12 июля 1897 года Ив. Фед. Мануйлов был переведен на службу в министерство внутренних дел и откомандирован для занятий в департамент духовных дел, директором коего был А. Н. Мосолов. Мануйлов в это время был не только чиновником; он считался еще и журналистом и был в тесных сношениях с петербургским охранным отделением. В конце 1897 года он был удостоен высокой награды. Товарищ министра иностранных дел гр. Лам-здорф сообщал 29 января 1898 года (за № 487 по I департаменту мин. ин. дел) министру внутренних дел:
„Пребывающий в С. Петербурге персидский посланник уведомил министерство иностранных дел, что его величество шах персидский пожаловал орден Льва и Солнца 4-й степени журналисту Мануйлову.
„Сообщая о сем вашему высокопревосходительству, министерство иностранных дел имеет честь покорнейше просить вас благоволить уведомить, не встречается ли с вашей стороны каких-либо препятствий к исходатайствованию названному лицу высочайшего соизволения на принятие и ношение пожалованного ему ордена".
По департаменту полиции был заготовлен следующий проект ответа: „Полагал бы уведомить I департамент министерства иностранных дел, что к исходатайствованию Мануйлову разрешения на принятие и ношение ордена Льва и Солнца препятствий по делам департамента не имеется. Насколько мне известно, услугами Мануйлова пользуется полковник Пирамидов[7] 11 февраля 1898 г.“. В этом духе и был составлен ответ министра внутренних дел.
От ордена Льва и Солнца Мануйлов переходит в… Ватикан.
В Петербурге Мануйлов недолго занимался духовными делами. Ему было предложено отправиться в Рим, аккредитоваться там при папском дворе и заняться тайным наблюдением за врагами России — сначала только за религиозными нашими недругами, а затем вообще за всяческими. В официальной справке находим следующее изображение его деятельности.
„В мае 1900 года в Риме наблюдалось, по случаю юбилейных римско-католических торжеств, необычайное стечение в Рим паломников, среди которых было много нелегально прибывших из России ксендзов, тяготевших к заклятому врагу России кардиналу Ледоховскому; надзор за этими ксендзами, в их многочисленности, поставил не мало затруднений Мануйлову, который и входил по сему поводу в сношения с высшей итальянской администрацией. Дальнейших сведений об этом деле в департаменте не имеется, но некоторое время спустя (когда именно — неизвестно) покойным директором департамента духовных дел иностранных исповеданий Мосоловым было поручено сверхшатному чиновнику особых поручений 8 класса при министерстве внутренних дел Мануйлову — организовать в Риме секретное наблюдение за прибывающими туда из России священнослужителями римско-котолической церкви и, в особенности, за сношениями последних с кардиналом Ледоховским, являвшимся в то время главным руководителем антирусской агитации среди католического духовенства. О существе сего поручения были поставлены в известность наши министры-резиденты при святейшем престоле, которым Мануйлов последовательно доставлял сведения о своих служебных действиях и получал в дальнейших своих действиях инструкции.
Итак, еврей по происхождению, лютеранин по вере И. Ф. Мануйлов состоял защитником православных интересов при главе католичества. Роль этого религиозного деятеля при папском престоле сводилась. к постановке агентурного наблюдения. Сохранился в специальном архиве ряд донесений Мануйлова по духовным делам. Надо отдать справедливость агенту по духовным делам: он был необычайно литературен в своих донесениях. Мы познакомим читателя с произведениями его пера.
„В конце апреля 1899 года в Риме появился бежавший из России Жискар. Сейчас же, по приезде, он отправился в Пропаганду, где имел продолжительное свидание с монсиньором Скирмунтом, русским подданным, проживающим уже давно в Риме и пользующимся особым доверием секретаря кардинала Ледоховского. Жискар рассказал, что русское правительство его преследовало, что его приговорили к ссылке в Сибирь, откуда он бежал. Он просил монсиньора Скирмунта взять его под свое покровительство и представил в Пропаганду небольшую записку, в которой рисовал в самых мрачных красках положение католической церкви в России. Вскоре упомянутый ксендз был принят секретарем Ледоховского Мышинским, и несколько дней спустя ему было выдано 1500 лир. Жискар поселился в Риме в небольшой квартире бежавшего из России ксендза Струся Via Borgo Vecchia 25, которая сделалась центром сборищ нелегальных ксендзов и приезжавших в Рим католических священников".