Северо-Двинская речная флотилия — формирование, действовавшее в бассейне Северной Двины и созданное зимой 1918–1919 гг. в Архангельске в составе: 2 канонерские лодки (вооруженные пароходы с английской командой), 3 вооруженных парохода, 5 плавбатарей и более 10 вспомогательных судов. Флотилия находилась в подчинении командующего союзными силами на Северной Двине и действовала совместно с английской флотилией (5 канонерских лодок, 4 монитора, ряд более мелких кораблей и судов). В мае — сентябре 1919 г. Северо-Двинская флотилия совместно с английскими кораблями провела ряд удачных артиллерийских боев на участке Кургоминская, Пучуги. После эвакуации союзников она вела самостоятельные боевые действия. В конце сентября вместе с сухопутными частями флотилии пришлось отступить к устью реки Шипилиха, где при поддержке корабельной артиллерии создавался оборонительный рубеж. С началом ледостава на Северной Двине корабли перешли в Архангельск. Зимой 1920 г. состав флотилии возрос до 7 плавбатарей (со 130-мм и 203-мм орудиями и 76-мм бомбометами), 1 канонерской лодки, 13 катеров-истребителей, 4 тральщиков, 2 катеров-тральщиков, 1 плавмастерской, 7 посыльных судов и пароходов, 7 вспомогательных плавсредств. Из числа моряков флотилии было сформировано несколько рот морских стрелков, действовавших в составе войск Железнодорожного района. С падением Архангельска корабли флотилии остались в базе и впоследствии продолжили службу под красным флагом
Печорская флотилия действовала на реке Печоре в составе войск Мезенско-Печорского (затем Пинежско-Мезенского) района. В ее состав входили 11 пассажирских и буксирных пароходов, 3 катера и 10 барж.
Онежская озерная флотилия воевала в Повенецком заливе Онежского озера. Флотилия была сформирована летом 1919 г. в составе 7 катеров-истребителей, 10 вооруженных моторных катеров, 2 вооруженных буксиров и гидросамолетов. Главной базой флотилии служил поселок Медвежья Гора (ныне — город Медвежьегорск). Экипажи кораблей укомплектовывались в основном офицерами и гардемаринами, прибывшими из Мурманска и Архангельска. В отличие от Северо-Двинской флотилии, в составе Онежской флотилии практически не было англичан. Начальник флотилии капитан 1-го ранга АД. Кира-Динжан писал: «Лишь флотилию не касался с точки зрения числа бойцов, уход союзников, т. к. […] она выполняла на озере свое дело самостоятельно, без всякого их участия. Союзники (англичане) во всех операциях брали на себя неизменно роль десанта, т. е. такую, которая давала им большую безопасность, одновременно с возможностью кое-что и приобрести (ограбление ими церквей в Кузаранде и Пудож-горе). Присланные сюда английские моряки во многом напоминали мне товарищей Дрека, Фробишера, Моргана и прочих времен Большой Флибусты. Сотрудничество английской флотилии с нашей (…) приносило лишь вред нашему делу в боевом отношении»[15].
В 1919 г. флотилия вела активные боевые действия в прибрежной зоне, используя многочисленные острова и бухты для нанесения внезапных ударов по кораблям и для нарушения коммуникаций Онежской военной флотилии красных, а также занимаясь установкой и охраной минных заграждений. Первый поход кораблей под Андреевским флагом состоялся 3 августа 1919 г., а уже на следующий день белых моряков ждал первый боевой успех. Утром 3 августа дозорная группа красной флотилии в составе двух канонерских лодок, сторожевого судна и сторожевого катера вступила в бой с тремя катерами-истребителями Онежской флотилии в районе острова Мег. Вскоре неприятельская канонерская лодка № 2, получившая подводную пробоину, выбросилась на камни, через некоторое время ее примеру последовало сторожевое судно № 3, выбросившееся у деревни Обежи. В том же бою белые захватили катер № 6 этой же группы, замаскированный у острова Сал. В результате успешного боя белая флотилия пополнилась двумя новыми единицами — вооруженным пароходом, получившим название «Сильный», и катером «Боевой».