Продолжая свое плавание корабли Вирена, обогнув Японию к вечеру 30 сентября подошли по счислению к северной оконечности о.Итуруп. Ввиду сильного тумана Вирен не рискнул идти на ощупь в пролив, а решил обождать мористее.. На следующий день погодные условия у о.Итуруп улучшились, видимость увеличилась до 4-5 миль и воспользовавшись “окном” Вирен провел корабли через пролив и направился на северо-запад. Днем 3 октября отряд Вирена обогнув Сахалин с севера прибыл в Николаевск, где немедленно начали погрузку угля. Контр-адмирал Вирен прибыл на берег и встретился с командиром порта контр-адмиралом Русиным. Скрыдлову в тот же день отправлена телеграмма. Отряд отстаивался в Николаевске еще четверо суток и покинул столь гостепреимную гавань всеми забытого уголка Российской империи в полдень 8 октября.
После ухода отряда Вирена все усилия портовых мастерских были направлены на скорейший ремонт “Севастополя”. Эссен практически самовольно начал разоружение “Гиляка”, с него была снята артиллерия и боезапас и смонтирована на “Севастополе”.
Тем временем в крепости используя запасы флота, недостаток свежего мяса и витаминов компенсировали консервами и сушеными фруктами, а порция хлеба увеличили за счет сухарей. Кроме того, береговые единицы флота имели собственные хозяйства. Саперы 3-й японской армии усилили темп инженерных работ, подведя апроши и параллели к укреплениям восточного фронта. Эти работы выдали замысел Ноги: атаковать позиции русских по всей протяженности восточного фронта — от узла обороны N 3 до батареи “Б”. Обстрелы города и укреплений из мортир и батарей Курои не приводили к должному эффекту. Ответный обстрел перекидным огнем вел “Севастополь” и тяжелые орудия русских мортирных батарей.
Третий штурм
К середине октября, когда генерал-полковник Ноги получил категорический приказ взять Порт-Артур, численность его армии увеличилась до 60 тысячи человек пехоты и имела четыре сотни осадных и полевых орудий. Командующий осадной армией, реально исходя из обстановки, вознамерился захватить к дню рождения императора хотя бы форты Восточного фронта крепости.
С утра 13 октября началась усиленная трехдневная бомбардировка укреплений Восточного фронта, одновременно обстреливался город и гавань. Никогда ранее русская крепость не несла столь больших потерь и разрушений от огня неприятельской артиллерии. В дневнике военного инженера подполковника С.А. Рашевского о третьем штурме Порт-Артура в те дни было записано: “Особенно сильно обстреливался форт N2, одним из выстрелов станок канонирской пушки, стоявшей у переднего фаса форта, переброшен через весь форт, к горжевой казарме, другой попал в верхнюю часть бетонной арки входных ворот форта N 2, разбил ее, разорвался внутри и уничтожил три пулемета и минный аппарат. Два снаряда попали в казарму, один пробил бетонный свод…”
Защитники Порт-Артура с началом третьего штурма крепости могли выставить на передовую не более 15 тысяч человек. Во многих ротах сибирских стрелков в строю оставалось менее 50 бойцов. Начальник сухопутного фронта генерал-майор Кондратенко все время находился на линии крепостных укреплений, руководил восстановительными работами и требовал от командиров всех степеней полной готовности к отражению вражеской атаки.
В последний день артиллерийской подготовки японские батареи выпустили по крепости свыше тысячи снарядов, из них 800 крупного калибра. Кроме того, было выпущено несколько тысяч шрапнельных снарядов для поражения живой силы противника. Только после того, как русские укрепления получили сильные разрушения, генерал-полковник Ноги в 12 часов дня отдал приказ начать генеральный штурм. Главный удар наносился по форту N III. Крепость, молчавшая с самого утра, встретила штурмующую японскую пехоту, которая шла вперед в пяти колоннах (еще две находились в резерве), ружейными залпами и предельно интенсивным огнем из всех исправных орудий. Из внутренней гавани Порт-Артура била крупнокалиберная артиллерия “Севастополя”. Но на этот раз японцы настолько близко подвели свои траншеи к русским укреплениям, что вскоре во многих местах начался яростный рукопашный бой.
15 октября в 9.00 части 3-й армии генерала М.Ноги начали 3-й штурм крепости, одновременно атаковав северные и восточные укрепления русских. При отражении японских атак русскими войсками впервые использован в боевых условиях миномет конструкции Л.Гобято. И снова японская пехота тесными колоннами прорывалась сквозь огонь артиллерии, пулеметов и ручных гранат. И снова, неся громадные потери, она отступала. На следующий день повторилась та же бойня. В штурме со стороны японцев участвовали отряды 1-й пехотной дивизии, с включенной в ее состав резервной 1-й бригады, а также 9-я и 11-я пехотные дивизии, поддержанные своей артиллерией (полк полевой артиллерии, два полка горной артиллерии). Было сформировано семь штурмовых колонн, Одна колонна (1-я пехотная дивизия) должна была нанести удар по узлу обороны N 3 и далее по Лаперовской батарее, две колонны 9-й пехотной дивизии наступали на форт N3 и полукапонир N2 и развивали наступление до батареи Большого Орлиного Гнезда; три колонны 11-й дивизии пехоты атаковали форт N2, батарею Большого Орлиного Гнезда, бастион Куропаткина, далее наступали на батарею Малого Орлиного Гнезда и батарею “Б”, продвигаясь к Залитерной батарее; одна колонна оставалась в резерве. Независимо от них действия на флангах прикрывали отряды 11-й пехотной дивизии (наступали на узел обороны N 2 и батарею “А”) и 1-й пехотной дивизии (атаковали тянувшиеся от Панлушаня укрепления северного фронта). В общей сложности в наступлении участвовали около 25 тысяч человек, поддерживаемых огнем 400 орудий и мортир. По состоянию на 9 октября русские укрепления защищали 15000 человек; еще 1500 находились в общем резерве, в районе предполагаемого наступления русские имели порядка 7500 чел, в резерве фронта 10 стрелковых рот. На первой части фронта (ею командовал командир 28-го стрелкового полка, подполковник Науменко) находились батарея “Б”, бастион Куропаткина и форт 2; на второй части (командир 13-го стрелкового полка подполковник Гандурин) — форт N3, батареи Большого и Малого Орлиного Гнезда, узел обороны N 3 и полукапонир N2. Штурмуемые объекты защищали, таким образом, тридцать стрелковых рот, десантная рота и отряд добровольцев (из них лишь пять рот находились на первом участке фронта), в резерве фронта насчитывалось десять рот.