„Переводы присылаемых г. Мануйловым бумаг убедили, как д. с. с. Лопухина, так и наблюдавшего прежде за деятельностью секретного отделения кол. сов. Макарова в том, что означенные бумаги не имели для нас никакого серьезного значения, в каком духе
г. Макаровым и было положено на донесениях названного чиновника несколько резолюций, а д. с. с. Лопухиным было поставлено г. Мануйлову на вид, что доставляемые им сведения не соответствуют получаемому вознаграждению".
„Бывший директор департамента д. с. с. Коваленский также обратил внимание на то, что доставляемые г. Мануйловым документы на французском, немецком и английском языках большей частью не представляют никакого значения, в виду чего ему было предложено доставлять документы на известных ему языках с большим выбором, дабы не обременять отделение ненужной работой. Последствием сего было весьма значительное уменьшение доставления таковых, и вместо них он начал присылать переписку японского военного агента в Стокгольме полковника Акаши с армянским выходцем-анархистом Деканози; доставление же сведений разведочного характера почти прекратилось, за исключением копий телеграмм японской миссии в Париже, некоторых других неинтересных писем революционного характера и фотографических снимков китайских документов, часть которых, по просмотре, оказалась сфотографированною с китайского словаря. По отношению к департаменту полиции дело поставлено так, что у г. Мануйлова имеется агентура якобы в разных столичных городах Европы.
Единственно ценным материалом, доставленным г. Мануйловым, следует считать копию дипломатического шифра японского правительства, на расходы по приобретению которого ему было выдано 9000 франков. Можно полагать, что шифр этот также был получен им из Sûreté Générale в Париже".
„Принимая во внимание, что сведения г. Мануйлова не дают никакого материала секретному отделению, между тем как содержание его в Париже вызывает для департамента весьма значительный расход, имею честь представить на усмотрение вашего превосходительства вопрос о немедленном прекращении г. Мануйловым исполнения порученных ему обязанностей и отозвании его из Парижа, с откомандированием от департамента полиции, причем на командируемого в Париже д. с. с, Лемтюжникова я полагал бы возложить принять от колл. асе. Мануйлова все дела и переписку, каковые передать временно на хранение в наше генеральное консульство в Париже, чиновнику же особых поручений Мануйлову продолжать выдачу личного содержания до 1 января 1906 года".
После этого удара Мануйлову не удалось оправиться. Правда, когда Витте стал председателем совета министров, а П. Н. Дурново был министром внутренних дел в его кабинете, — одно мгновение показалось, что Мануйлов, как феникс из пепла, вот-вот возродится. 26 декабря 1905 года Дурново, как гласит официальная справка, „назначил Мануйлову, согласно пожеланию председателя совета министров графа Витте, в виду возложенного на Мануйлова графом особого поручения, из секретных сумм департамента жалованье в размере 7200 рублей в год". Эта же справка сообщает нам, в чем состояло поручение графа Витте: „из имеющихся в департаменте агентурных сведений усматривается, что в конце 1905 года и начале 1906 года Мануйлов был, по поручению графа Витте, командирован за границу для секретных переговоров с Гапоном, которого предполагалось склонить вновь давать сведения по политическому розыску".
Мануйлов об этом эпизоде своей жизни рассказывает так:
„Затем я был взят бывшим председателем совета министров гр. Витте в его распоряжение. Я почти не знал графа. Он был для меня русским высоким сановником, призванным государем императором в тяжелый для России момент к власти. Я пошел на его призыв и не видел в этом ничего дурного, так как гр. Витте вовсе не отожествляется в моем воображении с каким-либо банкиром или государственным предателем. Граф повел свою сложную политику. На меня возлагались лишь небольшие поручения, главным образом, сношения с охранным отделением или же с департаментом полиции. Выплыло дело Гапона. Граф Витте призвал меня и заявил мне, что необходимо достичь отъезда из Петербурга опасного политического авантюриста, который (это было в разгар третьей забастовки) может послужить хорошим вожаком для рабочих. Граф дал мне адрес Гапона, и я вечером-отправился к нему. После долгих часов мне удалось уговорить его покинуть Россию. Далее началась эпопея с 30 тысячами. Я был тут не при чем. Люди посвященные и честные не могут меня ни в чем упрекнуть: я только исполнял поручение русского председателя совета министров. Нужна была жертва, и Сергей Юльевич подставил меня. Он написал П. Н. Дурново, что я ему более не нужен. Оказалось, что я также не нужен и Петру Николаевичу. Меня выбросили на улицу. В период моего пребывания у гр. Витте случился эпизод, на котором я остановлюсь, так как он, несомненно, играл не последнюю роль в моих дальнейших мытарствах. Однажды к графу Витте является А. А. Лопухин и рассказывает графу о существовании в департаменте полиции типографского станка, на котором печатаются воззвания к рабочим и солдатам, в которых они призываются к организации еврейских погромов. Граф вызвал меня и спросил, известно ли мне о существовании такой типографии. Я ничего не знал, так как секретным отделением заведывал в то время ротмистр Комиссаров. Витте пригласил к себе Комиссарова, который во всем сознался. Граф, однако, не указал на источник его сведений, и Комиссаров решил, что я доложил председателю совета министров. С этой минуты охранное отделение, в котором был полновластным хозяином Комиссаров, начало против меня самую низменную кампанию, распространяя всякие гадости и стараясь во что бы то ни стало сделать мне пакость".