Умные люди не могли не понимать, что их ждет. Степан Некрашевич вместе с Вацлавом Ластовским фактически напросились в командировку в Томскую область — для изучения быта белорусских переселенцев. Их арестовали 21 июля 1930 года, сняв с палубы парохода «Тобольск», который плыл по реке Обь. По этому поводу существует любопытная версия, что академики собирались бежать из Советского Союза. Во всяком случае, то, что они хотели спрятаться от репрессий в дальнем краю, не подлежит сомнению.
По делу о СВБ Некрашевич был среди первых фигурантов. Какими методами добывались показания — известно. Репрессивная машина заставляла людей доносить друг на друга. Вот отрывок из стенограммы допроса Всеволода Игнатовского. Следователь очень хотел получить сведения о неформальных интеллигентских застольях.
Р е в и н с к и й. А за чьи средства это все устраивалось?
И г н а т о в с к и й. За счет того, кто собирает. Больше всего собирались у Купало (орфография оригинала.- Л. Р.) и Некрашевича. Я вспоминаю такой маленький случай, раньше я об этом не думал, а вот теперь я об этом думаю. Жена моя как-то мне сказала, что когда ни пойдешь на базар, то жена Некрашевича всегда покупает съедобные припасы. Жена моя спрашивает жену Некрашевича: «Зачем Вам так много этого надо? Ведь вас двое». Она отвечает: «Ну как же, у нас ведь всегда очень много бывает приглашенных». Как видно, меня они приглашали как свадебного генерала. Если, скажем, собирались к 10 часам, то меня приглашали к 11 и т. д.
Р е в и н с к и й. А выпивка была?
И г н а т о в с к и й. Я вам скажу откровенно, я там не особенно старался пить, но вообще было разливное море.
Можно заметить, как Игнатовский пытается выгородить себя. И еще «жизненный штрих»: опасные интеллигентские тусовки — в домах, где нет детей, у Купалы и Некрашевича.
Подобные же показания дал и еще один академик, Лесик, их даже процитировал в своем выступлении первый секретарь ЦК КП(б)Б К. Гей как доказательство шпионской деятельности: «Асабліва выдатнае значэнне мелі сходы — госці ў кватэры Янкі Купалы і часткова ў кватэрах Якуба Коласа і Некрашэвіча. Туды прыходзілі пагаварыць, выпіць і закусіць камуністы, прадстаўнікі ўлады, беларусы, а часта і не беларусы. У гутарках з імі мы даставалі патрэбную нам партыйную і ўрадавую інфармацыю».
Органам необходимо было найти достойную кандидатуру на место руководителя СВБ, чтобы придать значительность делу. Всеволод Игнатовский, не выдержав давления, застрелился. Янка Купала, написав отчаянное письмо, совершил попытку самоубийства. Якуб Колас, которому также грозил арест, вынужден был опубликовать в газете «Звязда» за 30 ноября 1930 года статью «Знішчым драпежныя шчупальцы інтэрвентаў у нашай краіне!», где упоминается «С. Некрашэвіч, былы агент генерала Бертэле».
Хочется думать, что текст был составлен не Якубом Коласом. Это компетентные органы знали и эсеровское прошлое Некрашевича, и что, будучи в Одессе, он контактировал с генералом Антанты Бертеле.
Можно представить, в какой кошмарной обстановке ставились подписи под такими документами. Заявление академика Игнатовского в ЦК КП(б)Б пестрит грамматическими ошибками и русизмами: «Я ўвесь час працаваў сярод інтэлегенцыі, у тым ліку сярод арганізаваных у контррэвалюцыйную арганізацыю нацдэмаў. Некаторыя з іх, асабліва Некрашэвіч, увайшлі ў маё даверые, і не толькі маё... Я, напрыклад, так распаясаўся, што выбалбатаў Некрашэвічу пастанову Палітбюро аб тым, што яшчэ несвоечасова адчыняць Акадэмію навук».
Дело СВБ разваливалось: на предварительном следствии полностью виноватыми признали себя из 86 человек только 24. Тем не менее 10 апреля 1931 года всем арестованным вынесли приговоры. Степан Некрашевич выслан на пять лет в Сарапул, в Удмуртию.
О семье Степана Михайловича Некрашевича известно мало. На снимке 1929 года он вместе с женой Марией Тимоньковой — красавицей с роскошными распущенными волосами ниже пояса... Исследователь Стецкевич-Чебоганов пишет, что Мария Сергеевна не вынесла обрушившегося на мужа несчастья и рано ушла из жизни.
В ссылке Некрашевич работал плановиком-экономистом кооперативной артели инвалидов, бухгалтером «Заготзерна».