Ходатайство это было встречено царем благосклонно, и вскоре вопросом о покупке коллекции занялось правительство. Но дело чуть было не сорвалось из-за цены. Голенищев вложил в коллекцию 400 тысяч рублей — сумму по тем временам огромную. Таких денег министерство финансов заплатить сразу не могло. «Средств не хватает на самые насущные нужды, неизмеримо более настоятельные, более серьезные, чем покупка египетских древностей, для которых в России не найдется даже, пожалуй, людей, могущих оценить их, исследовать и действительно ввести в мировой оборот научных знаний», — заявил министр финансов во время заседания правительства 29 апреля 1908 года.
Нужно было какое-то иное решение, чем единовременная выплата стоимости коллекции, и вместе с друзьями Голенищев его нашел. Он предложил пожизненно выплачивать ему каждый год в виде ренты шесть процентов с этой суммы, то есть 24 тысячи рублей. Это предложение правительству показалось приемлемым. Оно было одобрено также Государственной Думой и Государственным советом. Весной 1909 года ими был принят на этот счет специальный закон. На тексте его рукою императора Николая II начертано: «Быть по сему. В Царском Селе, 10 мая 1909 года».
Итак, коллекция Голенищева перешла в собственность Российского государства. Разместить ее решили в Москве, в строившемся там Музее изящных искусств. 8 июля 1909 года Владимир Семенович формально расстался со своим детищем. В этот день был подписан акт о передаче коллекции, числом свыше 6 тысяч предметов, специальной комиссии. Но лишь два года спустя онабыла перевезена в Москву.
На торжественной церемонии открытия Музея изящных искусств Голенищев не присутствовал. Расставшись со своей коллекцией, он вскоре наконец женился — на француженке Цецилии Маттен и подолгу жил у нее на родине. «Поселяюсь совсем в милой Ницце среди моих книг и занятий и буду лишь летом наезжать в Петербург, — писал Владимир Семенович профессору И. В. Цветаеву 3 июля 1910 года. — Не могу больше переносить здешней (то есть петербургской. — В. Б.) зимней духоты и мрака: как побывал на южном солнышке, так и манит меня снова туда!»
Коллекция Голенищева стала украшением Музея изящных искусств. «Езжу регулярно в Москву, русский Египет, — писал 1 декабря 1912 года Владимиру Семеновичу профессор Б. А. Тураев. — Да, я теперь вижу, какое Вы сделали огромное культурное дело! Вам пришлось пережить тяжелый удар, расставшись с частью своей души, но да будет Вам утешением то, что Вы имеете возможность видеть при жизни, какие необычайные плоды принесла Ваша деятельность. Ни одна из громких египетских коллекций в мире не вызывает такого, не скажу интереса, а исступленного энтузиазма, как Ваша. Посетители в музей валят тысячами; путеводители раскупаются нарасхват… Ваше имя у всех на устах: египетский зал музея называют храмом, в который надо входить с трепетом».
В 1915 году, уже после начала Первой мировой войны, Голенищев вновь уехал в Ниццу, попросив в Эрмитаже отпуск. Добрался до Франции с большими трудностями и получил разрешение у директора Эрмитажа не возвращаться в Петроград «до более благоприятного времени» — окончания войны. Но раньше, чем кончилась война, в России произошла революция.
Почему Голенищев не рискнул хотя бы раз приехать после этого на родину, как случилось, что ему прекратили выплачивать ежегодную ренту, — ответов на эти важные вопросы я так и не нашел. Ясно только, что после революции Владимир Семенович остался без средств к существованию. Он начал искать работу преподавателя в одном из университетов Европы или США, а еще лучше в Египте. «Я не сомневаюсь, что в конце концов то место, о котором Вы бы мечтали, найдется для Вас именно в Каире», — писал Голенищеву 7 июня 1918 года известный американский ученый Дж. Х. Брестед, среди других друзей Владимира Семеновича хлопотавший о его устройстве на работу.
Хлопоты эти, как уже известно читателю, действительно дали результат. В 20-е годы Голенищев обычно «зимовал» в Египте с октября по апрель, затем, выйдя в отставку, стал приезжать из Ниццы на более короткий срок. Несмотря на почтенный возраст — в 1926 году Владимиру Семеновичу исполнилось 70 лет — он развил в Каире бурную деятельность. В университете он основал кафедру египтологии. Одновременно Голенищев занимал должность профессора и во Французском институте восточной археологии, расположенном в Каире. И, наконец, участвовал в составлении каталога древних папирусов Египетского музея. У Голенищева учились многие из египтян, кто впоследствии составил цвет национальной египтологической науки.