С наступлением сумерек Барклай организовал и возглавил последнюю кавалерийскую атаку. Он попытался выбить французов из церкви и с кладбища, где расположилась ставка Наполеона. По одной из версий, казаки едва не прорвались к ставке императора французов, но были отброшены.
Последовавшее затем сражение при Прейсиш-Эйлау отличалось невиданным упорством. Его участник Депис Давыдов писал в очерке "Воспоминание о сражении при Преисиш-Эйлау": "Черт знает, какие тучи ядер пролетали, гудели, сыпались, прыгали вокруг меня, рыли по всем направлениям сомкнутые громады войск наших, и какие тучи гранат лопались над головою моею и под ногами моими!
То был широкий ураган смерти, вдребезги ломавший и стиравший с лица земли все, что ни попадало под его сокрушительное дыхание, продолжавшееся от полудня 26-го до 11 часов вечера 27-го числа...
Несмотря на все наши усилия удержать место боя, арьергард оттеснен был к городу, занятому войсками Барклая, и ружейный огонь из передних домов и заборов побежал по всему его протяжению нам па подмогу, но тщетно! Неприятель, усиля решительный натиск свой свежими громадами войск, вломился внутрь Эйлау, Сверкнули выстрелы его из-за углов, из окон и с крыш домов; пули посыпались градом и ядра занизали стеснившуюся в улицах пехоту нашу, еще раз ощетинившуюся штыками. Эйлау более и более наполнялся неприятелем. Приходилось уступить ему эти каменные дефилеи, столько для пас необходимые. Уже Барклай пал, жестоко раненный; множество штаб- и обер-офицеров подверглись топ же участи, пли были убиты, и улицы завалились мертвыми телами нашей пехоты" .
Барклай возглавил одну из очередных кавалерийских атак и был ранен пулей в правую руку между локтем и плечом. Потерпи сознание, он упал с коня и был вытащен из-под копыт унтер-офицером Изюмского полка Сергеем Григорьевичем Дудниковым, который и отвез его на перевязочный пункт, где передал адъютанту Михаила Богдановича поручику Бартоломею. Позже за спасение Барклая-де-Толли Дудников был награжден знаком военного ордена Георгия.
Беннигсеп впоследствии так записал в воспоминаниях! "Этот храбрый и славный генерал был принужден покинуть поле сражения и перебраться, к великому сожалению всей армии, в Кенигсберг для излечения своей раны".
Когда Барклай пришел в сознание, он услышал оглушительную артиллерийскую канонаду. Это русская армия начала второй день сражения. Ей ответили французские батареи: продолжалась битва под Прейсиш-Эйлау.
Весь день прошел в артиллерийской дуэли. Было около 26° мороза при сильном ветре. Наполеон ждал Нея и досадовал, что не приказал прибыть к Эйлау Бернадоту. Ней подошел лишь к десяти часам вечера. Казалось, русские победили. "К русским пришли подкрепления, а у нас боевые снаряды почти истощились. Ней не является, а Бернадот далеко: кажется, лучше идти им навстречу", - вспоминал впоследствии французский генерал Жомини.
В это время Беннигсену сообщили, что корпус Ноя появился на его правом фланге. В одиннадцать часов вечера он собрал генералов на совет. Они настаивали на продолжении битвы, но Беннигсен, опасаясь быть окруженным, приказал отступить к Кенигсбергу. В полночь войска начали сниматься с позиций.
Оставив поле сражения, Беннигсен доложил Александру I, что победа осталась за ним. Александр I ответил Беннигсену: "На Вашу долю выпала слава победить того, кто еще никогда не был побежден" и вместе с письмом послал "победителю непобедимого" рескрипт о награждении его орденом Андрея Первозванного и ежегодной пожизненной пенсией в 12 тыс. рублей.
В честь битвы при Прейсиш-Эйлау 31 августа 1807 г. была учреждена и памятная наградная офицерская медаль в виде позолоченного бронзового Георгиевского креста на георгиевской же ленте. На его лицевой стороне была выбита надпись: "За труды и храбрость", а на оборотной стороне - "Победа при Прейсиш-Эйлау 27 янв. 1807 г.".
