Совершенно неправильно было организовано и пополнение убыли в рядах нашей армии.
В случае войны в Европе каждый полк формировал свой запасный батальон, который подготавливал укомплектования, и, таким образом, наша армия оказалась бы почти в столь же выгодном положении, как и японская, в которой хорошо обученные солдаты пополняли сейчас же убыль. В случае борьбы на Дальнем Востоке, казалось бы, этот вопрос для нашей армии разрешался еще проще, так как ¾ армии оставались зрителями борьбы и могли организовать надлежащее обучение посылаемых на Восток укомплектований. Но, исходя из той же мысли о второстепенном значении Дальне-Восточного театра борьбы, и что тяжесть войны в Сибири должна ложиться прежде всего на Сибирь, было предположено питать Маньчжурскую армию укомплектованиями исключительно из 17 запасных батальонов Наместничества и Сибири. Убыль в боях достигла такого размера, что эти запасные батальоны пришлось увеличить до 3500 запасных в каждом (14 рот); обучение запасных при таком составе, конечно, не могло идти надлежащим образом; кроме того, его приходилось сокращать, так как из армии торопили высылку запасных. Только через 8 месяцев войны решено было формирование запасных батальонов в Европейской России.
Всего за войну на укомплектование войск в Южной Маньчжурии было направлено 390 000 человек.
Помимо большой убыли от потерь в боях, полки таяли также от необходимости наряда на различные хозяйственные работы и укомплектования тыловых учреждений. К октябрю 1904 года в строю иных полков было меньше 900 человек. Ко времени Мукденского сражения в рядах Маньчжурской армии 75 % были запасные; недостаточная подготовка, а также 35–40‑летний возраст многих из них крайне невыгодно отражались на боевых действиях.
Высшее командование всеми сухопутными и морскими вооруженными силами на Дальнем Востоке было сохранено за наместником государя императора, вице-адмиралом Алексеевым, коему были предоставлены права главнокомандующего. Командующим Маньчжурской армией был назначен военный министр, генерал-адъютант Куропаткин; командование флотом было вверено вице-адмиралу Макарову. Взгляды вице-адмирала Алексеева и генерал-адъютанта Куропаткина по ведению операций в Маньчжурии разнились коренным образом, что невыгодно отзывалось на боевых действиях. Лишь в октябре 1902 года, когда было решено формирование трех армий, генерал-адъютант Куропаткин был назначен главнокомандующим; таким образом, только очень поздно управление наше получило тот характер единства, без которого нельзя рассчитывать на успех.
Боевая подготовка нашей армии оставляла несколько пробелов. События войны 1877–1878 годов Турции были изучены недостаточно внимательно, и армия не работала, чтобы отрешиться от повторения все тех же ошибок. Дух современного боя, роль огня в бою, значение одной ночной подготовки стрелка не были схвачены нами в полной мере. Войска воспитывались не столько для боя в рассыпном строю, как для действия в сомкнутых массах. Длинный ряд походов против нерегулярных скопищ и долгое отсутствие практики в большой войне сказались отрицательно: армия подготовлялась скорее к малой, чем к серьезной войне. Уважение к мирной организации отсутствовало; на поле сражения по-прежнему вырастали импровизированные из многих частей отряды; управление затруднялось, что вело к крупным недоразумениям.