В начале мая, после того как Порт-Артур был отрезан с суши, целью блокады стало обеспечение безопасности подвоза японцами войск и грузов; недопущение выхода русских кораблей для оказания помощи русской армии на Ляодунском полуострове; лишение осажденной крепости подвоза питания и грузов; недопущение прорыва русской эскадры во Владивосток. Форма блокады осталась прежней. Был значительно увеличен состав блокирующих сил. Неподалеку от Порт-Артура теперь всегда дежурили несколько броненосцев, крейсера, истребители, канонерские лодки и сторожевые корабли. Состав блокирующих сил должен был во всех случаях превосходить силы блокируемых. Крупные корабли японцев постоянно базировались на островах Эллиота, а истребители перешли на острова Мяо-Тао.
Но русские крупные корабли так и стояли в Порт-Артуре. Активно продолжались лишь минные постановки. В начале мая Витгефт упустил реальный шанс повернуть чашу весов в войне на море в пользу России. Начало этим событиям было положено 29 апреля, когда на мине погиб японский миноносец № 48. 1 мая список японских потерь пополнил авизо "Мияко", погибший на мине в бухте Керр. В ночь на 2 мая столкнулись крейсера "Кассуга" и "Иосино", и через три минуты последний затонул, погибло 32 офицера, 284 нижних чина и 3 вольнонаемных. Но самый "черный день" японского флота наступил 2 мая. В этот день блокаду Порт-Артура осуществляли корабли второй бригады (броненосцы "Хацусе", "Сикисима", "Ясима", крейсер "Касаги", авизо "Тацута") под флагом контр-адмирала Насибы. В 9.55 в 11 милях от Порт-Артура флагманский броненосец "Хацусе" подорвался на мине, потом еще на одной. На корабле было затоплено рулевое отделение, поврежден гребной винт. Отряд изменил курс, но в 9.57 на мине подорвался "Ясима", получивший крен на правый борт. К нему для оказания помощи подошел крейсер "Такасаго". В 11.33 "Хацусе" подорвался на третьей мине и в 11.35 затонул. На броненосце погибло 36 офицеров, 445 нижних чинов и 12 вольнонаемных. Японцы спустили все шлюпки и стали спасать экипаж, им удалось поднять из воды контр-адмирала Насибу, 32 офицера и 317 нижних чинов. Эти события были хорошо видны с русских береговых батарей, и о них сразу стало известно Витгефту. Можно было одним ударом уничтожить половину японских броненосцев — в тот момент японцы имели под Порт-Артуром 2 броненосца, 5 крейсеров, 3 канонерские лодки и 2 истребителя, русские могли противопоставить 4 броненосца и 4 крейсера, 4 канонерские лодки, 16 миноносцев. Но Витгефт на выход эскадры не решился, и в 13.00 в атаку на японцев вышли только миноносцы, которые прикрывал крейсер "Новик". Их атаку японцам, собравшим корабли в отряд, удалось успешно отбить. В отражении этой атаки принимал участие и поврежденный "Ясима". Подошедшие японские корабли начали его буксировку в базу, но вечером он затонул в пяти милях от острова Энкаунтер-Рок. Оба японских броненосца погибли на минном заграждении (50 мин), поставленном "Амуром". Его командир капитан II ранга Ф. Н. Иванов ослушался Витгефта и поставил мины на две мили дальше, чем было приказано. Именно в этом месте и проходил маршрут отряда японских кораблей, блокирующих Порт-Артур.
Вечером 2 мая авизо "Тацута" со спасенным контр-адмиралом Насиба сел на камни у островов Эллиот. 3 мая в тумане столкнулись канонерские лодки "Акаги" и "Осима" и последняя затонула. Еще одной жертвой стал истребитель "Акацуки", подорвавшийся 4 мая на мине в 8 милях от Ляотешаня. Погибло 7 офицеров и 16 нижних чинов.
Тем не менее, все эти тяжелые потери японского флота не изменили ситуацию на море, и японцы по-прежнему контролировали акваторию вокруг Порт-Артура и места высадки войск. Сухопутные войска японцев действовали успешно, и им удалось занять Цзынчжоускую позицию. Наступавшие японские войска поддерживались огнем 4 канонерских лодок и 6 миноносцев. Их огонь по левому флангу 5-го Восточно-Сибирского стрелкового полка Н. А. Третьякова был особенно губительным. Наши войска поддерживали своим огнем канонерская лодка "Бобр", миноносцы "Бурный" и "Бойкий". Они обстреливали позиции японских войск из бухты Хунуэза. В результате оставления цзынчжоуской позиции прекратилось железнодорожное сообщение с Манчжурией, японцы захватили порт Дальний и начали использовать его для базирования и ремонта кораблей, высадки подкреплений, доставки боеприпасов, продовольствия и тяжелой осадной артиллерии. Русские войска отступали к Порт-Артуру. В самой крепости начались спешные работы по укреплению фортов казематов, погребов и береговых укреплений, качество работ было невысоким, не хватало пушек для вооружения батарей на сухопутном фронте. Еще 24 апреля Витгефт собрал совещание, на котором было принято решение о передаче с кораблей на береговые батареи орудий, боезапаса и прислуги к орудиям. Все работы поручили проводить капитану II ранга Клюпфелю. Первоначально с кораблей сняли десантные пушки, пулеметы и прожекторы, потом начали демонтаж других орудий. В результате к 1 июня с кораблей эскадры сняли: 1хЗО5-мм орудие, 19х152-мм, 23х75-мм, 7х47-мм, 46х37-мм и 8 прожекторов. Перед выходом эскадры в море 10 июня эти орудия стали спешно ставить обратно, но далеко не все успели вернуть.