При министре финансов России неоднократно обсуждались вопросы, связанные с православием в Америке после продажи РАКа. На одном из заседаний отмечалось, что православное население там составляет около 12 тыс. человек, из них русских не более 800. В результате было решено, что «лучшим местом для пребывания епископа в Америке и для удержания влияния нашего на расположенном народонаселении грекоправославного исповедования был бы Сан-Франциско, в котором находится значительное число наших единоверцев […]». В 1872 г. по распоряжению епископа Алеутского и Аляскинского Иоанна (Митропольского) туда перевели из Новоархангельска (Ситка) кафедру епископа, и она стала замыкаться на Русскую православную церковь в Америке. При епископе Несторе (1881–1883) был куплен за 38 тыс. долларов (49 350 золотых руб.) огромный дом № 1718 на углу улиц Юнион и Пауэл (Union, Powell), в котором и разместили кафедральный собор. Владыка неоднократно ездил на Аляску, занимался миссионерством. Он утонул во время одной из таких поездок.
Православие играло большую роль в благотворительной деятельности. В первой статье устава Русского благотворительного общества (Russian Benevolent Society), основанного 15 июня 1883 г., отмечалось: «Деятельность его ограничивается штатом Калифорния. Правление общества должно находиться в городе Сан-Франциско. Статья 2: Общество преследует исключительно благотворительную цель, которая выражается в доставлении материальной и нравственной поддержки всем нуждающимся в ней русским в Калифорнии. Статья 3: Под именем "русского" разумеется всякий, кто родился в России и состоит или состоял в ее подданстве, без различия религии или племени».[20]
В марте 1888 г. в Сан-Франциско приехал молодой епископ Владимир, который привез с собой 20 человек, в основном певчих, так как он был большим любителем пения. Владыка Владимир реорганизовал работавшую при церкви школу, набрав новых учеников на Аляске. После сильного пожара 9 мая 1889 г., уничтожившего внутренние помещения церкви, сделали капитальный ремонт, и осенью того же года церковь освятили во имя Святителя Василия Великого.[21] Сам же Владимир был вынужден покинуть Сан-Франциско по этическим проблемам. В это время русских православных в Калифорнии насчитывалось около 700 человек, 350 из них жили в Сан-Франциско. Увеличивалось число евреев из России, которые жили по соседству с русскими.
Следующую реорганизацию храма провел епископ Николай, освятивший его 16 ноября 1897 г. во имя Святой Живоначальной Троицы. 30 ноября 1898 г. в Сан-Франциско приехал епископ Тихон, будущий глава православной церкви в России. 1 сентября 1905 г. архиерейскую кафедру перевели из Сан-Франциско в Нью-Йорк, продав церковное здание и участок.
18 апреля 1906 г. произошло ужасное землетрясение силой 7.8 балла по шкале Рихтера, согласно данным Геологической службы США. Это был результат 1300-километрового разлома Сан-Андреас, от города Сан-Хуан-Батиста до города Юрика, с центром под Сан-Франциско. Весь город затопило, потом начались пожары, которые почти уничтожили весь город. Стихия не пощадила и центр города. Многие жители попали в ловушку между потопом и приближающимся на их районы пожаром, было решено проводить эвакуацию через бухту, что спасло многим людям жизнь. Лагеря беженцев располагались в парке Золотые ворота, Океанский Пляж и в других, не застроенных частях города. Даже через два года после землетрясения множество лагерей беженцев функционировали. В то время было зарегистрировано 478 смертей, однако по современным данным погибли более 3 тыс. человек. При численности населения 410 тыс. человек без крова остались до 300 тыс. жителей.
Пожар 1906 г. не пощадили православный храм: сгорело почти все церковное имущество, находящееся на складе в ожидании окончания строительства собора. Уцелели только колокола, кресты, несколько книг и облачение владыки Тихона. Новый Свято-Троицкий кафедральный собор освятили 28 июня 1909 г. на углу Ван Несс и Грин-стрит. Пять колоколов были переданы ему в дар православной церковью на деньги, собранные пожертвованиями по всей России. Первым настоятелем стал отец Феодор Пашковский, будущий митрополит всей Америки и Канады. Здесь также имелся небольшой музей (Патриаршее древнехранилище) и библиотека имени патриарха Тихона.
20
National Archives. Records of Imperial Russian consulates in the United States. Reel 185 (Устав Русского благотворительного общества в Сан-Франциско от 15 июня 1883).
21
Коханик П. Г. Русский Сан-Франциско времен владыки Владимира // Юбил. сб. в память 150-летия Рус. православ. церкви в Сев. Америке / С архипастырского благословения его высокопреосвященства высокопреосвященного Феофила, архиепископа Сан-францисского, митрополита всея Америки и Канады. Ч. 1. — Нью-Йорк: Изд. юбил. комиссии, 1944. — С. 105–108; Зайченко П. Святительствование епископа Владимира//Там же. — С. 105–108.