В годы сотрудничества с боголюбцами (1645—1652) Ртищев немало сделал для русского просвещения. Он помог переезду ученых монахов из Киева в Москву, устроил многих из них или у себя на дому или в своем подмосковном имении, построил для них монастырь и организовал школу. Благодаря его стараниям Неронов в 1647 году был переведен из Нижнего Новгорода в Москву, был введен в близкий царю кружок, в котором, кроме него, важную роль играл и Стефан Вонифатъев, и был назначен настоятелем храма Казанской Божьей Матери[10]. В это время само окружение царя превращается в нечто похожее на главный штаб движения боголюбцев.
Протопоп Стефан Вонифатьев, духовник царя и настоятель Благовещенского собора в Москве, наименее известен из этого окружения молодого царя. Известно только, что в 1645 году он был уже духовником Алексея и имел на него большое влияние. Откуда он был родом, что он делал до 1645 года, как он стал царским духовником, почему он позже оказался так близок к Неронову, остается совершенно неясным. В роли царского духовника он был до самой своей смерти, последовавшей в 1654 году, и с 1654 до 1652 года, когда Никон стал патриархом, Вонифатьев играл руководящую роль в церковной политике правительства. Его деятельность в эти годы показывает, что он был активным сторонником боголюбцев и другом Неронова, нередко проводя политику последнего. Для него, как и для Неронова, Морозова и Ртищева, особенно характерной чертой была христианская социальность. Отец Стефан постоянно навещал своего воспитанника, глаголя от книг [божественных] словеса полезные, увещевая со слезами юного царя ко всякому доброму делу и врачуя царскую душу от всяких злых начинаний[11].
Для его настроений очень характерна одна статья, видимо, его же сочинения, находящаяся в принадлежавшем ему сборнике. В этой статье Вонифатьев пишет об обязанности царя быть справедливым к своим подданным, требует облегчения тяжелого положения бедных классов населения и устранения злоупотреблений властей. Этот ранний русский народник полагал, что крестьянство является главным производительным классом страны и, цитируя Ермолая–Еразма, русского публициста XVI века, писал: в начале всего потребни суть ратаеве [крестьянене], от их трудов есть хлеб, от хлеба же есть всех благ главизна[12].
Он не только словом, но и делом проявлял свою христианскую заботу о ближних и на свои средства построил приют для бедных и бездомных, основал дом–больницу для больных и широко раздавал милостыню[13]. Он обращал сугубое внимание на русское судопроизводство, в котором, к сожалению, часто главную роль играла не справедливость, а богатство сторон, вовлеченных в судебный процесс. Поэтому отец Стефан часто обращался к боярам, заступаясь за неимущих и обиженных, “увещевая со слезами да имут суд праведный без мзды”. Строгая, почти что пуританская мораль и социальность были наряду с возрождением церкви основными побуждениями в деятельности царского духовника. Он особенно заботился о нравственном здоровье своего духовного сына, молодого царя, стараясь охранить его от всякого соблазна. Когда молодой царь Алексей женился, то свадьба по настоянию Вонифатьева прошла без обычных шумных торжеств и забав, игр и “песен студных”, старинных полуязыческих обрядов. Вместо традиционных народных свадебных песен, в которых сказывались вовсе не церковные обычаи и мировоззрения, певчие пели церковные песнопения[14], а после свадьбы молодые сразу же поехали на богомолье в монастырь. Вместо языческой радости настроения христианской ответственности в браке, освященном таинством церкви, отражали новые веяния при дворе.