Следующие полстолетия были для развития ордена решающими. Ему повезло с первыми двумя Великими магистрами. Герард умер в 1120 г., и, следуя новому уставу, был выбран с соблюдением канонов его преемник Раймон дю Пюи. Считалось, что он был первым из братьев, кто вступил в новый орден при Герарде, и существует предание, не подтвержденное в должной степени, что он родился в Дофине во Франции. В действительности о его предках ничего не известно. Но его способности и благочестие не подлежали сомнению; во главе ордена дю Пюи находился длительное время, что тоже сказалось на его делах положительным образом. Когда он скончался где-то между 1158 и 1160 гг., структура ордена сформировалась окончательно.
Раймон дю Пюи имел репутацию святого, и его благочестие было хорошо известно его современникам. Однако, в отличие от смиренного Герарда, это был совсем другой тип личности. Его устав – строгий и сухой документ, в котором очень мало от подлинно духовной жизни, которой отличались другие монашеские ордена. Отчасти он предстает как сторонник ригоризма и законности. Но в то же время дю Пюи был своевольным в использовании привилегий ордена в своих интересах и решении юридических вопросов. Он был ярко выраженным политическим деятелем и с самого начала своего правления часто появлялся при дворе иерусалимского короля. Видимо, в 1140 г. Раймон дю Пюи представлял патриарха Иерусалимского и Великого магистра ордена тамплиеров в важных переговорах о наследстве покойного короля Арагона Альфонса I, завещавшего передать многое в своем государстве тамплиерам и госпитальерам. Эти переговоры были обязаны своим успехом в том числе и Раймону. Когда в 50-х гг. XII в. возник спор с патриархом Иерусалимским о привилегиях ордена и тот лично отправился в Италию, чтобы апеллировать к Риму, Раймон поспешил встретиться с Папской курией, чтобы защитить госпитальеров. Он был активным деятелем и в конце своей жизни совершил длительное путешествие по Европе с инспекцией владений ордена.
При первых двух магистрах орден стремительно развивался. Наблюдался значительный рост его владений, и произошли изменения в организации Госпиталя в Европе. Он получил столько привилегий, что к 1154 г. стал самостоятельным орденом церкви. Устав, составленный до 1153 г., выработал основы его структуры и монастырской жизни. В то же время орден начал участвовать в военных действиях.
До 1160 г. госпитальеры получили множество пожертвований и земельных дарений со всего христианского мира, что превратило орден в одну из богатейших средневековых корпораций. Вдохновленные его задачами и поощряемые папами с их индульгенциями простые миряне и светские власти щедро жертвовали. В Северной Сирии были приобретены большие земельные владения, в которых госпитальеры были почти безраздельными властителями. В Европе они стали владельцами недвижимости от Португалии до Богемии (Чехии). Европейские владения ордена давали средства для содержания Госпиталя в Иерусалиме, и поместья были преобразованы в приораты, главы которых были представителями Великого магистра. К 1160 г. уже сформировались приораты Сен-Жиль, Мессина, Кастилия и Леон, Португалия, Англия, Ампоста (в Юго-Восточной Испании). Устав предписывал их централизованную организацию, определенную часть своих доходов они передавали в центр.
Одновременно росло количество церковных льгот. Позднее об этом будет сказано более подробно. Достаточно сказать, что к 1154 г. Госпиталь получил от пап такое количество привилегий, на основе которых могла быть отстроена целая система церковных свобод. Были привилегии, которые помогали финансово: освобождение от уплаты десятины при определенных условиях; папская протекция для сборщиков подаяний; обещание прощения грехов благотворителям; разрешение госпитальерам открывать приходские церкви раз в год в областях под интердиктом. Были привилегии, касающиеся духовного благополучия насельников монастырей, невольников, слуг и больных; право владеть собственными церквями и кладбищами, а также основывать их для нужд колонистов в малонаселенных областях, иметь своих капелланов и совершать мессы для братии даже во время интердикта. И наконец, те привилегии, что вывели орден из-под епископальной власти: независимость канцелярии Великого магистра, невозможность отлучения членов ордена и выведение его из юрисдикции ординариев. Хотя госпитальерам были предоставлены значительные привилегии в Латинской Сирии, в полной мере они так и не смогли ими воспользоваться.