Ни для кого не было секретом, что Федор не способен править. После смерти Ивана Грозного среди бояр шла упорная борьба за влияние на царя. В конце концов всех пересилил царский шурин боярин Борис Федорович Годунов, который и был истинным вершителем судеб государства во все время царствования Федора.
В конце XVI в. Московское государство еще не было настолько сильно, чтобы военной силой поддерживать свои отдаленные владения или владения дружественных сопредельных территорий, тем не менее такие попытки делались, в том числе и на Кавказе. Царь Федор Иоаннович принял титул «государя земли Иверской, Грузинских царей и Кабардинской земли, Черкесских и Горских князей».
Царь Федор скончался 7 января 1598 г., и с его кончиной пресекся русский царский род Рюриковичей, потомков Ивана Калиты. Никогда еще для Московского государства последняя воля царя не имела такого важного значения, как при смерти Федора Иоанновича, ушедшего из жизни без потомства (дочь Феодосия умерла в младенчестве, а сводный брат Дмитрий — в малолетстве), но Федор умер, не оставив никаких распоряжений о своем преемнике на российском престоле. Перед смертью он сказал: «Во всем царстве и в вас волен Бог; как ему угодно, так и будет».
После смерти царя оставалась его супруга, царица Ирина, которой и присягнули, чтобы избежать междуцарствия, а в качестве правителя государства по-прежнему, как и при Федоре, должен был оставаться брат Ирины, Борис Годунов. Принять бразды правления царица не согласилась и на девятый день после кончины супруга приняла постриг в Новодевичьем монастыре под именем Александры.
К кому же должен был перейти царский венец? Большинство во главе с патриархом Иовом было за избрание царем Годунова, тем более что он и до этого в течение многих лет управлял государством от имени царя Федора. Борис потребовал созвания государственных чинов, чтобы весь народ решил, кого должно возвести на престол; он не хотел принять царский венец, не будучи избранным земским собором, и такой собор состоялся 17 февраля. У бояр, дворян, приказных и служилых людей, у гостей и всех православных христиан, которые находились в Москве, была единодушная мысль, что «мимо государя Бориса Федоровича, иного государя никого не искать и не хотеть». Два последующих дня в Успенском соборе торжественно служили молебен, чтобы Бог даровал православному христианству по его прошению государя Бориса Федоровича. Годунов не сразу согласился принять царский титул, и только после благословения сестры, царицы Ирины, сказавшей: «Даю вам своего единокровного брата, да будет вам государем и царем», — Борис произнес: «Буди святыя твоя воля, Господи». После чего патриарх Иов в церкви благословил его на все великие государства Российского царствия. Борис Годунов венчался на царство 1 сентября 1598 г.
Судя во всему, Годунов вполне мог оставить о себе память как о блестящем правителе, но этого не получилось. И беда здесь была даже не в том, что вторая половина его царствования омрачилась неурожаями, мором и смутами. Главное несчастье Годунова заключалось в том, что его так и не восприняли как Богом данного царя. Его не боялись, как раньше Ивана Грозного, его не любили, как позже Михаила Романова. Его терпели лишь как ловкого пройдоху, интригой овладевшего чужим троном, не прощали ему просчетов и не испытывали благодарности за его дары. Любопытно, что это отношение присуще было всем слоям общества, от простого народа до боярства; и никто лучше самого Бориса не понимал ложности его положения.
На первых порах Годунов старался расположить к себе народ, приучить его повиноваться себе как царю. В самом начале его царствования население получило довольно существенные послабления. Все сельские жители были освобождены от податей на год; все торговые люди получили право беспошлинной торговли на два года; служилому люду было выплачено годовое жалованье. Но Годунов был воспитан при дворе Ивана Грозного, поэтому многие его благие намерения и действия сочетались с подозрительностью, недоверчивостью, хитростью и другими качествами, не способствующими укреплению царской власти и авторитета, тем более что новая династия только начала утверждаться на российском престоле.
Род Годуновых ведет свое начало от татарского мурзы Чета, принявшего в XIV в. крещение и переселившегося из Орды на Русь, поэтому люди более родовитые, считавшие своими предками Рюрика, Гедимина или старинное московское боярство, были недовольны, что на русском престоле находится потомок малознатного татарского рода. В народе же утвердилось мнение, что род Годуновых не принесет счастья русской земле.