Вряд ли мы вспоминали бы о преподавателе Витебской гимназии, если б он ограничился карьерой и устройством семейного быта. Но он был одержим историей. Историей родного края. Ни в гимназии, ни в университете о Беларуси отдельно не говорили. «Калi я пачаў заняткi па гiсторыi роднага краю, то папросту апынуўся ў безвыходным становiшчы: з чаго пачаць? Якiя ж крынiцы? Якiя дапаможнiкi? I нямала часу згублена было дарэмна ў пошуках, так бы мовiць, навобмацак таго, што было патрэбна», — с сокрушением вспоминал Сапунов.
Он ездит в экспедиции, работает с первоисточниками в архивах, завязывает переписку с единомышленниками… Постепенно в нем выспевает белорусскость, рушатся стереотипы о «Западном крае», привитые в университете… Начальство недовольно — учитель занимается посторонними делами, да еще замешанными на «сепаратизме»! Одна за другой появляются публикации — о Полоцком Софийском соборе, о Борисовых камнях, о той Беларуси, которую не хотел знать академический мир. Сапунов пишет историю Витебска… Первый том «Витебской старины» проспонсировала теща автора. Всего же таких томов вышло пять.
Усердный ученый получает должность архивариуса Витебского центрального архива древних актов, затем ему предлагают место в Московском университете… Место не совсем почетное — помощника инспектора студентов. Зато работа не занимала много времени, можно было сидеть в архивах, посещать Археологическое общество и Общество истории и древностей… Четыре года в Москве Сапунов называл лучшими в своей жизни.
Еще один эпизод биографии: депутатство в III Государственной думе. Наивно было бы представлять Сапунова, в общемто человека системы, ходившего на приемы к императору, революционером и возрожденцем. Но все же именно он с горечью произнес с думской трибуны в 1909 году: «Усе, нават самыя нязначныя народнасцi, iмкнуцца да „самавызначэння“; за iмi ўсе прызнаюць права на гэта. Толькi адна народнасць, народнасць беларуская, не смее i думаць пра гэта», — именно он с этой трибуны назвал себя крамольным словом «белорус».
Впрочем, работа в Думе быстро стала Сапунову в тягость. Он возвращается в Витебск и продолжает научные исследования. «Радзiмiцкая Беларусь б’е чалом беларускаму Нестару за доблесную 25гадовую службу абяздоленай радзiме», — написал этнограф Евдоким Романов, поздравляя коллегу с юбилеем творческой деятельности.
Первая мировая война… Потом революция… Алексей Сапунов становится «совслужащим». Он готов взяться за любую работу: разруха, а рядом новая жена, Мария Ипатьевна Толоцкая, младше его на 18 лет (с Юлией Волкович Сапунов развелся в 1918 году). 67летний ученый едет в экспедицию по архивам Витебской губернии. Переносит все ужасающие условия путешествия. Продолжает читать лекции, но их сокращают до минимума… «Я быў такi шчаслiвы, што на старасцi гадоў дажыў да адраджэння Беларусi, калi нi „сепаратызм“, нi „сiмпатыi да Беларусi“ не сталi ўжо лiчыцца крамольнымi. Але тут здарылася яшчэ горшая бяда! Калi я канстатаваў факт малога знаёмства шырокiх мас з назваю „Беларусь“, то апынуўся ледзь не ворагам адраджэння дарагой бацькаўшчыны: мне не дазволена было чытаць у Педагагiчным iнстытуце лекцыi па гiсторыi Беларусi, дзеля якой я, у меру маёй моцы i магчымасцяў, працаваў больш за 40 гадоў i гiсторыю якой я выкладаў на працягу 10 гадоў», — пишет Сапунов. О бедственном положении полуослепшего ученого бьет тревогу на страницах газеты «Савецкая Беларусь» его бывший ученик, историк Михась Мелешко: «Патрэбна гэтаму заслужонаму старыку, убеленаму сiвiзной, найхутчэйшая дапамога ад беларускага грамадзянства, адкiдываючы яго ўласныя погляды ў мiнулым на жыццё i ацэнiваючы яго ўклады ў навуковую скарбнiцу Беларусi».
Вырезку со словами ученика Сапунов вклеивает в свой альбом и делает надпись: «Конец увенчивает дело».
Белорусские власти назначили Сапунову пожизненную персональную пенсию в 100 рублей. На следующий день после появления указа ученый умер. Пенсию в половинном размере оставили вдове. Своих детей Сапунов не имел, но у него все время был ктото на воспитании, документы зафиксировали, что у вдовы остался «приемный сын крестьянского происхождения». Какоето время Сапунов помогал осиротевшему племяннику Леше. Сам был человеком глубоко религиозным, его же племянник стал православным священником, получил приход в Крыму, в 1930 м был выслан на Урал, на спецпоселение. Потом долгие годы служил в церкви города Шадринска Курганской области. Служил он молебны и за своего покойного дядю.