Некоторые виды рыб тем не менее хорошо приспосабливаются к изменившимся условиям обитания. К ним следует отнести прежде всего илотву, леща и уклейку, численность которых в реке ниже плотины не снизилась. Эти виды размножаются на растительности в самом русле в весенне-летнее время, имеют достаточно широкий спектр питания и хорошо обеспечены кормом. Другие виды для размножения уходят из основного русла в мелкие притоки, где имеются галечниковые перекаты и благоприятный кислородный режим (елец, пескарь).
В реке ниже плотины на заиленных участках увеличиваются биомасса и численность беспозвоночных (личинки насекомых, мелкие моллюски), служащих пищей некоторым донным рыбам — лещу, густере, ершу. В прибрежных участках, в зарослях водной растительности в массовом количестве появляется зоопланктон, которым питается молодь всех видов. Из водохранилища через сливы плотины в реку нередко сбрасывается молодь и взрослые экземпляры некоторых рыб — щуки, плотвы, судака, окуня, пополняющие речную ихтиофауну. Правда, довольно значительная их часть при этом получает травмы и погибает. Очень часто в массовом количестве из водохранилищ уходит и крупный угорь. Такое явление неоднократно отмечалось в Можайском и Озернинском водохранилищах.
Естественно, формирование ихтиофауны в подмосковных водохранилищах проходило при активном участии человека. Эти водоемы пользуются большим успехом у рыболовов-любителей, для эксплуатации рыбных запасов они переданы в аренду рыболовным обществам, которые вместе с Мосрыбводом проводят значительную работу по обогащению их ихтиофауны. Так, например, в р. Истре до образования водохранилища лещ не встречался, и потому в 1940 г. в этот водоем было выпущено 500 экз. леща, которые дали начало многочисленной популяции. Лещ сейчас там занимает доминирующее положение, составляя до 75 % уловов рыбаков-любителей. Ежегодный вылов леща в Истринском водохранилище колеблется от 280 до 720 ц. Отсутствовал там раньше и судак, который был вселен после образования водохранилища и хорошо в нем прижился.
В Истринском водохранилище встречается линь, который не находит подходящих условий в простых, долинных водохранилищах (например, в Можайском). Для улучшения состояния стада леща на этом водохранилище проводят работу по повышению кормовой базы путем вселения кормовых организмов. Регулярно проводятся работы по зарыблению Истринского водохранилища молодью щуки и судака. Благодаря увеличению численности хищных видов рыб здесь снизилась численность уклейки, ерша, стало меньше плотвы. Сейчас Истринское водохранилище — типичный лещево-судачий водоем.
В Можайском водохранилище, наоборот, обитала небольшая по численности исходная популяция леща, жившая в одном из озер около дер. Мышкино. Эта популяция послужила, вероятно, исходной для образования многочисленной водохранилищной популяции. Не исключено, правда, что значительную роль в формировании численности леща в этом водоеме сыграли работы по его интродукции, проведенные в 60-70-х годах. Однако судака в Москве-реке в тех районах до залития не было, а в результате многочисленных выпусков молоди этот вид стал здесь самой обычной рыбой и одним из важнейших объектов любительского рыболовства. Успешно прижился в том же Можайском водохранилище (и в других водоемах Подмосковья) такой экзотический вид, как угорь, который очень часто становится добычей рыболовов.
Поскольку эффективность естественного размножения щуки в водохранилищах Подмосковья очень невысока и она в первую очередь вылавливается рыболовами, регулярно, на протяжении многих лет проводится выпуск этой рыбы в водоемы.
О масштабах работ, проводимых, например, на Можайском водохранилище, дают представление такие цифры: за 25 лет со времени его образования было выпущено около 500 тыс. экз. разновозрастного леща, карпа, щуки, около 300 тыс. экз. молоди щуки, почти 20 млн личинок судака, 3 млн личинок угря, 3 млн личинок карпа и около 1 млн личинок пеляди.
Однако далеко не все виды успешно приживаются в новых условиях. Например, карпа выпускали неоднократно почти во все водохранилища, но везде он очень редок, хотя попадаются и довольно крупные экземпляры (свыше 10 кг). Для этого вида, по-видимому, не очень благоприятными оказались температурные условия, особенно для развития икры и откорма молоди. Однако в озерных культурных хозяйствах под Москвой (например, на Бисеровом озере) карпа довольно много и он нередко попадает на удочку.