Разносторонняя критика развернулась и вокруг его докторской защиты (1891 г.); докторский диспут длился шесть с половиной часов, а затем продолжался на страницах газет. Н. П. Лихачева обвиняли в узости темы, увлечении фактами, его сочинение «Бумага и древнейшие бумажные мельницы в Московском государстве» сравнивалось с библиотечным каталогом. Однако любому, когда-либо обратившемуся к его работам, видно, что они написаны с истинным увлечением и любовью к источнику, к затронутой теме.
О Лихачеве мало вспоминают как об активном организаторе науки, а ведь он не только состоял почти во всех исторических обществах России, он сам был одним из основателей Русского генеалогического общества в С.-Петербурге, издал четыре тома «Известий РГО», был в числе тех, кто возобновил деятельность РГО в 1919 г. В одном из протоколов заседания общества было записано, что Лихачев подарил все свои записи об истории родословных книг Ю. В. Татищеву, который собирался изучать историю создания рукописей.
Николай Петрович Лихачев принадлежал к старинной дворянской семье, упоминания о деятельности его предков восходят к XV в. Сам Лихачев блестяще охарактеризовал положение своей семьи в русской истории, дав обобщающую характеристику формирования административного аппарата России XVII в.: «В Московской Руси довольно ясно различались два слоя служилых людей – люди родословные и неродословные… Люди родословные обыкновенно своих юных сочленов устраивали на службу не ниже московского дворянства, а многие стольниками с малых лет. Для таких фамилий деловая, приказная служба была редким исключением. Неродословное дворянство, чтобы выбиться из рядовых детей боярских, получить положение и почести, наоборот, выдвигало лучших своих представителей именно путем службы в приказах».
Не доверяя пышной родословной легенде Лихачевых, Николай Петрович полагал, что его предки принадлежали к тем детям боярским, которых Иван III «испоместил» на Новгородских землях после присоединения Новгорода к Москве. Тогда и появляется впервые Алексей Лихач, от которого пошли Лихачевы. Наибольшего расцвета, («хвастовство», как определил это сам Н. П. Лихачев) семья достигает в XVII в., когда Лихачевы «дотянулись до окольничества, и нет сомнения, что проживи царь Федор Алексеевич еще несколько лет, они попали бы в бояре». В одном источнике XVII в. о Лихачеве Иване есть запись: «Отечеством добр, а собою обышный». Предком Н. П. Лихачева был один из известнейших политических деятелей XVII в. Федор Лихачев – автор биографии царя Федора Алексеевича (этот труд был известен В. Н. Татищеву); к этому же времени восходит начало комплектования семейной библиотеки, сохранившейся до конца XIX в.
Николай Петрович родился и вырос в Казани, закончил там университет, защитил магистерскую (1889 г.) и докторскую (1891 г.) диссертации, но вся его дальнейшая судьба была связана с С.-Петербургом.
В 1888 г. была опубликована его первая монография «Разрядные дьяки XVI века», в которой автор в процессе исследования истории государственного учреждения впервые предложил свою теорию происхождения родословных книг в России, доказал существование и состав Государева родословца, составленного около 1555 г. дьяком Елизаром Циплятевым. Эта теория стала отправным пунктом дальнейшего исследования родословных книг, она сохранила свое значение и в наши дни. Для исследователя, занимающегося русской историей, эта книга является своеобразной энциклопедией, настолько она насыщена разнообразными фактами и текстами источников.
Как-то в раннем списке родословных книг я обнаружила неизвестную в науке легенду-памфлет о роде князей Глинских, которая привела меня в восторг именно редкостью своей формы – памфлет. Готовя текст к изданию, я нашла очень близкий вариант этой легенды в сносках книги «Разрядные дьяки». Мне повезло: у Лихачева была дефектная рукопись, в которой отсутствовали именно «памфлетные» фразы. Однако он оценил необычность самой легенды и опубликовал ее.
Чем всегда поражает Н. П. Лихачев, так это своей многогранностью. В основном он известен как один из крупнейших специалистов по истории русского средневековья, но он с одинаковым интересом и изяществом изучал историю рукописей, рукописной книги и почерка (составил Картотеку грамотности XVI–XVII вв. по автографам на русских грамотах, в которой собран большой палеографический материал, образцы почерка исторических деятелей, а Лихачев как специалист по почерку делал комментарии об уровне образованности этих людей), водяные знаки (автор одного из известных справочников по филиграням), печати и монеты (русские, европейские, византийские); он же был одним из ведущих специалистов по русской генеалогии, дипломатике, истории искусства. Для Николая Петровича Лихачева характерно умение работать и с письменными, и с вещественными памятниками. Его понятие «дипломатики» включает кроме истории текста актов историю письма во всем его объеме: бумага, водяные знаки, почерк, печати, их эмблематика и способ скрепления. При этом сопоставляются документы разных стран и эпох. Получается яркая картина грамотности и складывается история оформления документа, ведущая к истокам государственности, когда создание письменного документа появилось как потребность зафиксировать юридические нормы, а само письменное оформление свидетельствовало о возросшем уровне общественного сознания.