С началом войны закипела работа по усилению нашей коммуникационной линии. Самым слабым участком ее являлась Забайкальская железная дорога, которая к началу войны могла пропускать не более 5 пар поездов в сутки, из них 1 поезд нужен был для хозяйственных нужд самой дороги, 1 почтово-пассажирский, и для перевозки войск и грузов предоставлялось не более трех поездов; фактически проходило около двух. К июлю 1904 года удалось усилить пропускную способность дороги до 12 пар поездов, из коих 7–8 было воинских. К октябрю, уложив новые разъезды, развив станции, водоснабжение, телеграф, мастерские, удалось довести пропускную способность до 16½ пары – из них 10 пар воинских поездов. Суровая зима и недостаток исправных паровозов вызвали большие закупорки в движении, которое пришло в норму только к весне. Наконец, к концу войны (август 1905 года), устроив новые разъезды и уложив 48 верст второго пути на наиболее трудных горных участках, пропускную способность дороги удалось довести до 20 пар; в сутки можно было пропускать 12–14 воинских поездов. Всего в течение 20 месяцев по Великому Сибирскому пути проследовало в Маньчжурию 1 300 000 людей, 230 000 лошадей и 58 миллионов пудов груза.
Длительный 30‑дневный переезд по железной дороге, с запозданиями против расписания, доходившими до 39 суток, отзывался несомненно вредно на подготовке частей к бою. Войсковая жизнь выходила из колеи; занятия по пути не всегда организовались должным образом.
Разрушение железной дороги, на головных станциях которой накапливалась наша армия, несомненно представляло крайне заманчивую цель для японцев, которые и сделали к тому целый ряд попыток. Для охраны железной дороги в пределах Маньчжурии существовал уже в мирное время Заамурский округ пограничной стражи, состоявшей из 55 рот, 55 сотен и 7½ батарей; часть стражи – линейные отряды – была разбита мелкими частями по железной дороге, размещалась в усиленных оборонительными стенками казармах и несла охранительную службу; другая часть представляла резервные отряды, сосредоточенные в более важных пунктах для предупреждения нападения крупных партий, для выручки линейных отрядов и для дальнего освещения местности. В течение войны охрана усиливалась за счет войск, и во время Мукденского сражения в среднем на версту железной дороги в Маньчжурии приходилось 28 человек (всего свыше 50 тысяч человек). Японцам за все время войны удались только два покушения на мосты близ Хайчена и около Куанчендзы; впрочем, причиненные незначительные повреждения были исправлены в несколько часов.
Охрана продолжалась по всему Сибирскому пути вплоть до Волжского моста, но по мере удаления от театра действий становилась реже, – группируясь только у особенно значительных сооружений; на версту дороги приходилось в среднем по 2–3 человека.
Сообщения между театром военных действий и Японией пролегали морем. Активные действия нашего флота могли бы совершенно прервать таковые, что поставило бы оказавшиеся в Маньчжурии японские войска в критическое положение; даже небольшой успех нашей эскадры принудил бы японцев высаживаться в отдаленных частях Кореи, и потом продвигаться в Маньчжурию по немногочисленным, тяжелым и ненадежным грунтовым дорогам Кореи. Но с установлением господства японского флота на море, морские сообщения с театром войны представляли несравненно большие выгоды, чем по длинной и хрупкой железной дороге. Уже через 7 дней по объявлении мобилизации Япония могла сосредоточить в своих портах транспортные суда с общей вместимостью в 250 000 тонн, что достаточно, чтобы одновременно поднять 6 мобилизованных дивизий с их орудиями и повозками, то есть почти половину японской армии. Переезд морем, продолжавшийся всего 1–2 дня, не расстраивал войска, и, таким образом, Япония находилась в гораздо лучших условиях сосредоточения своих сил в Южной Маньчжурии, чем мы.