Предложение об организации специального органа, ведающего вопросами боевого использования армии и ее подготовкой к войне, было выдвинуто H. Н. Обручевым в феврале 1898 г. В своей записке по данному вопросу92 он советовал реорганизовать Главпый штаб, выделив в особое управление оперативно-стратегическую часть. Одновременно рекомендовалось поднять авторитет Главного штаба, который тогда приравнивался к другим управлениям Воеппого мппистсрства. Суть предложения генерала Обручева сводилась к следующему: 1) не прибегать к французской пли германской системе генерального штаба, но необходимо, чтобы Главный штаб занял надлежащее место в структуре Военного министерства и не приравнивался к прочим его управлениям до судного и медицинского включительно; 2) начальник Главного штаба должеп считаться товарищем (помощником) воеппого министра н в случае отсутствия министра замещать его; 3) предоставить начальнику Главпого штаба право личного доклада императору по важнейшим вопросам в присутствии военного министра; 4) начальник Главного штаба должен направлять деятельность всех частей штаба; 5) организация Главного штаба должна соответствовать штабам западных пограничных округов и быть в составе четырех органических частей — гснсрал-квар-тпрмейстера, дежурпого генерала, отдела по передвижению войск, отдела военно-топографического, начальники которых пользовались бы равными правами с начальниками главных управлений Военного министерства.
Главпый штаб длительпое время работал над проектами организации и штатов Генерального штаба в Россип. Опп в основпом были готовы в марте 1904 г. Русско-япопская войпа 1904—1905 гг. задержала их реализацию. К этому вопросу верпулись в мае 1905 г. на Особом совещании, которое выработало «Положение о Совете государственной обороны». Учитывая, что деятельность Совета государственной обороны может принести ожидаемую пользу лишь в том случае, если будет учреждепа должность начальника Генерального штаба, Особое совещание признало желательным установление этой должности одновременно с учреждением Совета 93.
21 мая (3 июня) 1905 г. вопрос рассматривался на совещании у царя. На нем отмечалось, что главнейший недостаток организации военного управления заключался в отсутствии авторитетного лица, специально занимавшегося вопросами стратегического планирования. Большинство участников признало необходимым сразу же поставить такое лицо в положение, совершенно не зависимое от военного министра, усматривая в этой его самостоятельности залог успешности в деятельности всего военного управления. Постановление совещания гласило: «1. Теперь же утвердить положение о начальнике Генерального штаба армии и назначить лицо для замещения этой должности. 2. Механически разделить ныне существующий Главный штаб на две части, из коих одпу передать начальнику Генерального штаба, а другую оставить в ведении начальника Главного штаба. 3. Предоставить начальнику Генерального штаба армии выработать «Положение о Главпом управлении Генерального штаба»»94.
В основу организации Генерального штаба русской армии была положена система прусского генерального штаба, начальник которого непосредственно подчинялся императору. Приказом по воепному ведомству № 424 от 21 июня (4 июля) 1905 г. в России была учреждена должность начальника Генерального штаба и утверждено «Положение о начальнике Генерального штаба». Соответственно этому были впесены изменения в «Положение о Совете государственной обороны», отмечавшие особое значение в военном ведомстве Главного управления Генерального штаба — органа, который наравне с Военным министерством был призван разрабатывать предложения по обороне государства 95.
Важной мерой являлось повышение роли генерал-инспекторов родов войск. 15 (28) июня 1905 г. была учреждена повая должность генерал-инспектора пехоты. 2 (15) июля 1905 г. вместо инспектора всей артиллерии вводится должность генерал-инспектора артиллерии. Следовательно, каждый из осповных родов войск (пехота, артиллерия, кавалерия, инженерные войска) стал иметь своего генерал-инспектора. На этих должностях находились великие князья пли близкие ко двору военачальники. Так, генерал-пнепектором артиллерии был вел. кн. Сергей Михайлович, генерал-инспектором по инженерной части — вел. кн. Петр Николаевич, генерал-инспектором кавалерии — вел. кн. Николай Николаевич, а с назначением его председателем Совета государственной обороны — генерал В. М. Остроградский, генерал-инспектором пехоты — генерал Гриппенберг.