В этой ситуации генерал Ноги во второй половине дня приказал прервать штурм и закрепиться на занятых позициях (гора Угловая, редуты N1, N2, Панлушань), так как понял, что потерпел поражение. Порт-Артур нельзя было взять “с марша”, без подготовки, без проведения инженерно-осадных работ, без сильной осадной артиллерии, а это означало, что осада города продлится еще, самое малое, несколько недель. Осадная 3-я японская армия в ходе первого штурма Порт-Артура оказалась по сути дела разбитой, утратив треть своих войск, потеряв около 15 тысяч человек. За пять дней штурма некоторые пехотные полки 3-й армии фактически перестали существовать как боевые единицы. В 7-м пехотном полку из 2500 штыков осталось в строю 6 офицеров и 208 солдат, в 35-м полку - всего 240 солдат. 6-я бригада перед штурмом насчитывала в своих рядах 5 тысяч штыков, после штурмовых дней в ней осталось 400 человек. Тяжелые потери не только обескровили армию Ноги, но и подломили ее волю.
11 августа для охраны тралящего каравана на внешний рейд Порт-Артура отправились “Бодрый”, “Безупречный”, “Быстрый”, “Разящий” и “Расторопный”. Примерно в 18 часов “Разящий” наткнулся на мину, от сильнейшего взрыва корабль разломился пополам. Носовая часть затонула через полминуты, кормовая же чуть позже встала вертикально и ушла в воду с вращающимися винтами. В попытке оказать помощь “Быстрый” также подорвался на мине, и спустя полчаса затонул.
В тот же день вечером пришла джонка с почтой из Инкоу. В числе полученной почты была телеграмма Наместника, о том, что капитан 1 ранга Вирен произведен в контр-адмиралы особым императорским указом и назначен начальником морских сил в Порт-Артуре. Командиром “Баяна” назначен капитан 2 ранга Иванов 3-й.
20 августа истребитель “Скорый” выставил 14 мин, на путях движения японских блокадных дозоров.
Второй штурм крепости
Начиная с 12 августа японские саперы приступили к рытью траншей, которые давали возможность штурмующим безопасно подойти к русским оборонительным сооружениям. Первая линия проходила напротив участка, соединявшего форты 2 и 3, на расстоянии 500-1000 метров от укреплений. От нее вели ходы сообщения к редутам 1 и 2. С этих ходов планировалось прорыть минные коридоры для закладки подземных мин под прикрывавшие полукапониры 2 и 3.
Начиналась опасная для защитников крепости “минная война”. Скалистый грунт ограничивал темп работ до 10 метров в день. К началу сентября она получила подкрепление в 15 тысяч человек. Из резерва верховного командования прибыли две роты саперов, армия Ноги из полевой начала превращаться в осадную. Для доставки необходимого для ведения минной войны снаряжения и материалов, вдоль старой горной дороги Дайрен — Порт-Артур была проложена полевая железная дорога, чтобы протянуть отсюда до самых позиций узкоколейку для подвоза людей, боеприпасов и снаряжения. Артиллерийские батареи были связаны телефонным сообщением с наблюдательными пунктами, штабами дивизий и армии. Началась подготовка бетонных позиций для установки тяжелых осадных гаубиц калибра 280 мм, первый транспорт с которыми прибыл в Дайрен 13 сентября. Соединенный флот передал 2 орудия калибра 6” и 12 — калибра 47 мм. Темные ночи, частые туманы и дожди хорошо скрывали ход инженерных работ противника. К началу сентября 1904 года вражеские траншеи находились уже в ста шагах от Кумирненского и Водопроводного редутов и в четыреста шагах от форта N 2.
Осажденные тоже не теряли времени даром - велись активные работы по восстановлению разрушенных при штурме оборонительных сооружений и усилению крепостной артиллерии. Были заделаны бреши в Китайской стенке и полевых укреплениях, улучшена защита от осколков и пуль на позициях (стальные козырьки, мешки с песком), обустроены новые укрепленные батареи, сделаны проволочные заграждения, сооружены “волчьи ямы”, установлены фугасы. Также были начаты инженерные работы у второй линии обороны, проходившей в тылу главной позиции между узлом обороны N 3 и батареей “Б”. Ранее складированные флотские орудия установлены на позициях. Продолжались работы по демонтажу мортир с береговых позиций на сухопутный фронт. Это позволило создать шесть новых позиционных батарей, а также увеличить число орудий на других батареях. Генерал Белый осуществил реструктуризацию управления артиллерией, назначив для каждого фронта обороны на суше начальника артиллерии, что улучшило организацию управления огнем и способствовало более результативной борьбе с артиллерией противника.