Практически без перерыва Борис Годунов обрушился на главу Боярской Думы Ивана Мстиславского. Противники Бориса разрабатывали планы развода царя Федора с Ириной Годуновой и заключения нового брака с дочерью Мстиславского. Однако, беременность царицы превратила эту интригу в государственную измену (одно дело — планы развода с бесплодной царицей и совсем другое — с беременной). Годунов, Щелкалов и Романов добились отставки Мстиславского без суда, после того как раскрылись его интриги против царицы Ирины. Главный опекун (старший из всех как по возрасту, так и по службе) приходился Федору дальним родственником (как и большая часть князей), и проблему рушили чисто семейными методами. Первый боярин Думы был вынужден сложить регентские полномочия и удалился в монастырь в Казанских землях. Согласие боярина на изгнание и постриг избавило от опалы членов его семьи. Старший сын боярин Федор Мстиславский сменил его на посту первого боярина Думы. С осени 1585 года он неизменно занимал место главного воеводы в армии и старшего из бояр на официальных церемониях. Но полномочий опекуна у него не было…
Победам Бориса способствовало соперничество среди московской знати. Суздальские князья давно пытались оспорить первенство князей литовского происхождения, возвысившихся при Грозном. Иван Петрович Шуйский от пострижения Мстиславского выигрывал, поскольку должен был сменить его на посту главы регентского совета.
Учитывая же ссылку Бельского и болезнь Никиты Романова, он оставался единственным опекуном царя.
Весной 1586 года произошли два события, снова поставившие Бориса на грань краха.
Ожидания, вызванные беременностью царицы Ирины не оправдались. Роды закончились неудачей. В апреле скончался Никита Романов и шурин царя потерял сильнейшего союзника в Москве. С этого момента он мог рассчитывать только на Щелкалова, поскольку ни Игорь Сестрорецкий, ни Семен Муромский влиянием именно в столице царства не обладали. Судьба Годуновых, казалось, висела на волоске. Лагерь его сторонников таял на глазах. Даже верные "клевреты" язычников, связанные с ними финансовыми интересами — Воротынский, Репнины, Воронцовы, Морозовы с родственниками и прочие отказывали ему в поддержке. Шуйские инспирировали новое выступление против Годунова.
Оппозиция решила принудить Федора Ивановича к разводу и тем нанести последний удар влиянию Бориса. Митрополит, большие бояре и столичное купечество были намерены отправить царицу в монастырь (как неспособную к деторождению). Шуйские созвали "совет", который взял на себя миссию выразить мнение "всего народа".
Этот совет выработал письменный документ — прошение о разводе, который и был официально подан царю во дворце. Участники совета (также называвшегося Собором) чувствовали себя достаточными сильными, чтобы действовать в открытую. Во-первых их ходатайство преследовало верноподданнические цели: они стремились не допустить пресечения законной династии и следовали воле Грозного (который также желал развода Федора и Ирины). Во-вторых они имели юридический прецедент: бесплодие Соломонии Сабуровой стало основанием её развода с Василием Третьим и пострижением в монахини. Выступление возглавляли последний законный душеприказчик Грозного князь Иван Петрович Шуйский и глава московской православной церкви митрополит Дионисий.
Но, хотя оппозиция действовала обдуманно и юридически безупречно, она допустила роковой промах недооценив Федора Ивановича. Царь крепко держался за свою семью.
Даже несравненно более авторитетному Ивану Грозному не удалось заставить сына развестись. У участников Собора шансов не было тем более.
Упрямство Федора, его отказ развестись с Ириной Годуновой поставили Думу в трудное положение. Рано или поздно они неизбежно должны были вспомнить о младшем брате царя. Боясь государственного переворота Борис прибег к силовому варианту решения этой проблемы. В сентябре 1586 года царица несколько раз встречалась с головами, сотниками и пятидесятниками московских стрельцов и призывала их поддержать своего брата. В том-же сентябре в Москву из Сестрорецка поступило более пятидесяти тысяч рублей, которые Годуновы использовали для убеждения дворян, стрельцов и приказчиков в своей силе. Предположительно огромные средства были также потрачены на подкуп священников. Эти шаги оставались в рамках традиционных взаимоотношений Московского царства и Сестрорецкого княжества (князья — язычники подкуп использовали достаточно часто, особенно во время правления Паука и Сказочника). Но в первой половине октября Игорь Кровавый обычаи нарушил.