Выстроенная еще до войны Шушунская железнодорожная ветка, протяжением около 50 км, тянулась параллельно фронту и не могла быть использована в полной мере, а проложенная позднее ветка от Санцуйцзы на Салунью после боев под Мукденом вместе с большим количеством подвижного состава осталась в руках японцев.
Речные пути при организации русского тыла вовсе не были использованы.
В противовес японскому командованию, принявшему своевременно меры к оборудованию грунтовых дорог, русское командование только подумало об этом, но ничего не сделало за отсутствием на месте инструмента и руководящего технического персонала. Некоторые попытки организовать дорожные работы путем привлечения местной рабочей силы встретили сопротивление со стороны жителей, которые под различными предлогами уклонялись от содействия русской армии. Местные жители еще не забыли жестоких методов «усмирения» национального движения в Манчжурии в 1900–1901 гг. и военно-полицейских приемов русского администрирования в последующие годы. Они не только не проявляли желания содействовать успеху царской армии, но, собираясь в партизанские отряды, производили нападения на железную дорогу и главным образом на гужевой транспорт, захватывая продовольствие и разгоняя погонщиков-китайцев.
Партизанские набеги манчжуров беспокоили Куропаткина и вынуждали его отрывать от полевой армии десятки тысяч войск для обеспечения работы тыла.
Для организации подвоза командование царской армии в июле первого года войны создало из местных средств 50 гужевых и 10 вьючных транспортов. В августе, во время сосредоточения армии к Ляояну, Куропаткин приказал передать часть этих транспортов в войсковые части, так как сибирские войска имели недостаточный обоз, а в европейских войсках повозки были слишком тяжелы для манчжурских дорог. Кроме того, обремененность русского солдата снаряжением вызывала необходимость иметь в обозе 1-го разряда повозки, возившие часть вещевых мешков. После Мукденского сражения, когда много транспортных средств погибло, потребовалось формирование второй партии гужевого транспорта из местных средств, однако противодействие населения, настроенного враждебно к царской армии, затянуло формирование этого транспорта вплоть до окончания войны.
Тем не менее основная масса русских войск имела при себе запас продовольствия на 11 дней (в корпусном транспорте — трехдневный запас, в дивизионном обозе — четырехдневный, в полковом — полуторадневный и на людях запас на 2 1/2 дня), и при некоторой напряженности в снабжении боеприпасами армия могла бы оторваться от железной дороги для более широкого оперативного маневра, но так как стратегия Куропаткина требовала сосредоточения, то армия от железной дороги не отрывалась.
Эшелонирование обозов носило беспорядочный характер. Скопление огромного количества повозок в ближайшем тылу при беспрерывных отступлениях создавало частые заторы. Обозники-китайцы после неудачного боя в панике бросались в тыл, а повозки увязали в глубоких колеях неблагоустроенных манчжурских дорог.
Богатые продовольственные ресурсы Манчжурского театра в первый период войны из-за незнакомства русских интендантов с местностью не были использованы, что вызвало излишнюю перевозку крупных запасов продовольствия по железной дороге. В то время как Манчжурия имела значительные запасы муки, из Центральной России перевозили в Манчжурию миллионы пудов муки и зерна. Были даны заказы на продовольствие даже в Америку, и хотя оттуда ничего доставлено не было, зато царские интенданты и американские хлебные дельцы на этом деле основательно заработали. В дальнейшем заготовка продовольствия из местных средств производилась также непосредственно войсками. Заготовка эта происходила весьма хаотически и нередко переходила в грабеж, возмущавший местное население. Возмущение населения заставило русское командование перейти к довольствию из расходных магазинов, расположенных за войсками на расстоянии одного перехода и пополнявшихся из харбинского тылового магазина. Чрезмерное скопление продовольственных магазинов и вещевых складов в ближайшем тылу, вызванное опасением перерыва железной дороги, зачастую отдавало их в руки японцев (Ляоян, Мукден).
Несмотря на личные заботы Куропаткина о снабжении войск, хлеб иногда доставлялся в войска с плесенью, что вызывало острожелудочные заболевания. В общей сложности русская армия на театре войны потеряла умершими от болезней около 13 000 человек, кроме множества признанных негодными к дальнейшей службе в войсках.