В Высочайшем указе Павла I Адмиралтейств-коллегии 4 августа 1799 г. относительно состояния кораблей говорилось: «С восшествием нашим на прародительский престол приняли мы флоты в таком ветхом состоянии, что корабли, составляющие оные, большей частью оказались по гнилости своей на службу не способными».
Павла возмущала общая безалаберность и разгильдяйство. Он не желал мириться с упадком флота. Он потребовал немедленно представить ему подробные рапорты о состоянии всех флотов и крупнейших портов Империи.
В них, в частности, говорилось, что «использование негодных материалов, пеньки, смолы и пр. дурно сказывается на состоянии судов, тогда как иноземцы вывозят из России все самое лучшее. Все дело в комиссионных, которые получают лица, ответственные за снабжение флота: им выгодно повышать цены и снижать качество поставляемых материалов».
Ознакомившись с рапортами, император повелел создать комиссию, в ее задачу входила регулярная инспекция складов и магазинов. Строгие меры быстро дали эффект порядок в снабжении флота был восстановлен, а вновь провинившихся ждали суровые кары.
В первый же год своего царствования император учредил особый комитет для выработки новых, более отвечающих современности, штатов и положений о флоте. На комитет было возложено «составить точное исчисление потребных сумм на содержание флота, равно Адмиралтейств-коллегий и подчиненных ей мест».
Комитет разработал «Штаты Российских Флотов», заменившие екатерининские 1781 г. Состав флотов по новым штатам: для Балтийского флота — 45 линейных кораблей (девять 100-пушечных, двадцать семь 74-пушечных и девять 66-пушечных), 19 фрегатов, 23 судна 3-го ранга, 4 бомбардирских корабля, 63 ластовых судна, 12 гребных фрегатов, 30 плавучих батарей, 12 бомбардирских катеров, 200 канонерских лодок, 100 иолов, 4 брига и 9 галетов; для Черноморского флота — 15 линейных кораблей (три 100-пушечных, девять 74-пушечных и три 66-пушечных), 10 фрегатов, 12 судов 3-го ранга, 2 бомбардирских корабля, 10 плавбатарей, 100 канонерских лодок и около 60 ластовых судов. В действительности годных для дальнего плавания кораблей было меньше.
В «Штатах» впервые была установлена тактическая единица эскадры, найденная опытом и введенная в целях удобства управления боевым строем — четыре линейных корабля линии баталии и один в резерве.
В конце 1796 г. Балтийский флот был разделен на три дивизии: синего флага — авангард, белого флага — кордебаталия и красного флага — арьергард. В свою очередь каждая дивизия делилась на три эскадры Черноморский флот разделялся на три эскадры. Это деление просуществовало довольно долго.
Принятие императором Павлом звания гроссмейстера Мальтийского державного ордена Св. Иоанна Иерусалимского отразилось и на учреждении в Балтийском и Черном морях по одной орденской эскадре (три корабля, один фрегат и несколько гребных судов в каждой).
Комитет определил и новый морской бюджет. Павел был убежден в том, что России нужен сильный флот, и не жалел на него средств. Бюджет флота, составлявший при Екатерине пять миллионов рублей, при нем возрос до пятнадцати миллионов. Но в 1797 г., почти не уменьшая ни численности, ни боеспособности флота, комитет нашел возможным сократить расходы на флот более чем наполовину — до шести миллионов семисот тысяч.
За короткое царствование Павла весьма деятельно проводились работы по расширению и дальнейшему оборудованию существующих портов, особенно Балтийских — Петербургского, Кронштадтского и Ревельского.
В целях сосредоточения управления портов в руках одного ответственного лица, в портах Кронштадтском, Ревельском и Архангельском учреждены должности главных командиров и особые управления портов. Черноморские порты также обстраивались и расширялись.
При Павле было обращено внимание на улучшение кораблестроения. Вводится обязательное болтовое крепление частей корпуса, покрытие подводной части медными листами.
Уже в первые дни царствования Павла из Кронштадта обратно в Петербург был переведен Морской кадетский корпус. В Кронштадт он был отправлен после пожара 1771 г. Сам Павел частенько заезжал в корпус, где беседовал с юными моряками.
Павел явно благоволил флоту. «Беспокойный в последнее время характер Государя, его горячность и неуравновешенность, которые иногда так тяжело отзывались на командном составе армии и на ней самой, сравнительно меньше проявлялись в тех случаях, когда дело касалось флота».