Несмотря на отход русской армии с поля боя, битва при Прейсиш-Эйлау явилась ее несомненным стратегическим успехом. Потери каждой из сторон составили от трети до половины участвовавших в сражении, что свидетельствует о крайне ожесточенном характере боя. Было ранено 9 русских генералов и 7 французских, в том числе маршал Ожеро. Один французский генерал был убит.
Наполеон стоял под Эйлау восемь дней, а потом тоже отошел, предложив Беннигсену перемирие, на которое русский главнокомандующий не согласился.
В статье Маркса и Энгельса "Беннигсен" содержится следующая оценка сражения при Прейсиш-Эйлау: "В конце января 1807 г. он предпринял наступательный маневр против войск Наполеона, стоявших на зимних квартирах, и чисто случайно избежал ловушки, устроенной ему последним, после чего между ним и противником произошло сражение при Эйлау. Эйлау пал 7 февраля, главное же сражение, которое Беннигсену пришлось принять, чтобы остановить ожесточенное преследование со стороны Наполеона, разыгралось 8 февраля. Стойкость русских войск, прибытие пруссаков под командованием Лестока и медлительность, с которой отдельные французские корпуса прибывали па поле боя, сделали победу сомнительной. Каждая из сторон претендовала на право считаться победительницей, по как бы то ни было, по словам самого Наполеона, битва при Эйлау была самым кровопролитным из всех его сражений". Маркс и Энгельс оставили и статью, посвященную М. Б. Барклаю-де-Толли. Их оценка деятельности Барклая представляет для нас немалый интерес. "Его военная слава, - писали Маркс и Энгельс, - берет свое начало с 1807 г., когда во главе русского авангарда он с величайшей доблестью защищал Прейсиш-Эйлау, оказывая длительное сопротивление на улицах, в церкви и на кладбище этого города".
Под Пултуском, Гофом и Эйлау зародилось боевое содружество Барклая с Багратионом, Дохтуровым, Тучковым - будущими военачальниками и героями Отечественной войны 1812 г. Здесь же он столкнулся и со своими грядущими противниками - маршалами Даву и Ланном, их генералами, офицерами и солдатами.
Под Эйлау Барклай убедился в том, что Наполеон может быть остановлен, и в борьбе с ним нет никакой фатальной предрасположенности в его пользу.
Барклая перевезли в Мемель (ныне город Клайпеда Литовской ССР), где было не так много раненых, как в Кенигсберге. Жена Барклая Елена Августа с приемной дочерью Каролиной тотчас же выехала в Мемель. По существовавшей тогда традиции солдаты, унтер-офицеры, а иногда и обер-офицеры, если у них не было свободных денег, лечились от ран в военных лазаретах. Штаб-офицеры и генералы лежали на частных квартирах в более комфортных и спокойных условиях.
Барклая поместили на частную квартиру, где вместе с ним жили приехавшие к нему жена и приемная дочь. Лишенный возможности активно действовать, лежа в чистой и удобной постели, Барклай чаще всего думал о том, как развернутся события далее, искал ответа на вопрос: "Что делать, если Наполеон когда-нибудь вторгнется в Россию?"
Эта мысль не давала ему покоя, заглушала испытываемые им физические страдания. Опытный сорокапятилетний генерал понимал, какую угрозу представляют французские войска, стоящие в ста верстах от русской границы. Барклай знал, что у России недостанет сил и средств, чтобы задержать или отбросить их, если они начнут поход на его родину.
После длительных размышлений, не сразу, Барклай пришел к выводу, что Наполеон может потерпеть поражение только тогда, когда удастся если не навязать ему свою воли", то хотя бы противопоставить стратегии и тактике Наполеона нетрадиционные решения.
Предварительные первые самые общие контуры стратегического плана противостояния Наполеону Барклай изложил в беседах с навещавшим его видным прусским чиновником, будущим историком Бартольдом Георгом Нибуром, занимавшим в то время должность финансового советника при премьер-министре Пруссии Гарденберге.
Прусский король и его семья жили в Мемеле. Пруссаки были союзниками русских, и у Барклая не было оснований скрывать от Нибура свои соображения, будоражившие его мозг. Об этих беседах стало известно из воспоминаний главного интенданта французской армии генерала Матье Дюма.