Летом 1759 года Помбал добивался от Климента XIII разрешения предать арестованных иезуитов суду Трибунала государственной измены; кроме того, он предлагал, чтобы впредь все церковники, обвиняемые в преступлениях против государства, представали перед светскими, а не церковными судами. В личном письме Иосифа к Папе сообщалось о решении короля изгнать иезуитов из Португалии и выражалась надежда, что Папа одобрит эту меру как оправданную их действиями и необходимую для защиты монархии. Климент был потрясен этими посланиями, но опасался, что если он прямо выступит против них, Помбал побудит короля разорвать все отношения между португальской церковью и папством. Он помнил о действиях Генриха VIII в Англии и знал, что во Франции тоже развивается враждебность к Обществу Иисуса. 11 августа он послал свое разрешение на предание иезуитов светскому трибуналу, но четко ограничил свое согласие настоящим делом. К королю он обратился с личным призывом о милосердии к обвиняемым священникам; он напомнил Жозефу о прошлых достижениях ордена и выразил уверенность, что все португальские иезуиты не будут наказаны за ошибки немногих.
Папская апелляция провалилась. 3 сентября 1759 года - в годовщину покушения - король издал указ, в котором приводился длинный список предполагаемых преступлений иезуитов и предписывалось
Эти религиозные, развращенные и прискорбно отпавшие от своего святого института [правила], и явно неспособные, в силу столь отвратительных и закоренелых пороков, вернуться к его соблюдению, должны быть должным образом и эффективно изгнаны, ... проскрибированы и изгнаны из всех владений его величества, как отъявленные мятежники, предатели, противники и агрессоры его королевской персоны и королевства; ...и приказано, под невосполнимой угрозой смерти, чтобы ни один человек, какого бы состояния или положения он ни был, не допускал их ни в одно из своих владений и не вступал с ними ни в какие словесные или письменные сношения.22
Те иезуиты, которые еще не совершили торжественного исповедания и должны были подать прошение об освобождении от предварительных обетов, были освобождены от действия декрета . Все имущество иезуитов было конфисковано государством; изгнанникам запрещалось брать с собой что-либо, кроме личной одежды.23 Из всех районов Португалии их везли в каретах или пешком на корабли, которые увозили их в Италию. Аналогичные депортации проводились из Бразилии и других португальских владений. Первый корабль с эмигрантами прибыл в Чивитавеккью 24 октября, и даже представитель Помбала был тронут жалостью к их состоянию. Кто-то был слаб от старости, кто-то был близок к голодной смерти, кто-то умер в пути. Лоренцо Риччи, генерал Общества, организовал прием выживших в домах иезуитов в Италии, а доминиканские монахи приняли участие в оказании гостеприимства. 17 июня 1760 года португальское правительство приостановило дипломатические отношения с Ватиканом.
Победа Помбала казалась полной, но он знал, что непопулярен в народе. Чувствуя себя неуверенно, он расширил свою власть до полной диктатуры и начал правление абсолютизма и террора, которое продолжалось до 1777 года. Его шпионы докладывали ему о каждом обнаруженном проявлении оппозиции его политике или его методам; вскоре тюрьмы Лиссабона были переполнены политическими заключенными. Многие дворяне и священники были арестованы по обвинению в новых заговорах против короля или в причастности к старому заговору. Форт Жункейра, расположенный на полпути между Лиссабоном и Беленом, стал специальной тюрьмой для аристократов, многие из которых содержались там до самой смерти. В других тюрьмах содержались - в некоторых по девятнадцать лет - иезуиты, привезенные из колоний и обвиненные в сопротивлении правительству.