С началом войны работы по укреплению Владивостока усилились. Гарнизон крепости не превышал 9000 человек и даже появление 25 февраля 1904 г. у острова Русский японской эскадры, скрывшейся через 2 часа без выстрела, не послужило достаточным основанием для немедленного усиления владивостокского гарнизона полевыми войсками; однако дальнейшая активность, проявленная японским флотом, заставила постепенно усиливать гарнизон крепости.
Утром 6 марта у острова Аскольд вновь показалась японская эскадра в составе 7 судов. Войдя в Уссурийский залив, японская эскадра держалась вне досягаемости русского восточного берегового фронта. После полудня, приблизившись к Владивостоку, 5 японских судов обстреляли некоторые форты и город.
Русские батареи на этом фронте только проектировались, а форты вооружены были противоштурмовой артиллерией и пулеметами. Пользуясь этим обстоятельством, японская эскадра, маневрируя у бухты Соболь, обстреливала Владивосток, приближаясь к берегу на расстояние, недоступное для дальности огня русских батарей. После часового бомбардирования японские суда скрылись и появились вновь на следующий день.
7 марта японская эскадра подошла к месту, откуда она обстреливала накануне Владивосток, но огня не открывала и скрылась в южном направлении.
Хотя серьезных операций у Владивостока русское командование в ближайшее время не ожидало, однако гарнизон Владивостока начал постепенно пополняться. К марту 1904 г. гарнизон крепости составлял 18 000 сухопутных войск, 3000 моряков и 360 дружинников, но в личном составе крепостной артиллерии ощущался большой некомплект.
В случае обложения крепости этих сил было недостаточно, тем более что весьма пересеченная местность требовала дробления войск на мелкие подразделения. Конницы в крепости не было, что могло бы неблагоприятно отразиться на разведке в первый период борьбы за крепость. Конный отряд дружинников в 60 человек не был достаточно подготовлен к разведывательной службе.
Весь русский флот, стоявший во Владивостокском порту, состоял из трех крейсеров, одного ледокола и нескольких вспомогательных судов. С прибытием крейсерского отряда адмирала Штакельберга владивостокский флот усилился. Командование сухопутными силами и флотом здесь объединено не было до прибытия во Владивосток вновь назначенного командующим флотом Тихого океана адмирала Скрыдлова, который должен был объединить действия сухопутных и морских сил в случае обложения крепости. Впоследствии должность командующего флотом Тихого океана была упразднена, и Скрыдлов уехал в Петербург. Командующему войсками Приамурского военного округа предписано было прибыть во Владивосток и принять на себя общее командование крепостью, портом и отрядом крейсеров, выделенным из состава 1-й Тихоокеанской эскадры. Комендантом крепости был назначен генерал Казбек.
В общей сложности к апрелю 1904 г. крепость была обеспечена от нечаянного нападения, но не была обеспечена от артиллерийского обстрела орудиями крупных калибров. Кроме того, если от ускоренной атаки крепость до известной степени защищалась имеющейся артиллерией, то от постепенной атаки при наличии у японцев осадной артиллерии Владивосток обеспечен не был. В случае осады крепости запасы позволили бы ей продержаться свыше 6 месяцев.
После осмотра Владивостокской крепости в апреле 1904 г. Линевич доносил наместнику: «Наша крепость… ныне есть могущественный оплот на нашем Востоке».
В конце августа крепость была осмотрена наместником Алексеевым, который создал комиссию для обсуждения нужд крепости. Эта комиссия наметила ряд мероприятий по усилению Владивостока. Решено было увеличить гарнизон, ускорить постройку фортов впереди сухопутного фронта, усилить минными заграждениями вход в бухту, установить беспроволочный телеграф для связи с внешним миром на случай осады, пополнить крепость запасами различных видов.
В отношении вооружения Алексеев доносил в Петербург, что артиллерия крепости не отвечает современным требованиям.
Береговые батареи Амурского залива вооружены только 26 современными орудиями, остальные — устарелых образцов.
Впоследствии Владивосток получил несколько орудий Канэ и снятые с судов флота орудия средних калибров.
Особенно интенсивный характер приняла подготовка владивостокской крепости к обороне после падения Порт-Артура, когда операция японцев против Владивостока стала более вероятной. Владивосток представлял собой теперь единственную морскую базу на Тихом океане, и потеря ее делала невозможным движение сюда Балтийской эскадры Рожественского.