В 1659 году Ян-Казимир делает Мазепу своим покоевым, а в 1662 году отец Ивана становится черниговским подчашим (этот пост он занимал до самой смерти) — милости короны для их рода продолжаются. Мазепа пользуется доверием короля и выполняет, благодаря своему происхождению, роль звена между казачьими гетманами и польским двором. В 1659 году он ездит с дипломатическими поручениями к Ивану Выговскому, в 1660 году — к новому гетману Юрию Хмельницкому, в 1663 году — передает гетманские клейноды (войсковые знаки, регалии или атрибуты власти запорожцев) Павлу Тетере. Близость к королю позволила Мазепе получить блестящее образование: он учился в Голландии, Италии, Германии и Франции, свободно владел русским, польским, татарским, латынью. Знал он также итальянский, немецкий и французский языки. Много читал, имел прекрасную библиотеку на многих языках. Карьеру при дворе польского короля Ивану Мазепе разрушила… чужая жена.
На Волыни у Мазепы была деревушка. По соседству жил какой-то пан Фальбовский, обладатель соблазнительной жены. «Покоевый шляхтич» познакомился с ними и вскоре стал вхож в спальню к супруге, естественно, в отсутствие супруга. Но кто-то из слуг донес об этом романе. Муж-рогоносец, сделав вид, что отправился в дальний путь, засел в засаду и подстерег Ивана Мазепу, направлявшегося к его супруге. Между ними состоялся короткий мужской разговор. После которого Ивана Мазепу ждало специфичное наказание — его голым привязали к коню и выстрелили в воздух. Пугливая скотина понеслась вскачь и дотащила «покоевого шляхтича» до его двора еле живого. Слух о конфузе достиг Варшавского двора. Отношение Яна-Казимира и придворных к Мазепе сразу изменилось.
В декабре 1663 года польский король выступил в поход на Украину. Путь армии проходил мимо Белой Церкви. Иван Мазепа попросил разрешения заехать в свое поместье, чтобы устроить некоторые домашние дела. Король через одного из секретарей не только позволил, но и посоветовал «хорошенько отдохнуть» — намек достаточно ясный. Больше ко двору он не вернулся. Зато оказался в стане гетмана Правобережной Украины Петра Тетери, там и остался.
В 1665 году, после смерти отца, занял должность подчашего Черниговского. В 1669 году отказался от этой должности. Вскоре выдвинулся среди казаков и казацкой старшины. Сперва ротмистр гетманской надворной гвардии, потом писарь, присоединился к гетману Петру Дорошенко, женился на богатой шляхтянке.
Вроде бы в очередной раз жизнь у Ивана Мазепы начала налаживаться. Но опять вмешался случай. В 1674 году его направили послом в Крым, придав татарский эскорт и… несколько десятков пленных украинцев с Левобережья, которых Петр Дорошенко отправил в подарок хану. По дороге в Крым, возле речки Ингул, отряд Ивана Мазепы подстерег кошевой Запорожской Сечи Сирко и захватил в плен. Последний часто менял политическую ориентацию, говоря «нужда закон меняет», но одно в нем было неизменно — животная ненависть к татарскому племени.
Однако Ивану Мазепе повезло — Сирко не только оставил его в живых, хотя должен был казнить союзника крымского хана, но и отправил к левобережному гетману Ивану Самойловичу. Последний поручил Ивану Мазепе воспитание своих детей, присвоил ему звание войскового товарища, а через несколько лет пожаловал его чином генерального есаула, важнейшим чином после гетманского.
Наверное, его оценили как профессионала — за образованность и знание придворного этикета. Другого такого тертого калача, успевшего побывать не только в Диком Поле, но, по его уверениям, даже на приеме у Людовика XIV, в тогдашней Украине точно не было. Правда, московское правительство, узнав, что бывший ротмистр с педагогическими наклонностями объявился в подвластных пределах, тут же потребовало его выдачи. Иван Самойлович, посылая Мазепу в Москву, просил не наказывать его за службу у Петра Дорошенко и поскорее вернуть в Украину, так как он необходим.
Прибыв в столицу России, Иван Мазепа продемонстрировал чудеса дипломатии и хитрости. На допросе в Малороссийском приказе сумел убедить всех в личной склонности к России и постарался, как мог, оправдаться за службу у Петра Дорошенко. Его допустили к царю Алексею Михайловичу, выдали государево жалованье и отпустили. Еще и снабдили на дорогу письмами к Дорошенко с призывом переходить на «нашу» сторону.
В 1682 году Иван Самойлович сделал Ивана Мазепу генеральным есаулом. В казачьей иерархии это был один из важнейших рангов. Есаул командовал сердюками — наемными полками, которыми к тому времени уже обзавелись гетманы. А это было самое боеспособное войско в Украине. Сердюков, служивших за жалованье, не отвлекали на различные сельскохозяйственные работы. Конечно, во главе их нужно было держать верного человека! Свою «лояльность» Иван Мазепа продемонстрировал через несколько лет.