План использования Тихоокеанского флота также составлялся на протяжении нескольких лет, и получил свое окончательное утверждение в декабре 1903 года. Только полное незнакомство с развитием японского флота, после японо-китайской войны, позволило авторам этого плана, которые, кстати сказать, сидели недалеко от японских берегов — в Порт-Артуре, поставить своему флоту задачу — по достижении господства в Желтом море и Печилийском заливе воспрепятствовать высадке японского десанта в сфере влияния русского флота и обеспечить сосредоточение русских сухопутных войск. При этом небольшой крейсерский отряд, базируясь на Владивосток, должен был действовать на морские сообщения японцев. Командующему крейсерским отрядом адмиралу Штакельбергу предписывалось в случае получения указания об открытии боевых действий немедленно же приблизиться к берегам острова Хоккайдо и, двигаясь вдоль западного берега этого острова, уничтожить все вплоть до рыбачьих судов и навести панику на прибрежное население. В согласии с намеченным планом, 59 судов различного типа оставались на Порт-Артурском рейде, 4 крейсера и 10 миноносцев с одним транспортом — у Владивостока, а один крейсер и одна канонерская лодка Порт-артурской эскадры — на рейде Чемульпо, где они, кстати сказать были атакованы эскадрой Уриу, сопровождавшей десант Куроки. О какой-либо борьбе с десантами японцев и о связи действий армии и флота в плане Куропаткина не упоминалось. Возможность внезапного нападения японцев на русскую эскадру предусматривалась в Главном морском штабе и на военных играх, но в плане войны учитывалось нормальное начало военных действий после объявления войны.
При наличии постоянной армии, насчитывавшей 1 100 000 человек и около 3 500 000 человек обученного резерва и запаса, русское командование сумело сосредоточить на Дальнем Востоке к началу войны только 98 000 человек и 272 орудия, кроме охранной стражи, которая насчитывала около 24 000 человек, использованной главным образом для обеспечения тыла. Русские войска были расквартированы на огромном пространстве от Квантунского полуострова до северной окраины Приморского округа. Дальнейшее накапливание сил на Манчжурском театре крайне затруднялось слабой пропускной способностью одноколейной Сибирской магистрали: в первые месяцы войны железная дорога пропускала только 3 пары поездов, а затем 6-10 пар в сутки. Если учесть необходимость переброски на Манчжурский театр не только войск, но и огромного количества предметов снабжения, то станет ясно, почему развертывание сил на театре войны протекало весьма медленно. К этому следует добавить, что поезда из Европейской России шли около 6 недель. Таким образом, доставка войск в Манчжурию в первое полугодие войны не превышала 20 000 человек в месяц. Провозоспособность дороги постепенно повышалась путем укладки на наиболее трудных участках второго пути и устройства множества дополнительных разъездов; к окончанию войны она достигала 24 пар поездов в сутки. Сосредоточение на главном направлении театра войск, уже расположенных на Дальнем Востоке, представляло также большие трудности в связи с их разбросанностью. Некоторые части отстояли от железной дороги на расстояние свыше 600 км. Из всех войск, находившихся к началу войны на Дальнем Востоке, в Манчжурии оказалось только 27 батальонов, 22 сотни и 44 орудия, причем войска находились в это время в процессе переформирования из двухбатальонных полков в трехбатальонные. Остальные войска были разбросаны в Приморской и Амурской областях и в Забайкалье.
Только через полтора месяца после начала войны главная масса войск была сосредоточена в Манчжурии. В предвидении десанта японцев в Корее, у Инкоу или на китайском побережье русские войска приняли следующую группировку: 29 батальонов, 10 сотен и 60 орудий, общей численностью около 30 000 человек, были сосредоточены в районе Ляоян — Мукден на кратчайшем направлении из Кореи, откуда ожидалось наступление главных сил противника. Южный отряд под командованием Штакельберга силой в 18 батальонов, 6 эскадронов и 54 орудия, всего 22 000 человек, расположился в районе Инкоу — Ташичао — Хайчен в ожидании высадки противника на побережье Ляодунского залива. На реке Ялу был выдвинут Восточный отряд генерала Засулича — 19 батальонов, 23 сотни, 62 орудия и 8 пулеметов, всего около 20 000 человек боевого состава — для противодействия движению противника из Кореи. Из состава Восточного отряда в Корею была выдвинута для наблюдения за противником конница Мищенко. На побережье Корейского залива было развернуто 5 казачьих сотен, а для обороны Квантунского полуострова и Порт-Артура назначено было 18 батальонов, 1 эскадрон и 24 орудия — численностью около 30 000 человек, кроме инженерных войск. В Южноуссурийском крае и Владивостоке накопилось около 30 000 человек.