Корабли второго эшелона были отремонтированы к началу февраля 1905 года. Был в целом проведен большой объем ремонтно-восстановительных работ и проведен ряд мероприятий по усилению артиллерийского вооружения. В частности кроме мероприятий по перевооружению и ремонту, были демонтированы подводные и надводные торпедные аппараты, практически бесполезные и зачастую неисправные.
В начале 1905 г. произошел ряд важных и переломных событий - террористом был убит Николай II и регентом при малолетнем Алексее стал брат погибшего императора - Михаил. Одним из первых вопросов которым Михаил уделил особое внимание был вопрос продолжения войны и подготовки 2 ТОЭ. 27 января 1905 года Великий князь Александр Михайлович при встрече с регентом предоставил подготовленный им и близкими к нему офицерами меморандум, с перечислением причин столь неудачного для России хода войны на Тихом океане. В основу документа легли невыхолощенные отчеты, присланные из Владивостока, в том числе обобщенные документы, подготовленные Матусевичем и штабом 1 ТОЭ, копии наиболее важных телеграмм и предостережений Макарова. При составлении документа использовались предложения Лихачева, который был среди прочих поставивших подпись. По сей день обстоятельства как именно великий князь Александр Михайлович убедил регента дать отставку генерал-адмиралу неизвестно, разговор происходил наедине, и в своих мемуарах про отставку генерал-адмирала упоминает вскользь больше внимания уделяя походу 2 ТОЭ и Цусимскому сражению.
Что достоверно известно, то что после некоторого раздумья регент отдал распоряжение великому князю Алексею Александровичу собрать адмиралтейств-совет и обсудить на нем ход войны. В числе прочих был приглашен и адмирал Лихачев.
Совет был проведен в Зимнем дворце 30 января, и что интересно на совещании были приглашены командиры судов 1-го и 2-го ранга готовящейся к отправлению 2-й эскадры. В числе прочих документов был оглашен и меморандум ВКАМа. Генерал-адмирал после оглашения данного документа молча покинул собрание и два дня спустя передав прошение об отставке от дел и испросив разрешение у регента на отъезд убыл в Париж.
В ходе продолжения совещания были приняты ряд решений, касающихся подготовки 2-й эскадры. Кроме этого ВКАМ попросил у регента передать в его распоряжение “Штандарт”, для экстренного приготовления его к походу в качестве крейсера. Михаил согласился. Это решение регента впоследствии было освещено в прессе. После заверешния совещания регент и ВКАМ долго беседовали наедине. На следующий день регент принял адмирала Лихачева и известил его о том что ему предлагается возглавить морское ведомство во вновь введенной должности морского министра. Приказ N1 гласил: “об организации службы генерального штаба в Русском флоте”.
Яхта ЕИВ “Штандарт” встала в Кронштадтский пароходный завод. Руководству завода поставлена задача в течении месяца подготовить к корабль к плаванию. Кронштадтская крепость передала для вооружения корабля 8 6”45 орудий Кане. С Черноморского флота передавались 6 75 мм50 орудий Канэ.
В конце февраля в Либаве были собраны корабли второй Тихоокеанской эскадры, за исключением броненосца “Сисой Великий” (который вернулся в завод для устранения неисправностей в машине выявившихся в ходе испытаний) и крейсеров “Корнилов” и “Адмирал Нахимов” (заканчивали подготовку к походу) стоявших в Кронштадте. Эскадра вышла на маневры, впервые проводимые практически в полном составе. До этого корабли отрабатывали курс боевой подготовки - в одиночном порядке и по-отрядно. Первого марта яхта “Полярная звезда” под штандартом регента прибыла в Либаву. На борту “Полярной звезды” проведено итоговое совещание флагманов, командиров кораблей. По итогам совещания вице-адмирал Рождественский доложил о готовности эскадры к переходу. В течении следующих двух дней регент посетил все боевые корабли эскадры. Выход первого эшелона эскадры назначен на 3 марта.
Состав и организация 2 ТОЭ (Рожественский):
1-й броненосный отряд - Рожественский: “Суворов”(флагм), “Император Александр III”, “Бородино”, “Орел”, “Слава”.
2-й броненосный отряд - Небогатов: “Наварин”(флагм), “Император Николай I”, “Сисой Великий”, “Император Николай I”, “Император Александр II”, “Адмирал Нахимов”.
1-й отряд крейсеров - Вел.Кн. Александр Михайлович: “Олег”(флагм), “Светлана”, “Изумруд”, “Жемчуг”, “Штандарт”, “Русь”, “Днепр”, “Кубань”, “Урал”, “Терек”.
2-й отряд крейсеров - Добротворский: “Память Азова”, “Адмирал Корнилов”, “Владимир Мономах”.