Морской министр Ямамото Гомбей в тот же день получил сообщение, что торпедой в охраняемой бухте потоплен крейсер и что только чудо (а именно плохое состояние русских торпед) спасло крейсер “Асама”. Телеграмма вызвала в императорской ставке шок. После чего морской министр Ямамото с согласия ставки в категорической форме потребовал от Того вывести крупные корабли на базы в Цусимском проливе. Первое явление на сцене русских подводных лодок оказало стратегическое воздействие. Противник отказался от использования Гензана в качестве передовой базы, о чем впрочем русские узнали отнють не сразу.
Легкие силы действовавшие из Гензана по прежнему практически еженочно появлялись в заливе Петра Великого, ставя небольшие минные банки. Так ночь с 5-е на 6-е июня, минные катера М4, М3 и М9, атаковали торпедами японские эсминцы (4-й отряд истребителей: “Харусаме”, “Мурасаме”, “Асагири”, “Асасио”) в 30 милях к югу от о-ва Казакевича в 3.30. Русские моряки фактически добились попадания торпеды в “Асасио” (по возвращении было доложено о 2-х потопленных кораблях). Японцы немедленно открыли огонь. После нескольких минут жаркой перестрелки “Асагири” получил несколько попаданий в мостик (погиб командир отряда капитан 2 ранга Судзуки и командир корабля капитан-лейтенант Иида) и противники разошлись в ночи. М4 получил несколько попаданий и вскоре затонул (погиб 1 человек). “Асасио” затонул спустя полчаса. Получив информацию о бое, Матусевич передал приказание Рейценштейну с рассветом выйти в море и произвести поиск вражеских кораблей. Выход крейсеров оказался безуспешным, но при возвращении с “Авроры” обнаружили и расстреляли плавучую мину. Через сутки минные катера М13, М16 и М17 атаковали торпедами японские миноносцы (девятый отряд миноносцев - “Аотака”, “Кари”, “Цубаме”, “Хато”) в 20 милях к юго-востоку от о-ва Казакевича в 1 ч. 15 мин. Русские моряки фактически добились попадания торпеды в “Кари”, который затонул спустя 15 минут. Японцы немедленно открыли огонь. Русские катера отвернули. Ответный огонь не открывали.
Для усиления обороны Сахалина, по распоряжению Вирена минные катера М21-24 в сопровождении транспорта “Якут” ушли на Сахалин, куда прибыли 10 июня.
Днем 6 июня в ходе траления восточного фарватера в Амурском заливе подорвался и затонул буксирный пароход N3. В тот же день в навигационной аварии в б.Патрокл вечером потерян минный катер М17, разбившийся о скалы. Кроме того потери этим не закончились - миноносец “222”, следуя в Посьет, подорвался на мине в районе острова Римского-Корсакова и затонул, остатки экипажа (10 человек) подобраны на следующий день.
7 июня миноносцы “201” и “202”, направленные на патрулирование, в результате аварии машин задержались в Посьете. Вышли в море ночью и направились в Амурский залив. В 20 милях от м.Поворотный в 2 ч. 30 мин. столкнулись с “Харусаме”, “Мурасаме”, “Асагири”, из 4-го отряда истребителей. Японцы русских обнаружили первыми и немедленно открыли огонь с дистанции 3-4 кабельтовых. Спустя пару минут “201” получил снаряд в котельное отделение и потерял ход. “202” отвернул к берегу, японцы его потеряли из виду и сосредоточили огонь на подбитом русском миноносце. Спустя 10-15 минут “201” затонул получив порядка 15-20 попаданий 6-и и 12-и фунтовых снарядов. Японцы подобрали 7 человек. “202” ушел под берег, и утром пришел в б.Уллис.
К 10 июня в заливе Посьет было закончено оборудование базы легких сил. В залив перешли миноносцы NN 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 223, миноноски М1-3, М5-10 и судно обеспечения параход “Монгугай”. Для обороны базы оборудовано две двухорудийных батареи 6” орудий и одна пятиорудийная батарея 75 мм орудий.
Тем временем флот Микадо продолжал нести потери. В полночь в заливе Петра Великого миноносец “Манадзуру” подорвался на мине и затонул.
12 июня крейсер “Новик” и истребители приняли запас угля и мины, по 12 штук на корабль, всего 72 мины и вышли в полдень в море. Руководил выходом Елисеев. В заливе Анивы корабли Елисеева начали постановку оборонительного минного заграждения, которую закончили в 8 часов. По завершению постановки Елисеев вывел корабли в Лаперузов пролив и в 10 ч. 20 мин. обнаружил к югу дым. После чего, прибавив ходу, русские корабли повернули на юг и спустя 30 минут сблизились с однотрубным пароходом на дистанцию 6-7 миль. Обнаружив русские корабли пароход немедленно повернул на обратный курс. Русские корабли увеличили ход до 21 узла. В 11 ч. 35 мин. “Новик” сократил дистанцию до 30 кабельтов и сделал выстрел по курсу парохода из носового орудия. Спустя несколько минут когда дистанция сократилась до 15 кабельтов, на мачте парохода взвился боевой флаг восходящего солнца и пароход открыл огонь из 12-и фунтовых орудий. “Новик” открыл ответный огонь и спустя несколько минут добился попадания в кормовую часть парохода. Спустя 15 минут непрерывно осыпаемый русскими снарядами пароход запарил и потерял ход. Вскоре в кормовой части парохода обстреливаемого русским крейсером полыхнул пожар. Елисеев дал команду на “Властный”, “Грозовой”, “Беспощадный” атаковать торпедами. “Новик” прекратил стрельбу. Эсминцы ведя беглый огонь из своих 75 мм орудий сблизились на дистанцию торпедного выстрела и выпустили торпеды. Торпеда “Властного” попала в середину парохода, но не взорвалась. Торпеда “Грозового” ушла в сторону, видимо в результате неисправности прибора Обри. “Беспощадный” выпустил с небольшим интервалом обе торпеды, первая попала в носовую часть парохода и взорвалась, вторая затонула вскоре после выстрела. Судно затонуло через несколько минут. На борт русских кораблей подняты 47 человек экипажа. В ходе боя “Новик” расстрелял 257 120 мм снарядов, добившись 12-15 попаданий. Миноносцы в свою очередь 122 75 мм снаряда и выстрелили 4 торпеды, из которых цель поразило 2 торпеды, но взорвалась только одна. Крейсер “Новик” в ходе боя получил 3 попадания 12-и фунтовых снарядов. Не нанесших впрочем значительного ущерба. Погиб один матрос и еще пять получили ранения. “Грозовой” получил 2 попадания. Первый снаряд пробил на вылет 2-ю дымовую трубу, Второй пробив борт, разорвался в носовом кубрике. В “Беспощадный” попал один снаряд, разорвавшийся на баке. 2 члена экипажа получили осколочные ранения. По прибытии во Владивосток в ходе допроса членов экипажа японского вооруженного судна выяснилось, что потопленный пароход - “Хикозан-Мару”, вооруженный транспорт, несший блокадную службу в районе Курильских островов. Потопив японский пароход, отряд Елисеева направился во Владивосток. 14 июня в заливе Петра Великого в 1 ч. 15 мин. вновь имела место перестрелка между японскими миноносцами и русскими миноносками. В перестрелке приняли участие с Русской стороны М3,8,9, а с японской стороны 14-й отряд миноносцев. Потоплен М8. Погибло 2 человека, остальных подобрали с утра на борт миноносца “210”. Русские безрезультатно израсходовали 4 торпеды.