Летом того же года Николай Федорович вернулся на родину. Вскоре благодаря ему, Якову Бардаху и Илье Мечникову в Российской Империи появились новые научно-практические учреждения — бактериологические станции, где впервые в стране стали делать прививки от бешенства. Как и Гамалея, Мечников, и Бардах обучались в Париже у Луи Пастера.
Прививка французского ученого спасла от бешенства 19 крестьян из Смоленской губернии. Этот случай убедил царское правительство в необходимости скорейшего распространения опыта Пастера и совершенствования его методов вакцинации.
Николай Федорович Гамалея заявил тогда, что станции, где делают прививки против бешенства, должны быть созданы в каждой российской губернии.
Согласно медицинской статистике, за 1886–1922 годы «пастеровские станции» зарегистрировали в России около 2800 случаев заболевания бешенством.
О победах Пастера и его учеников над опасными заболеваниями узнали во всем мире. Опыт требовал немедленного распространения.
Многие врачи, ученые, государственные и общественные деятели поняли необходимость организации всемирного центра по развитию микробиологии, иммунологии, паразитологии, биохимии.
В Париже началась международная подписка для сбора денег на создание такого научного центра.
Как отмечали современники, все подданные Российской империи, находившиеся в то время в Париже, сделали вклад в строительство Пастеровского института. Ни бедные студенты, ни промышленники и аристократы из России не остались в стороне.
В ноябре 1888 года научный центр был открыт. Первым его директором стал Луи Пастер.
В первые годы после основания этого института в нем работали наши выдающиеся соотечественники: микробиолог Сергей Николаевич Виноградский и хирург Николай Васильевич Склифосовский. А одним из первых Луи Пастер пригласил возглавить лабораторию в своем институте Илью Ильича Мечникова.
Не каждый талант удостаивается при жизни достойных почестей. Славой и наградами Луи Пастер не был обделен. Хотя он к этому не стремился.
В 1875 году ему присудили национальную премию Франции, а через несколько лет наградили орденом Почетного легиона и избрали членом Французской Академии наук. Пастер имел награды почти от всех европейских стран. Многие зарубежные академии избирали его действительным или почетным членом.
Своим ученикам и сотрудникам он говорил, что лучшая награда для ученого — признательность народа и большое число последователей.
Самым важным свидетельством признания Пастера народом стал неофициальный титул — «Благодетель человечества».
Незадолго до смерти он пожелал ученикам: «Сохраните навсегда энтузиазм к работе, но присоедините еще к нему, как нераздельного спутника, строжайший контроль.
Не высказывайте ничего, что не могло бы быть проверено простыми и точными опытами».
«Русский альманах», изданный в Париже в самом начале 30-х годов прошлого века, приводил данные: со дня образования института Пастера в нем училось и работало около двух тысяч русских бактериологов и врачей.
Мечников и после смерти Пастера остался работать в его институте и даже был назначен заместителем директора.
Академик, руководитель этого научно-исследовательского центра с 1904 года, Пьер-Поль-Эмиль Ру, поздравляя Илью Ильича с семидесятилетием, сказал: «В Париже, как в Петрограде и в Одессе, Вы стали главой школы и зажгли в этом институте научный очаг, далеко разливающий свой свет.
Институт Пастера многим обязан Вам. Вы принесли ему престиж Вашего имени, и работами своими и Ваших учеников Вы в широкой мере способствовали его славе. В нем Вы показали пример бескорыстия, отказываясь от всякого жалованья в годы, когда с трудом сводились концы с концами…
Оставаясь русским по национальности, Вы заключили с Институтом франко-русский союз задолго до того, как мысль о нем возникла у дипломатов».
В двадцать два года Мечников, вместе с Александром Онуфриевичем Ковалевским, был удостоен престижной научной премии имени Карла Бэра. Молодые исследователи стали основоположниками новой отрасли биологии — сравнительной эволюционной эмбриологии.
Илья Ильич был не только «лабораторным ученым». Он стажировался в Германии, проводил исследования и опыты в Италии, преподавал в Петербурге и Одессе. Еще до переезда в Париж Мечников создал теорию происхождения многоклеточных организмов, изучал опасные микробы — возбудители чумы, холеры, столбняка и другие, знакомился с трудами по иммунологии.