В Амстердаме же Петр знакомится с богатыми ботаническими и зоологическими коллекциями, устроенными амстердамским городским управлением. 7 сентября великое посольство и в его составе Петр, по преданию в сопровождении того же профессора Рюйша, посетило амстердамский ботанический сад, где представлены были экземпляры индийской флоры, и состоявший при саде музей с редкостными образцами морской фауны экзотических владений Голландии. «Сентября в 7 день, – читаем в Статейном списке посольства, – великие и полномочные послы были в Амстрадаме с приставы своими и гуляли в огороде, которой огород называется Гортус Медикус (Hortus Medicus), или огород лекарственной, тот огород строится всем Амстрадамом. В том огороде зело многое множество древ иностранных, а именно: из Индии – масличные и коричные, и померанцевые, и кипарисы, и цитроновые и прочие; также многие благоуханные травы и разные видами; и устроены тем древам и травам изрядные места, и вносятся в хладное время в амбары, а травам сделаны места и сысподи печи (оранжереи). В том же садовом дому в амбаре стоят многие скляницы и сулейки, и стаканы, а в них в спиритусе морские дивы, во всяком судне особо – змии, крокодилы, саламандры и иные многие» [3] . Предприняв путешествие по Голландии для обзора ее достопримечательностей, Петр посетил знаменитый тогда Лейденский университет, где опять особенное внимание обращено было на анатомический музей: «Были в Академии и в Анатомии», – как записано в его дневнике (Юрнале). При проезде через город Дельфт Петр знакомится с знаменитым зоологом Левенгуком, впервые начавшим применять микроскоп в исследовании по зоологии. Царь с большим интересом, как говорит местное предание, осмотрел находившиеся в этом городе оружейные заводы. Ему, как и всегда, надоедала неотвязчиво следовавшая за ним толпа любопытных, и вот, чтобы избавиться от нее, он сел в яхту и отплыл на середину реки Ши, на которой расположен Дельфт, пригласив с собою Левенгука.
Здесь на яхте Левенгук показывал ему усовершенствованные им микроскопы и объяснял закон кровообращения, демонстрируя его на препаратах. Царь с большим удовольствием занимался наблюдениями в микроскоп [4] . Насмотревшись на естественно-научные коллекции в Голландии, Петр там же стал заводить свою естественно-научную коллекцию. Из Амстердама отправлялись в Россию морским путем через Архангельск купленные им зоологические экземпляры: крокодил, рыба «швертфиш» и целый ряд морских редкостей, животных и растений «в скляницах», т. е. в банках со спиртом; для них заказаны были деревянные футляры или ящики «ковчежцы», куда их помещали, перекладывая хлопчатой бумагой [5] . Эти коллекции послужили впоследствии основанием Кунсткамеры при Академии наук в Петербурге. Вероятно, зная об интересе, проявленном Петром к естественно-историческим коллекциям, некий голландец поднес ему, как записано в расходной книге, «две доски мух», т. е. две доски с наколотыми на них экземплярами насекомых, за что получил очень большое по тому времени вознаграждение: четыре пары соболей в 60 рублей [6] .
В январе 1698 года Петр из Голландии переехал в Англию. Осмотрев Лондон, он поселился в одном из лондонских предместий, небольшом городке Дептфорде, где под руководством английских инженеров продолжал изучать кораблестроение, проходя теперь его теоретическую часть, которой не нашел в Голландии. И в Англии – та же научная любознательность и тот же интерес к успехам знания, посещения музеев и научных учреждений и знакомства с учеными, с крупнейшими учеными века. 27 января мы находим Петра в музее Королевского общества – во дворе Ройяль-Социетет, как записано в его дневнике – «Юрнале». Под 9 марта в том же «Юрнале» отмечено развлечение, свидетельствующее, может быть, и не об очень высоком развитии его вкусов: смотрели какую-то необыкновенную женщину-великана, у которой царь, человек ростом без двух вершков в сажень, проходил под протянутую руку, не нагибаясь: «Была у нас великая женщина после обеда, которая протянула руки и, не наклонясь, десятник (так Петр именовался в составе посольства, начальствуя «десятком» в отряде волонтеров) под руку прошел». Но под тем же числом там же читаем другую отметку: «Ездил десятник к острономику», т. е. посетил астрономическую обсерваторию, находящуюся в лежащем рядом с Дептфордом ниже его на том же правом берегу Темзы Гринвиче. Директором обсерватории был тогда Фламстид (Flamsteed), известный в истории науки составлением звездных каталогов. 8 апреля Петр был в Оксфорде, осматривал университет. Оксфорд, как записано в распространенной впоследствии редакции «Юрнала», «имеет славный университет, который в 880 или 890 или в 895 году королем Алфредом основан; тут есть славная библиотека, именуемая Бодлеанская; есть там 18 коллегий, в которых студенты живут под жестоким правлением… и имеют для забавы изрядные сады и аллеи; одеяние же их единообразно, но отменно от других». Оксфордский университет произвел на Петра самое благоприятное впечатление: «вернулись домой, – замечает «Юрнал», – зело довольны тем путешествием» [7] . Может быть, в связи с этим посещением и как следствие этого впечатления поручено было находившемуся в Англии при Петре упомянутому выше русскому доктору П. В. Посникову «осмотреть» английские академии и, надо полагать, представить отчет об этом осмотре для устройства чего-нибудь подобного в России. На расходы по этому поручению ему дана была большая сумма – 30 фунтов стерлингов [8] .