Французам удалось перебросить морем большую массу войск в условиях господства противника на море.
Французам необходимо было сохранить флот на все время пребывания армии в Египте, иначе она оказывалась отрезанной. Бонапарт дал правильную директиву Ф.П. де Брюэсу — выбрать стоянку, обеспеченную от нападения. Предлагалось ввести флот во внутреннюю гавань Александрии, а если это окажется невозможным, то укрыться в Корфу.
Но французский адмирал не спешил выполнить указание командующего экспедицией генерала Бонапарта о переходе кораблей в безопасные порты Александрии или Корфу, под защиту батарей, и не организовал разведки и охранения. Эскадра Ф.П. де Брюэса перешла в залив Абукир в 13 милях к востоку от Александрии. Залив представлял собою открытый рейд, простиравшийся от Абукирского мыса до устья Розеттского рукава Нила.
Английская эскадра (14 линейных кораблей) под командованием контр-адмирала Г. Нельсона 1 августа подошла к Александрии и, не обнаружив в порту французских кораблей, повернула на восток и пошла вдоль берега. В заливе Абукир была обнаружена эскадра Ф.П. де Брюэса. После двухмесячной бесплодной погони по всему Средиземному морю англичане наконец увидели французский флот. В 16 часов эскадра Г. Нельсона подошла к бухте. Стремясь создать превосходство в силах, Г. Нельсон решил атаковать сначала всеми своими кораблями авангард и центр французской эскадры, разгромить их, а затем сосредоточить все силы против арьергарда противника. Абукирское сражение (битва у Нила) началось около 19 часов и продолжалось до утра 2 августа, а последний французский корабль сдался 3-го.
В Абукирском сражении французы потеряли 11 линейных кораблей, 2 фрегата и около 3,5 тыс. чел; англичане — 218 убитых и 678 раненых.
В результате морской победы англичан 30-тысячная экспедиционная армия Бонапарта оказалась отрезанной от Европы и закупоренной в Египте. В сентябре 1798 г. Турция объявила войну Франции. В целях предотвратить наступление турецкой армии и в соответствии со стратегическими планами Бонапарт с 13-тысячным отрядом в феврале 1799 г. предпринял поход в Сирию. Овладев Яффой и Хайфой, французские войска 18 марта подошли к крепости Акра, но после двухмесячной осады и неудачного штурма 21 мая вынуждены были отступить и 14 июня возвратиться в Египет. Турецкие войска, оборонявшие Акру, поддерживали английские корабли (два линейных корабля под командованием капитана С. Смита). Положение французской армии было безнадежным. Она уже не могла угрожать англичанам, а о походе в Индию не стоило и мечтать.
Абукир помог английским политикам создать в 1798 г. вторую коалицию против Франции. Установление французского контроля в Голландии и Швейцарии, захват Бонапартом Мальты и его поход в Египет вновь подтолкнул ряд держав к объединению. Разгром французского флота и упрочение английских позиций в Средиземном море содействовали достижению договоренности между Англией, Россией, Австрией, Испанией, Неаполем, Турцией, образовавшими вторую коалицию.
Вторжение французов в Египет, откуда Бонапарт хотел угрожать Индии, затрагивало не только интересы Англии и Турции, но и интересы России, ибо укрепление французов в Египте и в восточной части Средиземного моря грозило превращением Греции во французского вассала, появлением французского флота в Черном море и уничтожением всего того, что было достигнуто Россией в результате двух войн с Турцией.
Упрочение французского влияния в Центральной Европе, захват французами Северной Италии, находившейся под властью Австрии, обусловили участие Австрии в новой войне против Франции. А вторжение французской экспедиционной армии в Египет превратило Турцию в непримиримого врага Франции.
Вступив на престол, Павел I решил поберечь истощенные предыдущими войнами силы России, вернул из Англии эскадру М.К. Макарова и отменил поход А.В. Суворова в Европу. Но не прошло и двух лет, как из опасения, что Франция, перекраивая карту Европы, нападет на русские черноморские владения, правительство Павла I опять было вынуждено принять деятельное участие в войне против Франции. В спешном порядке две эскадры были отправлены в Северное море, а третья — в Средиземное море. Там уже вовсю хозяйничали солдаты Бонапарта: на Занте арестовали нашего консула, на Ионических островах под страхом смерти запретили грекам вступать в какие-либо сношения с Россией, захватили Мальту.