Большой интерес, особенно для ихтиологов, представляли костные остатки рыб, найденные в слоях XI–XVII вв. на территории Зарядья и в слоях XII–XIV вв. на участке двора Теремов. Хорошая сохранность позволила определить не только видовой состав, но и размеры добывавшихся в то время рыб. Оказалось, что костные остатки принадлежали разнообразным видам — белуге, стерляди, русскому осетру, севрюге, щуке, лещу, голавлю, сому и судаку. Детальный анализ этих остатков позволил установить, что белуга была представлена особями длиной от 200 до 300 см, стерлядь — 55–75 см, русский осетр — 130–180 см, севрюга — 130–170 см, щука — 80–95 см, лещ — 42–47 см, голавль — 33–36 см, сом — 93-210 см, судак — 50–84 см.
Установить по найденным при раскопках костным остаткам, в каком водоеме были пойманы те или иные виды рыб, не представляется возможным. Однако не вызывает сомнения, что щуку, сома, судака, голавля и леща промышляли в Москве-реке и других водоемах в пределах столицы и ее окрестностей, поскольку эти виды рыб даже в прошлом столетии встречались здесь в достаточном количестве. Вряд ли можно утверждать, что и всех остальных рыб — русского осетра, севрюгу, белугу и стерлядь — в древнюю столицу привозили откуда-то издалека. Данные исследований материалов из раскопок археологов наряду со сведениями, содержащимися в разнообразных письменных источниках, показывают, что эти ценнейшие промысловые рыбы в прошлом были весьма широко распространены в реках центральной части России (Цепкин, Соколов, 1970, 1971). Белуга, например, встречалась в Верхней Волге близ устья р. Шоши, у городов Ярославль и Череповец; была она и в Оке, поднимаясь по ней до Калуги. Крупный проходной осетр в Верхней Волге встречался до Ржева, был в Шексне, по Оке доходил до Калуги, ловили его даже в Москве-реке и Клязьме. Причем в Клязьме наряду с крупным осетром, заходящим сюда из Волги, обитал местный, постоянно живший в пресной воде небольшой по размерам (около 70–80 см), ныне исчезнувший так называемый «жилой» осетр. Севрюгу, так же как и осетра, промышляли в Верхней Волге и многих ее притоках, в том числе и в Оке. Особенно же многочисленной и наиболее широко распространенной среди осетровых рыб была стерлядь, встречавшаяся почти во всех более или менее крупных реках, относящихся к бассейну Верхней Волги.
Многие реки Центральной России, в том числе и Москва-река, еще 2–3 столетия тому назад славились рыбными богатствами. В описании путешествия антиохийского патриарха Макария в Россию в середине XVII в., составленном его сыном архидиаконом Павлом Алеппским, приводятся, например, следующие сведения о реке, протекающей через столицу: «Река Москва течет с запада к востоку и изобилует разных пород рыбой: одна порода бывает всегда с брюхом, полным вкусными мешочками красной икры и ловля ее не прекращается ни летом, ни зимой». Возможно, как полагал профессор МГУ В. Д. Лебедев, здесь речь идет о каспийском проходном лососе, который, как известно, еще 2–3 столетия тому назад поднимался из Волги в Оку и заходил в ее притоки. В самой Москве-реке даже в черте города попадались и другие ценнейшие промысловые рыбы. Так, К. Ф. Рулье писал, что «около 1740 г. заходили из Оки в Москву-реку к Каменному мосту даже осетры, о которых нынче никто ни помнит».
Ока, в которую впадают Москва-река и Клязьма, тоже изобиловала рыбой. Наряду с самыми обычными для того времени видами (щука, сом, судак, лещ и другие) в ней встречались осетровые — белуга, русский осетр, севрюга и особенно многочисленная стерлядь. Водилась здесь и другая не менее ценная промысловая рыба — белорыбица. «Эта река, — писал об Оке немецкий дипломат XVI в. С. Герберштейн, — особенно знаменита обилием рыбы; ее рыба предпочитается другим рекам Московии, и главным образом та, которая ловится около Мурома. Кроме того, она имеет некоторых особенных рыб, которые на их языке носят следующие названия: белуга — удивительной величины без плавников с огромной пастью, стерлядь, севрюга, осетр — последние три принадлежат к породе Стурионов (осетров) и белорыбица, т. е. белая рыбка самого отменного вкуса».
В бассейне Оки белорыбица прежде ловилась во многих местах и была довольно многочисленной. В 1686–1687 гг., например, из расположенных на Оке сёл Белый Омут, Дединово, Ловец, Любочь, городов Кашира и Алексии было привезено в садки московского Кормового дворца только живых белорыбиц более 400 экз. Эту рыбу, обладающую великолепными гастрономическими качествами, в конце XVIII в. промышляли не только в самой Оке, но и в ее притоках — Клязьме, Жиздре, Мокше, Москве-реке; причем особенно изобиловала белорыбицей Клязьма. Интересно, что в устье Москвы-реки, близ г. Коломны, белорыбица еще попадалась единичными особями в 40-е годы нашего столетия (Лебедев, 1960). Из других наиболее ценных промысловых рыб в Оке и ее некоторых притоках встречался проходной каспийский лосось. В конце XVII столетия из муромских деревень на Оке этого лосося доставляли в московский Кормовой дворец.