Восемнадцатилетняя Поля Вихрова приезжает 22 июня 1941 года в Москву из глухого лесного края, чтобы решительно осудить своего отца Ивана Матвеевича Вихрова за якобы совершенные им грехи. Скоро она с недоумением обнаруживает странное несоответствие сущего и кажущегося в отношениях Вихрова и его постоянного обвинителя Грацианского, странную неясность всей ситуации, где непонятно, кто враг, а кто друг народа. Чтобы окончательно разобраться в этой ситуации, Поле Вихровой нужно сначала стать участницей Великой войны, совершить подвиг, близкий подвигу Зои Космодемьянской, счастливо избегнуть участи этой всенародной героини, вернуться из фашистского плена в Москву и только тогда обрести право и силу предъявить истинный счет клеветнику. Поля и ее названый брат возвращаются с войны, обогащенные знанием душевного богатства своего народа, «законов, записанных в сердце», и пониманием несоизмеримой с их прежними чистыми, но незрелыми представлениями о сложности нравственных коллизий, создаваемых реальной жизнью, исторической судьбой русского леса. И потому отныне они с более гибкими, более глубокими и выверенными жизнью и своим душевным опытом мерками будут подходить и к прошлому отцов, и к своему будущему.
В конце романа, едва прогнав фашистов из родных лесов, едва избавившись от духовной власти Грацианского и его непрошеного участия в их делах, герои романа скромно празднуют первую военную победу, впервые собравшись после испытаний и разлуки вместе — и юное и старшее поколение. Они не разъединены больше ни взаимным тягостным молчанием недоверия, ни масками фальшивого внешнего благополучия. Наконец-то они до конца понимают друг друга — и силу каждого из двух поколений, и слабость. И в этом мирном финале духовного согласия запечатлена вера автора романа в счастливый и достойный исход судьбы русского леса, леоновское понимание залога этого исхода как общих усилий и взаимной ответственности. Таков итог этого романа, сложившийся к началу 50-х годов, но чтобы понять его смысл и почувствовать его историческую глубину и правоту, нужно пройти вместе с героями Леонова большой и сложный путь.
Едва углубившись в роман, читатель «Русского леса» непременно обратит внимание на особенность его композиции, теперь довольно распространенную в литературе, но в начале 50-х годов редкую для советской прозы: свободное перемежение разных временных пластов. Непосредственное действие укладывается в несколько первых военных месяцев — с июня 1941 года по весну 1942-го. Но уже в первых главах романа, в первые сутки его действия и в последнюю предвоенную ночь, Иван Матвеич Вихров начинает вспоминать историю и предысторию своего лесного детства и всей своей жизни, отданной заботам о русском лесе, — это воображаемое путешествие в прошлое, с его разными пластами, причудливо переплетенными и между собою, и с событиями военной действительности, проходит перед глазами читателя. Как бы через дымку преданий и легенд встают картины крестьянских бедствий 90-х годов, первые шаги деревенского сироты, отданного матерью в люди, хождения в народ нищего студента 1910-х годов, история бурных успехов молодого советского ученого в 20-е годы и научные битвы годов 30-х.
Одновременно вспоминает о прошлом и сам автор — но уже не о прошлом Вихрова, а о тайном прошлом Грацианского, вводя в роман картины совсем нной социальной и живописной окраски. Здесь перед нашими глазами возникает гибельный блеск предреволюционного Петербурга с его загородными ресторанами, роскошными и сомнительными красавицами, тысячными рысаками, модерными особняками и декадентскими блекло-пышными гостиными, с его жандармами, провокаторами, с подспудно зреющей революцией, глухими подземными толчками сотрясающей этот неправедный, готовый к близкому краху мир.
В то же время и юная Поля Вихрова ведет свое следствие о прошлом родителей, пытаясь проникнуть в тайну отношений своего отца и его врага, своего отца и своей матери, разлучившихся по непонятным девочке причинам. Она идет ощупью и догадкой в дебри не такого уж далекого, но пугающего ее прошлого, раскрывая в нем не столько полновесные факты и подлинные события, сколько сердцем угадывая по обломкам от этих фактов и по намекам на давние события чистоту помыслов своего отца, его несчастную безответную любовь к покинувшей его жене, его беззащитную гордость перед клеветой и лицемерием Грацианского. Полино «следствие», вызванное духовной потребностью в знании и понимании прошлого, нужных ей, чтобы победить в войне, и добываемых ею на этой праведной войне, — это и есть внутренняя пружина столь сложной и запутанной на первый взгляд композиции «Русского леса».