Было принято решение разделить эскадру — корабли с небольшой осадкой и транспорты направить через Средиземное и Красное моря под командованием контр-адмирала Д. Г. Фелькерзама. 12 ноября корабли прошли Суэцкий канал. 6 декабря отряд вышел в Индийский океан, ведя миноносцы на буксире. 15 декабря корабли прибыли в Носи-бе на Мадагаскаре.
Пять броненосцев ("Суворов", "Александр III", "Бородино", "Орел" и "Ослябя") с большой осадкой и три крейсера ("Аврора", "Адмирал Нахимов" и "Дмитрий Донской") совершили переход вокруг Африки за 55 дней. Они останавливались для заправки углем, водой и припасами в Дакаре, Габуне, Грейт-фиш-бее, Ангрра-Пеквене. 19 ноября пересекли экватор. Успешно был пройден мыс Доброй Надежды, а при входе в Индийский океан корабли попали в сильный шторм, высота волн достигала 12 метров (при длине 105 метров). Преодолев все эти трудности, 16 декабря корабли бросили якорь у Мадагаскара, рядом с небольшим островом Святой Марии.
19 декабря Морское Министерство сообщило, что для усиления 2-й эскадры будет послан отряд Небогатова, и Рожественскому необходимо изменить маршрут движения. 25 декабря последовал приказ дождаться на Мадагаскаре отряд капитана'1 ранга Л. Ф. Добротворского. Исправив повреждения, получив указания командования и погрузив уголь, русские корабли перешли в Носи-бе, где уже находился отряд Фелькерзама и стали ждать остальные корабли. 28 декабря к эскадре присоединился вспомогательный крейсер "Урал". Стоянка эскадры на Мадагаскаре продлилась до 3 марта 1905 года. Экипажи грузили уголь, воду и продовольствие, ремонтировали механизмы и корпуса кораблей. Корабли совершали выходы в море на артиллерийские и торпедные стрельбы, маневры, минные постановки. Во время стоянки на Мадагаскаре были получены известия о падении Порт-Артура и о полном уничтожении 1-й Тихоокеанской эскадры. Эти новости и продолжительное (два с половиной месяца) бездействие отрицательно сказались на моральном духе офицеров и матросов эскадры.
1 февраля к эскадре присоединились корабли догоняющего отряда капитана 1-го ранга Добротворского. Поскольку не все корабли, включенные в состав эскадры, успевали войти в строи до ее выхода в море, их включили в состав этого отряда. В него вошли крейсеры "Олег", "Изумруд", вспомогательные крейсеры "Рион", "Днепр" и миноносцы "Грозный", "Громкий", "Резвый", "Пронзительный" и "Прозорливый". 3 ноября Догоняющий отряд вышел в море. На переходе до Танжера корабли сопровождало учебное судно "Океан", которое позднее вернулось на Балтику. Далее корабли отряда разделились на три группы, которые шли самостоятельно. В первую груп- ' пу вошли "Олег" и "Изумруд", во вторую "Днепр", "Громкий" и "Грозный". Эти корабли дошли до Носи-бе благополучно. Иначе обстояло дело с третьей группой, в которую включили "Рион", "Резвый", "Прозорливый" и "Пронзительный". На миноносцах постоянно происходили поломки, и корабли совершали длительные стоянки в портах. 15 декабря все группы встретились в Суде, где стояли до 26 декабря. 29 декабря корабли прошли Суэцкий канал. С 6 по 19 января стоянка в Джибути, где на ремонт был оставлен "Резвый". 20 января отряд, лишившийся трех миноносцев, вышел в Носи-бе.
В Санкт-Петербурге было принято решение о продолжении похода и 3 марта 2-я Тихоокеанская эскадра покинула Носи-бе и направилась к берегам Индокитая, где предстояла встреча с отрядом Небогатова. Теперь эскадре предстояло самостоятельно прорываться во Владивосток, а не в Порт-Артур, и встретившись в одиночку с японским флотом, в генеральном сражении решить судьбу войны на море. Рожественский писал: "Первая эскадра, имевшая перед войной 30 боевых судов разных рангов и 28 миноносцев, оказалась недостаточной для овладения морем. Второй эскадре, имеющей 20 боевых судов и только 9 миноносцев, задача овладения морем теперь не по силам… С присоединением Небогатова, силы также не будут достаточны для овладения морем. Прибавляя 4 плохих боевых судна, Небогатов прибавит и 8 транспортов, защита которых свяжет движение эскадры".