Кроме того, учет русских офицеров был сильно запутан в результате отсутствия единых органов военного управления в России того времени. Как служилый человек, как дворянин офицер состоял на учете в Разрядном приказе, но как воинский начальник мог состоять в ведении Стрелецкого, Иноземского, Рейтарского приказов (ведавших каждый своим родом войск) и даже областных приказов и разрядов, имевших автономные права по некоторым отраслям военного управления. При этом не всегда существовала ясность, в ведении какого приказа состоят те или иные воинские (особенно областные) части, что создавало дополнительную путаницу в учете офицерского состава.
Поскольку чинопроизводство русских офицеров не зависело от финансовых смет, оно не ограничивалось и до 1665 г. находилось в руках воевод (за исключением производства в полковники), не стесненных никакими правилами. В 1665 г. был издан указ, предписывающий воеводам сообщать об открывшихся вакансиях в Разрядный приказ, а тот в свою очередь информировал об этом Иноземский приказ, который и производил офицеров в чины от имени царя. Воеводам было оставлено только право временного назначения на офицерские должности «до государева указу». С 1672 г. это их право было ограничено только обер–офицерскими чинами (и не иначе как из чина в чин). Однако, не имея возможности контролировать правильность воеводских назначений, дьяки Иноземского приказа в большинстве случаев просто санкционировали их.
В целом же порядок чинопроизводства был весьма далек от совершенства и отражал именно то состояние вооруженных сил, которое требовалось изменить путем создания регулярной армии. На систему чинопроизводства сильнейшее влияние оказывали прежние представления о престижности старых придворных чинов, (и вследствие чего получение последних иногда связывалось и с повышением в офицерских чинах, часто минуя промежуточные чины. Порой стряпчие производились прямо в подполковники, стольники в ротмистры, жильцы — в поручики и т. д.; имел даже место случай производства дворцового служителя (подключника) в стрелецкие капитаны. Иногда бывали случаи, когда в качестве первого офицерского чина выступали сразу более высокие чины — известны случаи производства недорослей сразу в капитаны{51}. Наконец, даже и последние годы XVII в. встречаются производства через чин: из капитанов — в полковники, из прапорщиков — в капитаны. В ряде случаев право производства помимо воевод и дьяков соответствующих приказов присваивали себе некоторые генералы. Из–за некомпетентности приказных дьяков производство слабо было связано с отличиями по службе и боевой пригодностью; иногда единственным основанием к производству служило челобитье заинтересованного лица. Не были разграничены и линии производства по родам войск, офицеры при повышении в чине часто переводились из пехоты в конницу и обратно. Время от времени сведения о службе офицеров собирались и заносились в специальные «разборные книги», однако быстрое движение кадрового состава обесценивало этот учета и приводило к различным злоупотреблениям. Что касается жалованья офицеров в полках нового строя, то оно первоначально было исключительно высоким, но это касалось главным образом иностранных офицеров. При первом массовом наборе офицеров в эти полки жалованье составило сумму, совершенно невероятную для офицерских окладов XIX в. (учитывая, что рубль времен Михаила Федоровича соответствовал по своей покупательной способности 14 рублям конца XIX в.). Размер месячного жалованья по раздаточным книгам 1634 г. показан в таблице I{52}. Такие оклады (в начале XVII в. на 3 руб. можно было купить недорогую лошадь или пару коров) привлекли в Россию, конечно, массу иностранцев, но оказались чересчур обременительными для русской казны, поэтому вскоре полки были распущены, а на будущее время установлены более умеренные оклады (сокращенные для некоторых чинов десятикратно). В 1661 г. полковник в коннице получал в месяц 40 руб., в пехоте — 30, подполковник — 18 и 15, майор — 16 и 14, капитан (ротмистр) — 13 и 11, поручик — 8 и 8, прапорщик — 7 и 5{53}.