Со второго по тринадцатое октября в столицу царства прибыло более тысячи человек из Рязани, Тулы, Белева и Мещеры. Все — с оружием и в доспехах. Они, конечно, не пригодились (Борис справился своими силами, за счет непревзойденного таланта интриги), но однозначно показали позицию Сестрорецкого князя и вернули Годунову поддержку знати, откачнувшейся весной. 13 октября 1586 года митрополит Дионисий был лишен сана, пострижен в монахи и, вместе со своим ближайшим соратником митрополитом крутицким Варлаамом (еще одним активном участнике Собора), сослан в монастырь в Юрьеве. В Сестрорецкое княжество. Дальнейшая их судьба неизвестна. Вслед за ними Годуновы обрушили свой удар на Боярскую Думу. Иван Петрович, Андрей и Василий Шуйские были отправлены в ссылку. С ними обошлись достаточно мягко (Борис не любил прибегать к жестким мерам) выбрав местами ссылки города неподалеку от Москвы. Младшие представители семейства — Дмитрий, Александр и Иван были высланы в свои имения. Оппозиция была обезглавлена. В декабре обезглавили нескольких купцов, известных тесными связями с Шуйскими.
Эти аресты стали концом правления регентского совета. Борис Годунов одержал победу и мог управлять Московским царством не обращая внимания на своих противников. Но к своим союзникам — Сестрорецкому, Муромскому и Щелкалову он вынужден был прислушиваться.
Ситуация на границах оставалась достаточно тяжелой. Сестрорецкая армия реформировалась и не могла оказать значимой помощи против внешних врагов.
Наиболее опасным из них оставался Стефан Баторий, который с 1583 года готовил новую войну с Россией. Ему потребовалось три года, чтобы найти источники финансирования для своей будущей армии (польская шляхта, контролировавшая Сейм, воевать не желала и блокировала попытки короля ввести новые налоги). Только в 1586 году Папа Римский Сикст Пятый прислал первый взнос в 25 тысяч дукатов. Для войны же, по расчетам Батория, требовалось 7 миллионов 200 тысяч дукатов (в том числе треть этой суммы — до начала боевых действий). Папа, испанский король и некоторые германские правители эти средства ему обещали. Но получить их польский король не успел. В конце 1586 года он скоропостижно скончался.
Эту смерть (точнее — выборы нового короля) поляки использовали для налаживания отношений со Швецией. Король Юхан Третий был крайне недоволен результатами Ливонской войны, в которой его флот обеспечивал польское наступление и связывал мощные эскадры язычников. В результате же шведы территориальных приобретений не получили. Вину в этом возлагали в частности на Стефана Батория, заключившего мир (фактически сепаратный) и не оказавшего поддержки союзнику. Отношения между двумя странами охладели. Чтобы восстановить союз поляки выбрали новым королем старшего сына Юхана — наследника трона королевича Сигизмунда. Коалиция двух сильнейших противников Русского государства возродилась благодаря личной унии.
Однако, смерть Батория и выборы его преемника затянулись на несколько лет.
На южном направлении крымские татары попытались возобновить свои набеги. В 1587 году состоялся крупный набег, который остановили на новой засечной линии (с её строительством летние набеги стали менее опасными). После этого Годунов изыскал повод вмешаться в крымские дела и принял на Москве царевича Мурат-Гирея (имевшего права на Крымское ханство). В Астрахани была спешно выстроена каменная крепость, одна из лучших на тот момент в Восточной Европе. Начались работы по строительству новой оборонительной линии.
Сказочник спланировал Белгородскую засечную черту исходя из старых реалий, и потому он шла с юго-запада на северо-восток. Это имело смысл пока существовали Казанское и Астраханское ханства, а также Ногайская Орда. Но после их присоединения к русских государствам северный участок черты терял свое значение.
Ставшее русским Поволжье угрозы более не представляло и, наоборот, нуждалось в защите.
В 1587 году по приказу Бориса Годунова начались работы по возведению новой Царицынской оборонительной линии. Московское царство, Сестрорецкое и Муромское княжества финансировали их совместно. Засечная черта начиналась от старых крепостей Коротояка и Урыва и шла по левому берегу Дона до большой его излучины, где построили сильную крепость Белая Вежа (названную "по старой памяти" в честь города основанного Святославом Киевским). От неё до языческого Царицына на Волге была возведена полоса укреплений между реками. Дальше оборонительная линия шла по Волге, поддерживаясь не столько укреплениями, сколько сильными речными патрулями. Московские ладьи и струги крайне плотно контролировали Волгу.