Конечной точкой Царицынской засечной черты стала Астрахань, в которой к 1589 году закончили строительство каменной крепости, на несколько лет ставшая сильнейшей московской цитаделью (не учитывая саму Москву, естественно). Уже традиционно перед этой линией были построены несколько укрепленных городов. В 1588 году — в устье Терека, в 1589 — в устье Сунжи.
Масштабность этих работ была связана не только и не столько с военной необходимостью, сколько с неурожаем 1587 года и связанным с ним голодом 1587–1589 годов. Власти как Москвы, так и Сестрорецка начали работы по строительству, чтобы предоставить заработок обнищавшим людям. Плюс голод ударил по центральным и северным районам страны и население устремилось на юг.
Как только удалось преодолеть последствия неурожая начались внешнеполитические осложнения. Шведский и польский короли рассчитывали воспользоваться ослаблением русских государств из-за голода и связанных с ним финансовых потерь. Для этого летом 1589 года в Риге была собрана более чем десятитысячная польско-шведская армия, готовая вторгнуться на Русь. Войну удалось предотвратить только благодаря блестящему (и возможно подлому) ходу Бориса Годунова, организовавшего нападение Крымских татар на Польшу. Но царевич Мурат-Гирей был выслан сначала в Сестрорецкое княжество, а потом вообще вывезен в Амазонию. Претензий на крымский трон он больше не имел. В Карибском море он неожиданно стал достаточно известным пиратом и испанцы назначали награду за его голову. Его судьба (от наследного принца до корсара) заслуживает отдельного рассказа. Без помощи польских войск, спешно ушедших на юг, шведы ограничились серией набегов на Псков и Эстонию.
Несмотря на то, что в 1589 году голод кончился и внешние угрозы удалось преодолеть (как минимум — отсрочить на год-другой) положение в Москве оставалось тревожным. Правительство, опасаясь уличных беспорядков и бунта, отдало распоряжение о размещении в столице крупных воинских отрядов из стрельцов и дворян. В этой ситуации Годунов и Щелкалов предприняли серию шагов по стабилизации обстановки. Действия предпринимались по двум направлениям.
Во-первых Годунов постарался подкупить дворянство. Для этого он освободил от налогов часть их владений — усадебную запашку самих помещиков. Мелкопоместное дворянство восприняло эту льготу как крайне значительную Необлагаемая барская пашня гарантировала им пропитание и спасала от нищенской сумы. Но казна освобождала от податей тем большие участки пашни, чем большим поместьем владел дворянин (точнее — чем больше воинов он должен был выставлять). Таким образом реформа податной системы принесла среднему дворянству еще большие выгоды, чем мелкому. Помимо этого Борис Годунов "распустил" бывший опричный корпус ("Двор").
Но опытнейший политик при этом "роспуске" резко усилил своих сторонников. Власти стали наделять бывших опричников поместьями в разных частях царства (от 50 до 200 четвертей земли). При этом подмосковными деревнями дворяне стали наделяться независимо от их принадлежности к земщине или "двору". Фактически состоялось слияние двух служебных списков. Реформа привела к тому, что верхи особого "двора" Грозного ("удела", опричнины) были возвращены на земскую службу в Москве, тогда как "худородные" дворяне и дети боярские растворились в провинциальном дворянстве. Их участь разделили многие стольники, стряпчие и даже бояре, получившие чин на опричной или "дворовой" службе. В результате преданные Годунову братья князья Хворостинины, князья Трубецкие, князья Гагины, князья Туренины, дворяне Татищевы и прочие обогатились и усилились, а "ненадежные" бывшие опричники, близкие к Бельскому или Нагову такие как хранитель государственной печати Роман Алферьев оказались задвинуты на вторые — третьи роли. И, наконец, действие "заповедных лет" введенных Грозным в 1581 году для некоторых уездов государства было распространено на большую часть страны. Главы семей (домовладельцы), отвечавшие за уплату налогов в казну и работы на помещика, не могли более покинуть своего землевладельца.