В 1897 г. Техническое училище преобразовано в Морское инженерное училище императора Николая I (это название оно носило до марта 1917 г., после чего стало именоваться просто Морским инженерным училищем) с двумя отделениями — механическим и кораблестроительным. На вступительном экзамене требовались знания в объеме реального училища.
На кораблестроительном отделении изучались прикладная механика, сопротивление материалов, технология металла и дерева, электричество и электротехника, минное дело, артиллерия, пароходная механика, теория мореходных качеств, кораблестроительная архитектура, черчение деталей судов, проектирование судов. На механическом — начала пароходоустройства, самодвижущиеся мины, механическая теория тела, описание главных судовых механизмов и котлов, трюмная гидравлика, черчение деталей судовых машин, проектирование машин, сопротивление материалов, технология металла и дерева, прикладная механика, электричество и электротехника.
Выпускники зачислялись в корпус корабельных инженеров (кораблестроительное отделение) и в корпус инженер-механиков флота (механическое отделение). Через 2 года они получали преимущественное право на поступление в Морскую академию. С 1877 по 1904 г. полный курс училища окончили 122 корабельных инженера и 495 инженеров-механиков. С 1905 по 1909 г. было выпущено 27 корабельных инженеров и 141 инженер-механик. В 1900–1905 гг. училище выпускало от 28 до 42 человек в год, в 1906–1912 гг. средний выпуск составлял 30 человек, в 1913 г. было выпущено 43 человека, в 1914 г. — 79 (в том числе 43 человека ускоренного выпуска), в 1915 г. — 45 человек. Корабельных инженеров в выпусках 1906–1915 гг. насчитывалось в среднем по 5 человек.
В марте 1918 г. вместе с Морским корпусом училище было ликвидировано.
Флотские учебные заведения с ускоренным сроком обучения.
В связи со значительной нехваткой офицерского состава флота (см. ниже) Морскому ведомству пришлось организовать ряд учебных заведений с ускоренным сроком обучения, выпускавших офицеров военного времени с чином прапорщика, мичмана или мичмана военного времени. К подобным учебным заведениям относились Отдельные гардемаринские классы, Курсы гардемарин флота, Школа прапорщиков по Адмиралтейству (мичманов военного времени).
5 августа 1913 г. в Санкт-Петербурге открылись Временные курсы юнкеров флота с учебным курсом по программе Морского корпуса. 1 июня 1914 г. они были преобразованы в Отдельные гардемаринские классы (ОГК), причем 60 ранее зачисленных туда юнкеров флота переименовали в гардемарины. Обучение в них было рассчитано на три года. В классы принимались на конкурсной основе дети офицеров, потомственных дворян, священнослужителей (в ранге не ниже иерея), гражданских чиновников (не ниже VII класса Табели о рангах), а также представители других сословий христианского вероисповедания, окончившие курс в каком-либо гражданском вузе. После зачисления в ОГК гардемарин сразу же приводили к присяге. Полный курс обучения рассчитывался на 3 года. Затем воспитанники производились в корабельные гардемарины и направлялись на корабли Учебно-артиллерийского и Учебного минного отрядов. После практики и сдачи экзаменов они получали первый чин мичмана. Классы произвели три выпуска мичманов — 30 января 1916 г.; 25 марта 1917 г. (первый выпуск офицеров флота Свободной России) и 20 февраля 1918 г. В отличие от гардемарин Морского корпуса, носивших белые погоны, гардемарины ОГК имели погоны черного цвета, за что они неофициально назывались «черными гардемаринами». Отдельные гардемаринские классы были упразднены постановлением Верховной морской коллегии (органом управления флотом, созданным после прихода к власти большевиков) от 28 ноября 1917 г. Курсы гардемарин флота были организованы в 1916 г. на базе сформированной при 2-м Балтийском флотском экипаже роты т. н. гардемарин флота, состоявшей из лиц с высшим образованием, пожелавших сдать экзамен на получение чина мичмана. Обучение на курсах должно было длиться в течение года, причем 3 месяца отводилось на практику. Экзамен на офицерский чин гардемаринам полагалось сдавать при Морском корпусе или Морском инженерном училище, в зависимости от специализации. Первое зачисление на курсы состоялось 17 декабря 1916 г. Помимо морского отделения на курсах также были открыты гидрографическое и кораблестроительное отделения. 5 мая 1917 г. состоялся первый выпуск курсов. После октябрьского переворота 1917 г. курсы в прежнем виде перестали существовать: гардемаринам по морской части предложили сдать оставшиеся экзамены до 28 апреля 1918 г., механическое и кораблестроительное отделения закрывались, а их гардемаринам разрешалось до 1 августа 1918 г. продолжить занятия на вновь организованных краткосрочных Курсах военного кораблестроения. Гидрографическому отделению, переименованному в Класс гидрографов военного флота, было разрешено заниматься до 1 июня 1918 г. Гардемарины, обучавшиеся на курсах, носили серые шинели, за что их неофициально прозвали «серыми гардемаринами».