Вскоре русская община в Беркли стала увеличиваться: приехали семьи Борзовых, Васильевых, Вдовиных. По просьбе администрации епископальной церкви службу перенесли из часовни в аудиторию и соорудили переносной иконостас. Богослужения нерегулярно вел студент-священник Тихон Лаврищев, бывший настоятель в с. Татытлак (Алеутские острова). 22 января 1929 г. в Беркли был формально основан приход. По предложению епископа Алексия его посвятили Святому Иоанну Предтече, а настоятелем назначили протоиерея о. Сергия Лепорского.
В течение семи лет приход арендовал несколько помещений, пока перед пасхой 1937 г. владелец не уведомил о повышении арендной платы вдвое. Это было настоящим испытанием для прихожан, которое заставило их подумать о собственном помещении. 13 мая 1937 г. они приобрели в рассрочку дом № 2020 по Двайт-вэй (Dwight way), который освятили в начале августа. Теперь богослужения можно было проводить регулярно. Постепенно храм, при котором жил и настоятель, приобрел соответствующий вид. Правда, бюджет прихода был весьма скромным: он едва покрывал платежи банку и совершенно не обеспечивал зарплаты настоятелю, который работал еще и уборщиком. Зарплата А. Присадского, возглавившего приход после ухода С. Лепорского в 1940 г., составляла всего 10 долларов.
Начало войны резко активизировало деятельность храма и способствовало увеличению числа прихожан. Приходской дом превратился в центр духовной жизни Беркли, но вместе с тем он стал и местом серьезных разногласий. Взволнованный новостями, приходившими из Советской России, А. Присадский прочитал в церкви обращение к Московскому патриарху Сергию. Против этого резко выступил Н. В. Борзов. Скандал получил продолжение. 14 декабря 1941 г. было собрано общее собрание, на котором о. Александр, опасаясь будущего раскола в приходе, предложил покинуть место настоятеля. Но собрание полностью поддержало своего священника. 20 октября 1942 г. приходской совет, выпустив благотворительные билеты, смог собрать оставшуюся сумму и выплатил все долги. Беспроцентный заем был выплачен к 1 января 1945 г. на два года раньше, чем планировалось.
4 декабря 1945 г. при церкви был основан Берклийский комитет помощи русским в Китае, председателем которого стала М. Козулина. «Русские американцы, — писала она, — с большой жертвенностью откликнулись на мой призыв и широко открыли свои кошельки на нужды бедных, голодных, холодных и обездоленных русских людей всех возрастов и положения в Китае». В короткое время были собраны и посланы 1000 долларов епископу Иоанну Максимовичу и 800 — архиепископу Виктору.
Но избежать распрей все же не удалось. Они начались с предложения священника Посадского попросить благословения на сбор средств на постройку нового храма у представителя Московской патриархии, а не зарубежной церкви. Статьи в поддержку Москвы еще более обострили его отношения с прихожанами. 24 марта 1946 г. на заседании церковно-приходского совета обсудили решение Малого архиерейского собора, отстранившего А. Присадского от должности настоятеля. Скандал разделил приход на две непримиримые стороны. Прихожанам была разослана анкета, в которой предлагалось изложить свое мнение по поводу деятельности отца Александра. Кое-кто не поскупился на обвинения, священника даже заподозрили в незаконной продаже церкви на Аляске. В результате тайного голосования 44 голоса были отданы за то, чтобы остаться в Американской митрополии, а 41 — за переход в Московскую. Постановлением от 12 апреля Присадскому было предложено в двухдневный срок освободить церковную квартиру, что он и сделал. Со своими сторонниками, ушедшими вместе с ним, священник организовал новый приход, который в отличие от старого назвали Свято-Иоанновским. Иоанно-Предтеченская церковь продолжила свою деятельность, в том числе благотворительную, хотя и не в таком масштабе, как при Присадском.
11 февраля 1945 г. на годичном собрании Свято-Иоанновского прихода было решено построить новый храм, который получил имя «Храм-памятник Русской и Американской армиям, павшим в сражениях в текущей войне». За основу решено было взять эскиз прихожанина инженера-архитектора А. Л. Таранина. Вместе с церковно-приходским советом в июле того же года подыскали место для будущего храма вблизи университетского центра, на углу улиц Элсворс и Дерби, но требовалась оплата наличными. Тогда архитектор внес в банк 7 тыс. долларов, из них тысячу как сбое первое пожертвование. 19 августа общее собрание утвердило покупку.