«Речной» облик ихтиофауны Подмосковья сохранялся вплоть до конца 30-х годов нашего столетия. Следует сказать, что продуктивность речных угодий была достаточно высока — с них снимался «урожай» до 20–30 кг рыбы с 1 га. Для сравнения укажем, что рыбопродуктивность большинства водохранилищ нашей средней полосы значительно ниже — 10–15 кг/га.
Зарегулирование стока многих рек Подмосковья внесло значительные измерения в жизнь их обитателей. На перекрываемом плотиной участке реки почти исчезает течение, резко возрастают глубины, заиливается дно, меняется кислородный, температурный и химический режим, происходит смена водной растительности.
Из водохранилищ Подмосковья наиболее изученными в гидрологическом, гидрохимическом и гидробиологическом отношениях являются из сравнительно старых водохранилищ Учинское, из новых — Можайское. Огромная заслуга в детальном исследовании этих водохранилищ принадлежит ученым географического и биологического факультетов МГУ, а также Учинской лаборатории Мосводопровода. Эти водохранилища относятся к разным системам: Учинское — к системе Канала им. Москвы, Можайское — к Москворецкой системе, однако общие закономерности изменения ихтиофауны в них, как и во многих других равнинных водохранилищах европейской части СССР, — сходны.
Любое водохранилище средней полосы России в своем формировании проходит несколько этапов (или фаз). В течение первых двух-трех лет с начала его заполнения из состава бывшей речной ихтиофауны исчезают многие реофильные рыбы, определявшие ее облик, — подуст, голавль, пескарь, елец, гольян и др. Под водой оказываются значительные площади, покрытые наземной растительностью, кустарниками, образуются большие мелководья, что создает чрезвычайно благоприятные условия для размножения местных рыб лимнофильного комплекса — леща, густеры, плотвы, окуня, щуки. Первоначально небольшие популяции этих рыб в результате эффективного нереста дают сильную вспышку численности. Значительно улучшаются условия откорма многих видов. В первый год, когда под водой оказываются пойменные луга, существенным источником питания рыб являются наземные беспозвоночные, в первую очередь земляные черви. Дно формирующегося водохранилища интенсивно заселяется личинками комаров, которые служат пищей многочисленным поколениям рыб — потребителей донной фауны, таких, как лещ, густера, ерш. В условиях слабопроточного водоема вспышку численности дает зоопланктон, что значительно улучшает условия питания рыб, обитающих в толще воды, в первую очередь уклейки, а также молоди других видов. Резко ускоряется темп роста и полового созревания, увеличивается абсолютная плодовитость, что приводит к изменению всего жизненного цикла рыбы. У речных популяций плотвы и окуня, оказавшихся в водохранилище, наблюдается сокращение продолжительности жизни и массовая гибель особей после первого же нереста. У густеры отмечается переход от порционного к единовременному нересту. Появление особо урожайных поколений щуки, окуня, плотвы, уклеи в первые годы залития приводит к переуплотнению популяций этих рыб, что является причиной массовых заболеваний и эпизоотий (щучья «чума» на Озернинском водохранилище, лигулез плотвы и уклеи, триэнофороз окуня на Можайском водохранилище). Пожалуй, единственный из реофильных видов, кто хорошо приспосабливается к водохранилищным условиям, — это жерех. В Можайском водохранилище он ведет своеобразный «проходной» образ жизни: использует для нагула всю его акваторию, питается многочисленной там уклейкой, а для размножения уходит в верхние проточные участки Москвы-реки за пределы зоны подпора. В этом водоеме он хорошо растет, достигает очень крупных размеров (5–6 кг) и имеет довольно высокую численность. Многие мелкие реофилы (пескарь, гольян, елец, подкаменщик) в зоне водохранилища сохраняются лишь во впадающих в него ручьях и речках.
Таким образом, первая фаза формирования водохранилища характеризуется сложными и разноплановыми изменениями в составе бывшей речной ихтиофауны, в результате которых происходит своего рода «разбалансировка» речных сообществ и образуются новые, водохранилищные.
Вторая фаза формирования водохранилища более продолжительна и в зависимости от размеров и особенностей водоема длится от 10 до 20 лет и более. В этот период численность отдельных видов рыб приходит постепенно в соответствие с кормовой базой, между разными видами происходит «притирка», идущая по линии пищевых взаимоотношений (конкуренция за пищу, отношения «хищник — жертва» и т. д.). Популяции разных видов занимают в водоеме различные биотопы и пищевые ниши; расходятся по местам обитания отдельные размерные и возрастные группы одного вида. Неустойчивый уроненный режим водохранилища отрицательно сказывается на воспроизводстве щуки, размножающейся ранней весной на мелководьях, и ее численность после вспышки в первые годы залития постепенно снижается. Щука к тому же интенсивно вылавливается рыболовами-любителями. Формируются запасы наиболее массовых рыб водохранилища — плотвы, леща, густеры, уклеи, а из хищников — судака. В прибрежной зоне развивается пояс водной растительности, которая служит местом нереста многих фитофильных рыб, пищей для некоторых видов (красноперка, частично плотва, линь, язь), а также местом укрытия и откорма молоди большинства видов. Однако степень развития водной растительности в подмосковных водохранилищах неодинакова. Это определяется прежде всего изрезанностью берегов и наличием заливов. Например, в Можайском водохранилище, где растительности мало, многие фитофилы (лещ, плотва, густера) испытывают недостаток в нерестовом субстрате, и в период размножения этих видов здесь приходится выставлять искусственные нерестилища из еловых веток. На этой фазе начинается постепенное заиливание водохранилища, причем скорость данного процесса зависит от ряда факторов: морфологии водоема, скорости течения, водообмена и др. В результате увеличивается кормовая база донных рыб — потребителей бентоса (в первую очередь леща, густеры и ерша). Численность этих видов возрастает в несколько раз по сравнению с исходной.