отметил участников боев и разработчиков операции соответствующими знаками внимания. Многие получили весьма высокие полководческие награды; при этом первый заместитель начальника Генштаба Алексей Иннокентьевич Антонов представил и своего подчиненного генерала Штеменко к ордену Суворова 1-й степени. Когда Антонов вошел в кабинет вождя и доложил ситуацию на фронтах, он заметил выражение удовлетворения на лице Сталина. Закурив, тот сказал: «А теперь давайте красную папку». Следует при этом заметить, что руководитель страны никогда не подписывал никаких документов внимательно не изучив их. То же произошло и на этот раз. Он взял «наградную» папку, раскрыл ее и глазами пробежал по списку фамилий; понятное дело, вождь просматривал их и ранее. Вот синий карандаш в руках Сталина остановился напротив фамилии Штеменко, зачеркнул надпись «1-й степени» и сбоку написал: «2-й степени». А вслух Сталин добавил: «Будэт знать, как па-адписывать документы». Так наряду с другими наградами, которых был удостоен Сергей Матвеевич за время своей службы в Вооруженных Силах СССР, рядом с двумя орденами Суворова 1-й степени (платиновыми) стал красоваться Суворов 2-й степени (золотой).
Пройдет чуть более года после этих событий и генерал станет первым замом начальника Генштаба, возглавит Главное разведывательное управление (ГРУ). В ноябре 1948 он будет удостоен звания генерал армии и назначен на соответствующую воинскому званию Маршал Советского Союза должность начальника Генерального Штаба Вооруженных Сил СССР, где продержится по июнь 1952 г. Одновременно он будет и первым заместителем министра обороны СССР. Но в связи с реорганизацией в Вооруженных Силах страны, будет освобожден от занимаемой должности и вновь назначен начальником ГРУ.
После кончины вождя пришедший к власти Никита Сергеевич Хрущев не без помощи лизоблюдов из военного ведомства, мгновенно сориентировавшихся в складывающейся обстановке и проведших массу интриг, освободил генерала армии Штеменко от занимаемой должности, понизил в воинском звании до полковника и отправил служить в Закавказский военный округ, где на должности начальника штаба войск округа уже находился генерал армии Алексей Иннокентьевич Антонов. Он был возвращен сюда еще в 1946 году. Следует заметить, что Антонов, невзирая на свой исключительный профессионализм и такт, был чем-то неприятен вождю. Известно лишь, что начальник Главного оперативного управления генерал Василевский в 1942 году, и то с третьей попытки, убедил Сталина в целесообразности перевода из Закавказского военного округа начальника штаба генерала Антонова в Москву. Но, как оказалось, ненадолго…
Теперь Антонов, встретив в штабе войск округа своего недавнего подчиненного, сразу же предложил ему должность своего заместителя и начальника оперативного отдела штаба округа. Алексей Иннокентьевич питал добрые чувства к Штеменко не только как к профессионалу, но и как к надежному человеку, с которым хватил не один фунт штабного лиха. Не следует исключать и того, что генерал армии Антонов рассчитывал, что благодаря своему такту, дару убеждения и прозорливости он все-таки сумеет в кратчайшие сроки подвести базу к тому, чтобы столь незаслуженно наказанный коллега по военной службе был восстановлен в своем высоком воинском звании.