Второе письмо (забытое "Общественный договор") отрицало право гражданского совета судить в вопросах религии. При осуждении Эмиля был нарушен основной принцип протестантской Реформации - право человека самостоятельно толковать Священное Писание.45 "Если вы сегодня докажете мне, что в вопросах веры я обязан подчиняться чужим решениям, завтра я стану католиком".46 Руссо признал, что реформаторы, в свою очередь, стали гонителями индивидуального толкования,47 но это не отменяло принципа, без которого протестантское восстание против папской власти было бы несправедливым. Он обвинил кальвинистское духовенство ("кроме моего пастора") в том, что оно переняло нетерпимый дух католицизма; если бы они были верны духу Реформации, они бы защищали его право публиковать собственное толкование Библии. Теперь он мог сказать доброе слово о взглядах д'Алембера на женевское духовенство:
Философ бросает на них быстрый взгляд; он проникает в них, видит, что они ариане, социниане; он говорит об этом и думает оказать им честь; но он не видит, что ставит под угрозу их мирские интересы - единственный вопрос, который обычно определяет здесь, внизу, веру людей.48
В третьем письме он отвечает на обвинения в том, что отвергал чудеса. Если мы определяем чудо как нарушение законов природы, то никогда не сможем узнать, является ли что-либо чудом, поскольку мы не знаем всех законов природы.49 Но и тогда каждый день происходило новое "чудо", достигнутое наукой не в нарушение, а благодаря более глубокому познанию законов природы. "В древности пророки заставляли огонь сходить с неба по их слову; сегодня дети делают то же самое с маленьким кусочком [горящего] стекла". Иисус Навин заставил солнце остановиться; любой составитель альманаха может пообещать тот же результат, рассчитав солнечное затмение.50 И как европейцы, совершающие подобные чудеса среди варваров, считаются у них богами, так и "чудеса" прошлого - даже чудеса Иисуса - могли быть естественными результатами, неправильно истолкованными населением как божественные нарушения естественного закона.51 Возможно, Лазарь, которого Христос воскресил из мертвых, на самом деле не был мертв. Кроме того, как могут "чудеса" учителя доказать истинность его учения, когда учителя доктрин, которые обычно считаются ложными, совершали "чудеса", о которых сообщалось как о столь же реальных, как, например, когда маги Египта соперничали с Аароном в превращении жезлов в змей?52 Христос предостерегал от "лжехристов", которые "покажут великие знамения и чудеса".53
Руссо начал свои письма с целью помочь представителям среднего класса; он не призывал к дальнейшему расширению избирательного права в демократическом направлении. Более того, в Письме vi он вновь заявляет о своей приверженности выборной "аристократии" как наилучшей форме правления и заверяет женевских правителей, что идеал, который он набросал в "Общественном договоре", по сути, совпадает с женевской конституцией.54 Но в Письме VII он сообщил своим друзьям из протестующей буржуазии, что эта конституция признает суверенитет граждан, имеющих право голоса, только во время выборов в Генеральный совет и его ежегодную ассамблею; в остальное время года граждане бессильны.55 Все это время маленький Совет двадцати пяти был "верховным арбитром законов, а значит, и судеб всех людей". В сущности, горожане и буржуа, выступавшие в качестве суверенов в Генеральном совете, после его закрытия становились "рабами деспотической власти, отданными беззащитными на милость двадцати пяти деспотов".56 Это был почти призыв к революции. Однако Руссо не одобрял такого последнего средства. В своем последнем письме он восхваляет буржуазию как самый здравомыслящий и миролюбивый класс в государстве, оказавшийся между богатым и деспотичным патрициатом и "грубым и глупым населением";57 но он советовал репрессантам сохранять терпение и уповать на правосудие и время, чтобы исправить свои ошибки.
Книга "Письма о мире" оскорбила врагов Руссо и вызвала недовольство его друзей. Женевское духовенство было встревожено его ересями, а еще больше - его утверждением, что они их разделяют. Теперь он яростно выступал против кальвинистских священников, называл их "canaille, мошенниками, глупыми придворными, бешеными волками" и отдавал предпочтение простым католическим священникам из французских деревень и городов.58 Репрессанты не использовали "Письма" в своей успешной кампании за расширение политической власти; они считали Руссо опасным и неисчислимым союзником. Он решил больше не принимать участия в женевской политике.