В 9 часов 29 марта японские штурмовые группы начинают очередную атаку на позиции Митрофаньевской и Лаперовской, одновременно с ними штурмовая группа атакует позиции на г. Кладбищенской. Гора Лаперовская в течении дня переходит из рук в руки, ожесточение боев достигает предела - пленных и раненых не берет ни одна сторона. Русские части, испытывающие недостаток боеприпасов, постоянно переходят в штыковые. В одной из атак погиб генерал Горбатовский, и наконец, сломив соспротивление русских, к 15 часам японцы, наконец, окончательно сумели захватыватить Лаперовскую и Митрофаньевскую. Остатки защитников, а также штаб восточного фронта отошли к Арсеналу и Морскому кряжу. На г. Владимирской защитники оказались в окружении и расстреляв все патроны пошли в штыковую. Ночью к Арсеналу подошли сводные роты, сформированные из артиллеристов, во главе с генералом Белым. Стессель ранен осколком и полностью потерял управление вверенными ему частями. Вечером началась погрузка раненых на “Монголию”. Врачей и медсестер грузили на корабль чуть ли не силой, объясняя, что завтра их помощь уже никому не понадобится. Многие раненые, понимая, что на корабль они не попадут, уходили в сторону города, где полыхало зарево, и шел бой. На плавгоспиталь привезли раненых Стесселя и Григоровича. В процессе погрузки произошел достаточно забавный казус, жена Стесселя - Вера Алексеевна попыталась погрузить на корабль свое имущество, как рассказывали очевидцы - несколько десятков чемоданов и баулов, увидивший сие непотребство капитан Монголии, обычно спокойный и сдержаный Измаил Дмитриевич, послал генеральшу матом и приказал все баулы выкинуть за борт. Инцидент имел продолжение, когда уже в безопасной обстановке Стессель пытался призвать Костюнина-Охотского к ответу, однако морское руководство, оценив ситуацию, не только проигнорировало Стесселя, но и повысило Измаила Дмитриевича в должности и дало награду.
Взять Старый город с ходу японцам не удалось, разрушенные здания и узкие улочки помогают защитникам отбить атаки. Морской кряж и части окопавшиеся около Арсенала отбивают все атаки. 11-я дивизия японцев вымотана боями и понесла тяжелые потери. Русские, испытывая нехватку припасов, подпускают японцев, дают два-три залпа в упор и переходят в штыковую. Ноги переносит основной удар на северный фронт, к полудню японцы захватывают г. Кладбищенскую, однако остановлены у Кладбищенской Импани и Суворовском плаце. После непродолжительного затишья 9-я дивизия начинает новую атаку и к вчеру входит в город. Дальнейшее продвижение японцев задержано последним резервом генерала Смирнова, который лично повел солдат в штыковую, где и был ранен в живот.
Японцы захватывают батареи “Д” и “Голубиная”, защитники отошли в укрепление N4, на Редуте N5 идут бои. Кондратенко находится при штабе 27 восто-сибирского стрелкового полка. Защитники Укрепления N4 сумели отбить все атаки и контратакой в полдень выбили японцев с Батарей “Г” и “Д”. Редут N5 в течении дня также отбил все атаки, но к 17 часам японцы, неся большие потери, захваватили редут N3 и г. Каменоломная, и выходят к Новому городу. В 19 часов Кондратенко принимает решение о прорыве частей и штаба полка с редута N5 в Новый город. Отдан приказ о взрыве всех батарей на Ляотешане и Тигровом хвосте, а 28 стрелковому полку вместе с 27-м полком прорываться в город. В 21 ч. 30 мин. оба полка сосредоточенные под Саншугоу и прорвались в сторону Нового города, выйдя к 23 часам, в расположение русских частей, Кондратенко тяжелоранен и его в бессознательном состоянии эвакуируют на миноносец “Статный” (Генерал пришел в себя спустя два дня в германском госпитале в Циндао). Одновременно начались подрывы заложенных фугасов на батареях, складах и арсеналах. На рассвете корабли снимаются с якоря и уходят в Циндао. В течении ночи идет беспорядочный бой в Новом городе. Утром русские части прекращают сопротивление и начинают сдаваться в плен.
В ставку Ноги привели двух генералов - Белого и Надеина. Ноги предложил им, как единственным представителям военной власти в городе (раненые Стессель и Кондратенко эвакуированы из крепости, Смирнов в бессознательном состоянии. Фока и Рейса нигде нет) подписать капитуляцию крепости, на что получил категорический отказ. Английский офицер Б.В. Норригаард, в своей книге “Великая осада. Порт-Артур и его падение” писал: “Перед генералом Марэсуки Ноги стояли два русских генерала, один старик, а другой раненый. Оба наотрез отказывались подписать капитуляцию крепости, так как считали что не имеют полномочий. Единственно, что подписал генерал-майор Белый - приказ о прекращении огня, так как некоторые узлы обороны еще продолжали сражаться. Спустя некоторое время привели еще одного русского генерала. Как он разительно отличался от остальных - в чистом мундире, без следов боя. Это был Фок - начальник сухопутной обороны, после Стесселя. Он и подписал акт о капитуляции крепости. Даже после этого настроение в штабе Ноги царило унылое - вместо капитулировавшего гарнизона было около 9 тыс. раненых, больных людей, ни одного флага, вместо трофеев - полностью разрушенный город и уничтоженные склады.