Иоанн V не доверял ему, считая, что у него "волосатое сердце".8 как "выходцу из жестокой и мстительной семьи".9 и как способного бросить вызов королю. Тем не менее в 1749 году Помбала вызвали на родину и при поддержке иезуитов возвели в ранг министра. Жозеф I подтвердил это назначение. Интеллект в сочетании с проницательностью вскоре обеспечили Помбалу господствующее положение в новом кабинете. "Карвальо, - сообщал французский поверенный в делах, - можно считать главным министром. Он неутомим, активен и оперативен. Он завоевал доверие короля, своего господина, и во всех политических вопросах никто не обладает им в большей степени, чем он".10
Его превосходство стало очевидным во время сильного землетрясения 1 ноября 1755 года. В 9:40 утра в День всех святых, когда большинство населения совершало богослужения в церквях, четыре толчка земли превратили половину Лиссабона в руины, убив более пятнадцати тысяч человек, разрушив большинство церквей и пощадив большинство публичных домов,11 и дом Помбала. Многие жители в ужасе бежали к берегам Тежу, но приливная волна высотой в пятнадцать футов утопила еще тысячи людей и разбила суда, стоявшие в реке. Пожары, вспыхнувшие во всех кварталах города, унесли еще больше жизней. В образовавшемся хаосе отбросы населения стали безнаказанно грабить и убивать. Король, который сам едва избежал смерти, спросил своих министров, что делать. Помбал, как сообщается, ответил: "Хоронить мертвых и облегчать жизнь живым". Жозеф предоставил ему всю полноту власти, и Помбал воспользовался ею с характерной энергией и оперативностью. Он расставил войска для поддержания порядка, разбил палатки и лагеря для бездомных и постановил немедленно вешать всех, кто был уличен в ограблении мертвых. Он установил цены на провизию на уровне, существовавшем до землетрясения, и заставил все прибывающие корабли разгружать грузы с продовольствием и продавать их по этим ценам. Благодаря притоку бразильского золота он быстро отстроил Лиссабон с широкими бульварами, вымощенными и хорошо освещенными улицами. Центральная часть города в том виде, в каком она существует сегодня, - дело рук архитекторов и инженеров, работавших под началом Помбала.12
Успех в этой деморализующей катастрофе подтвердил его власть в министерстве. Теперь он взялся за решение двух масштабных задач: освободить правительство от господства церкви и освободить экономику от господства Британии. Эти задачи требовали стального человека, патриотизма, безжалостности и гордости.
Если его антиклерикализм особенно поражал иезуитов, то прежде всего потому, что он подозревал их в разжигании сопротивления португальскому захвату той парагвайской территории, где иезуиты с 1605 года организовали более 100 000 индейцев в тридцать один редукцион, или поселение, на полукоммунистической основе в формальном подчинении Испании.13 Испанские и португальские исследователи слышали о (вполне легендарном) золоте в парагвайских землях, а купцы жаловались, что отцы-иезуиты монополизируют экспортную торговлю Парагвая и пополняют фонды своего ордена. В 1750 году Помбал заключил договор, по которому Португалия передавала Испании богатую колонию Сан-Сакраменто (в устье Рио-де-ла-Платы) в обмен на семь иезуитских "редукций", прилегающих к бразильской границе . Договор предусматривал, что тридцать тысяч индейцев, населявших эти общины, должны эмигрировать в другие регионы, а земли отдать прибывшим португальцам. Фердинанд VI Испанский приказал парагвайским иезуитам покинуть поселения и проинструктировать своих подданных, чтобы они ушли с миром. Иезуиты утверждали, что повиновались этим приказам, но индейцы сопротивлялись со страстным и яростным упорством, на преодоление которого португальской армии потребовалось три года. Помбал обвинил Общество Иисуса в тайном поощрении этого сопротивления. Он решил положить конец участию иезуитов в португальской промышленности, торговле и управлении страной. Поняв его намерения, иезуиты Португалии объединили усилия, чтобы свергнуть его.